Agaroz ve poliakrilamid jel elektroforezi arasındaki temel fark, agaroz jel elektroforezi nispeten daha büyük DNA parçalarını ayırmak için yatay olarak dökülen agaroz jelleri kullanırken, poliakrilamid jel elektroforezi daha kısa nükleik asit parçalarını ayırmak için dikey olarak dökülen poliakrilamid jelleri kullanır.
Elektroforez, DNA, RNA ve proteinler gibi biyomolekülleri ayırmak için jel matrisine uygulanan bir elektrik alanı kullanan bir teknik türüdür. DNA, RNA ve proteinler gibi biyomoleküllerin elektroforez yoluyla bu şekilde ayrılması, yük ve boyuta dayalıdır. Numuneler jelin kuyucuklarına yüklenir. Daha sonra jel boyunca elektrik alanı uygulanır. Alan, negatif yüklü moleküllerin pozitif elektrota doğru hareket etmesine neden olur. Jel matrisi, daha büyük moleküller yavaş hareket ederken en küçük moleküllerin hızla geçtiği veya hareket ettiği moleküler bir elek görevi görür. Bu, moleküllerin yük ve boyuta göre ayrılmasını sağlar. Bu nedenle, agaroz ve poliakrilamid jel elektroforezi, esas olarak molekülleri boyutlarına ve yüklerine göre ayırmaya yardımcı olan iki tip jel elektroforez tekniğidir.
Agaroz Jel Elektroforezi Nedir?
Agaroz jel elektroforezi, DNA ve RNA gibi biyomolekülleri ayırmak için agaroz jelleri kullanan bir tekniktir. Nükleik asitleri öncelikle boyutlarına göre ayırmak için kullanılan bir tekniktir. Bu teknikte kullanılan agaroz adı verilen ana bileşik bir polisakkarittir. Deniz yosunlarından gelir. Agaroz, kaynatma tamponunda çözülebilir ve daha sonra yatay olarak tutulan bir tepsiye dökülebilir. Tepside soğuyunca katılaşarak bir levha oluşturur. Agaroz jeller, jel katılaştıktan sonra içine DNA veya RNA gibi nükleik asitlerin yüklendiği kuyucuklar yapmak için bir tarakla birlikte dökülür.
Şekil 01: Agaroz Jel Elektroforezi
Jel daha sonra uygun bir tampona daldırılır ve jele bir akım uygulanır. DNA, molekülün dizilim bileşiminden bağımsız olan tek tip bir negatif yüke sahiptir. Bu nedenle DNA molekülleri katottan (-) anoda (+) doğru hareket edecektir. Göç hızı doğrudan molekülün boyutuna bağlıdır. En büyük makromoleküller, jelde gezinmek için en zor zamana sahiptir. Öte yandan, daha küçük makromoleküller jelden hızla ve oldukça kolay bir şekilde kayar.
Poliakrilamid Jel Elektroforezi Nedir?
Poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE), biyomolekülleri ayırmak için poliakrilamid jelleri kullanan bir tekniktir. Biyolojik makromolekülleri, genellikle proteinleri ve nükleik asitleri elektroforetik hareketliliklerine göre ayırmak için yaygın olarak kullanılan bir tekniktir. Akrilonitrilin hidrasyonu, nitril hidrataz tarafından akrilamid moleküllerinin oluşumu ile sonuçlanır. Akrilamid suda çözünür ve serbest radikal başlatıcıların eklenmesiyle akrilamid polimerleşerek poliakrilamid jel oluşumuna neden olur. Normalde, artan akrilamid konsantrasyonları, jeldeki gözenek boyutunun azalmasına neden olur. Poliakrilamid jeller, agaroz jellerin aksine dikey olarak dökülür.
Şekil 02: Poliakrilamid Jel Elektroforezi
Poliakrilamid jel elektroforezinde moleküller, moleküllerin daha yüksek sıralı yapısını koruyarak doğal hallerinde çalışabilir. Bu yönteme yerel SAYFA denir. Alternatif olarak, yüksek dereceli yapıyı çıkarmak ve molekülü, hareketliliği yalnızca uzunluğuna bağlı olan yapılandırılmamış bir moleküle dönüştürmek için kimyasal bir denaturant da eklenebilir. Bu türe SDS-PAGE denir.
Agaroz ve Poliakrilamid Jel Elektroforezi Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Agaroz ve poliakrilamid jel elektroforezi, iki tip jel elektroforez tekniğidir.
- Aslında bunlar moleküler biyolojik tekniklerdir.
- Her iki teknik de DNA ve proteinler gibi biyolojik makromolekülleri tespit etmek için kullanılır.
- Bu teknikler yetenekli teknisyenler veya araştırmacılar tarafından yapılır.
- Her iki teknikte de makromoleküllerin ayrılması yüke ve boyuta bağlıdır.
- Her iki teknik de DNA ve RNA gibi nükleik asitlerin ayrılmasına izin verir.
Agaroz ve Poliakrilamid Jel Elektroforezi Arasındaki Fark Nedir?
Agaroz jel elektroforezi, biyomolekülleri ayırmak için yatay olarak dökülen agaroz jelleri kullanan bir teknikken, poliakrilamid jel elektroforezi, biyomolekülleri ayırmak için dikey olarak dökülen poliakrilamid jelleri kullanan bir tekniktir. Bu, agaroz ve poliakrilamid jel elektroforezi arasındaki temel farktır. Ayrıca, DNA ve RNA'nın ayrılması için agaroz jel elektroforezi kullanılırken DNA, RNA veya proteinler gibi nükleik asitlerin ayrılması için poliakrilamid jel elektroforezi kullanılır.
Aşağıdaki tablo, agaroz ve poliakrilamid jel elektroforezi arasındaki farkı özetlemektedir.
Özet – Agaroz ve Poliakrilamid Jel Elektroforezi
Agaroz ve poliakrilamid jel elektroforezi, moleküler biyoloji laboratuvarlarında kullanılan iki tür jel elektroforez tekniğidir. Agaroz jel elektroforezi, biyomolekülleri ayırmak için bir agaroz jel kullanır. Agaroz genellikle insanlar için toksik değildir, poliakrilamid ise insanlar için toksiktir. Ayrıca, agaroz jel elektroforezi düşük çözünürlük gösterirken poliakrilamid jel elektroforezi daha fazla çözünürlük gösterir. Poliakrilamid jel elektroforezi, biyomolekülleri ayırmak için bir poliakrilamid jel kullanır. Bu, agaroz ve poliakrilamid jel elektroforezi arasındaki farkı özetler
