Sınıf I ve sınıf II yer değiştirebilir öğeler arasındaki temel fark, sınıf I yer değiştirebilir öğelerin retrotranspozonlar, sınıf II yer değiştirebilir öğelerin ise DNA transpozonları olmasıdır.
Transposable element, genom içindeki konumunu değiştirebilen bir DNA dizisidir. Bazen mutasyonları yaratır ve tersine çevirir. Ayrıca hücrenin genetik kimliğini ve genom boyutunu da değiştirebilir. Bu süreç genellikle aynı genetik materyalin kopyalanmasıyla sonuçlanır. Transposable element ilk olarak Barbara McClintock tarafından keşfedildi ve 1983'te keşfi için Nobel ödülünü kazandı. Aktarılabilir öğeler, aktarım mekanizmalarına göre iki sınıfa ayrılabilir: sınıf I ve sınıf II aktarılabilir öğeler.
Sınıf I Aktarılabilir Öğeler nelerdir?
Sınıf I yer değiştirebilir elemanlar retrotranspozonlardır. Retrotranspozon, ters transkripsiyon adı verilen bir işlemle RNA'yı tekrar DNA'ya dönüştürerek kendisini farklı genomik konumlara kopyalayan ve yapıştıran bir tür genetik bileşendir. Bu işlem, ters transkriptaz enzimi tarafından katalize edilir. Retrotranspozon normalde bir RNA transpozisyon ara maddesini kullanır. Sınıf I yer değiştirebilir elemanlar genellikle iki aşamada kopyalanır. İlk olarak, DNA'dan RNA'ya kopyalanırlar. Daha sonra üretilen RNA daha sonra DNA'ya ters kopyalanır. Daha sonra bu kopyalanan DNA, genoma yeni bir pozisyonda geri yerleştirilir. Retrotranspozonların özellikleri HIV gibi retrovirüslere çok benzer.
Şekil 01: Sınıf I Yer Değiştirilebilir Öğe
Retrotranspozonlar üç türe ayrılabilir.
- Ters transkriptazı kodlayan uzun terminal tekrarlı (LTR'ler) retrotranspozonlar,
- Ters transkriptazı kodlayan ancak LTR'leri olmayan ve RNA polimeraz II tarafından kopyalanan uzun serpiştirilmiş nükleer elementlere (LINE) sahip retrotranspozonlar,
- Ters transkriptaz kodlamayan ve RNA polimeraz III tarafından kopyalanan kısa serpiştirilmiş nükleer elementlere (SINE) sahip retrotranspozonlar.
Ayrıca, retrotranspozonlarla benzer bir mekanizma nedeniyle, retrovirüs de transposable elementler olarak kabul edilebilir.
Sınıf II Aktarılabilir Öğeler nelerdir?
Sınıf II yer değiştirebilir elemanlar DNA transpozonlarıdır. Sınıf II yer değiştirebilir elemanlar, bir RNA ara maddesi içermeyen bir kes ve yapıştır transpozisyon mekanizmasına sahiptir. Transpozisyon, birkaç transpozaz enzimi tarafından katalize edilir. Bu enzimler, DNA'ya spesifik veya spesifik olmayan bir şekilde bağlanabilir. Transpozaz, DNA'nın hedef bölgesinde yapışkan uçlar üreten kademeli bir kesim yapar. Sonra bunlar, DNA transpozon ligatlarını diğer hedef sitelere keser.
Şekil 02: Sınıf II Yer Değiştirilebilir Öğeler
Genellikle, DNA polimeraz yapışkan uçlardan kaynaklanan boşlukları doldurur ve DNA ligaz şeker-fosfat omurgasını kapatır. Ayrıca, bu aktarım, hedef site çoğ altma ile sonuçlanır. DNA transpozonlarının yerleştirme bölgeleri, kısa, doğrudan tekrarlar ve ardından ters çevrilmiş tekrarlar ile tanımlanabilir. Ancak tüm DNA transpozonları bir kes ve yapıştır transpozisyon mekanizması göstermez. Örneğin, bazı transpozonlar, transpozonların kendilerini yeni bir hedef siteye kopyaladıkları replikatif transpozisyon gösterir.
Sınıf I ve Sınıf II Aktarılabilir Öğeler Arasındaki Benzerlikler
- Sınıf I ve Sınıf II yer değiştirebilir elemanlar, mobil genetik elemanlar veya zıplayan genlerdir.
- Her ikisi de genomdaki konumlarını değiştirebilir.
- DNA dizilerinden oluşurlar.
- Onlar bencil genetik unsurlardır.
- Genomik fonksiyon ve evrimde çok önemlidirler.
Sınıf I ve Sınıf II Aktarılabilir Öğeler Arasındaki Fark
Sınıf I yer değiştirebilir elemanlar retrotranspozonlardır, sınıf II yer değiştirebilir elemanlar ise DNA transpozonlarıdır. Bu, sınıf I ve sınıf II yer değiştirebilir öğeler arasındaki temel farktır. Ayrıca, sınıf I yer değiştirebilir elemanlar, yer değiştirme mekanizmasında RNA ara maddelerini kullanır. Öte yandan, sınıf II yer değiştirebilir elementler, yer değiştirme mekanizmasında DNA ara maddelerini kullanır.
Aşağıdaki infografik, yan yana karşılaştırma için sınıf I ve sınıf II yer değiştirebilir öğeler arasındaki farkları tablo biçiminde derler.
Özet – Sınıf I ve Sınıf II Aktarılabilir Öğeler
Transposable elementler, mobil genetik elementler veya zıplayan genler olarak bilinir. DNA dizileridir. Yer değiştirilebilen elemanlar, yer değiştirme mekanizmalarına göre sınıf I ve sınıf II yer değiştirebilir elemanlar olarak iki sınıfa ayrılır. Sınıf I yer değiştirebilir elemanlar retrotranspozonlardır, sınıf II yer değiştirebilir elemanlar ise DNA transpozonlarıdır. Bu nedenle, sınıf I ve sınıf II yer değiştirebilir öğeler arasındaki temel fark budur.
