Anahtar Farkı – Jel Elektroforezi ve SDS Sayfası
Jel elektroforezi, bir elektrik alanındaki makromolekülleri ayıran bir tekniktir. Moleküler biyolojide DNA, RNA ve proteinleri karışımlardan moleküler boyutlarına göre ayırmak yaygın bir yöntemdir. SDS Sayfası, proteinleri boyutlarına göre bir protein karışımından ayırmak için kullanılan bir jel elektroforezi türüdür. Jel elektroforezi, DNA, RNA ve protein ayrımı için uygulanan normal tekniğe atıfta bulunmak için kullanılan bir terimdir, SDS Sayfası ise bir tür jel elektroforezidir. Jel elektroforezi ile SDS Sayfası arasındaki temel fark budur.
Jel Elektroforezi Nedir?
Jel elektroforezi, DNA, RNA, proteinler vb. gibi yüklü molekülleri karışımlarından ayırmak için laboratuvarlarda kullanılan yaygın bir tekniktir. Jel elektroforezinde bir jel kullanılır. Moleküler elek görevi görür. Jel elektroforezinde agaroz ve poliakrilamid olmak üzere iki tip jel kullanılır. Jel elektroforezi ile moleküllerin iyi bir şekilde ayrılması için jelin gözenek boyutunun dikkatli bir şekilde manipüle edilmesi gerektiğinden, jel seçimi ve jel hazırlama jel elektroforezlerinde dikkate alınması gereken önemli faktörlerdir. Jel elektroforezi, jelin iki ucuna bağlı bir elektrik alanına sahiptir. Jelin bir ucu pozitif yük gösterirken diğer ucu negatif yüklüdür.
DNA ve RNA negatif yüklü moleküllerdir. Jelin negatif ucundan jele yüklenip elektrik alanına uygulandıklarında, jel gözeneklerinden jelin pozitif yüklü ucuna doğru hareket ederler. Göçün hızı, molekülün yüküne ve boyutuna bağlıdır. Daha küçük moleküller, jel gözeneklerinden daha büyük moleküllerden daha kolay göç eder. Bu nedenle, daha küçük moleküller jel boyunca uzun bir mesafe kateder ve daha büyük moleküller kısa bir mesafe kat eder. Moleküllerin jel üzerinde hareketini gözlemlemek için özel tip boyalar kullanılır. Moleküllerin kaybolmasını önlemek ve molekülleri hareket ettikleri konumlarında tutmak için belirli bir süre elektrik alan uygulanır ve durdurulur. Jelde farklı bantlar gözlemlenebilir. Bu bantlar farklı boyutlardaki molekülleri temsil eder. Bu nedenle jel elektroforezi, molekülleri boyutlarına göre ayırt etmek için kullanışlıdır.
Jel elektroforezi, PCR, RFLP, klonlama, DNA dizileme, güney lekeleme, genom haritalama, vb. gibi Moleküler biyolojide hazırlayıcı bir teknik olarak çeşitli tekniklere dahil edilmiştir.
Şekil 01: Agaroz jel elektroforezi
SDS Sayfası nedir?
Sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS Sayfası), proteinleri ayırmak için kullanılan bir jel elektroforezi türüdür. Proteinleri ayırmak için jel elektroforezi kullanıldığında, proteinler DNA ve RNA gibi negatif yüklü olmadığından ve pozitif uca veya negatif uca doğru göç etmedikleri için özel işlemlere ihtiyaç duyulur. Bu nedenle, proteinler denatüre edilir ve jel elektroforezinden önce bir negatif yük ile kaplanır. Sodyum dodesil sülfat (SDS) adı verilen bir deterjan kullanılarak yapılır. Destekleyici ortam için SDS ve bir poliakrilamid jel kullanan jel elektroforezi, SDS Sayfası olarak bilinir. Bu teknik biyokimya, genetik, adli tıp ve moleküler biyolojide yaygın olarak kullanılmaktadır.
SDS Sayfası sırasında proteinler SDS ile karıştırılır. SDS, proteinleri doğrusal bir şekle sokar ve onları moleküler kütleleriyle orantılı bir negatif yük ile kaplar. Negatif yük nedeniyle, protein molekülleri jelin pozitif yük ucuna doğru hareket eder ve moleküler kütlelerine göre ayrılır. SDS Sayfasında jel için katı destek olarak poliakrilamid kullanılır. Proteinlerin gerçek ayrımı esas olarak jelin özelliklerine bağlıdır. Bu nedenle poliakrilamid jel hazırlama dikkatli yapılmalı ve poliakrilamidin doğru konsantrasyonları kullanılmalıdır. Poliakrilamid jeller, agaroz jellerden daha yüksek çözünürlük gösterir. Bu nedenle, SDS Sayfası, protein ayrımı için yüksek çözünürlüklü bir teknik olarak kabul edilir.
SDS Sayfası, bir tür denatüre jel elektroforezidir. Protein analizinde büyük bir sınırlamaya sahiptir. SDS, proteinleri ayırmadan önce denatüre ettiğinden, enzimatik aktivitenin, protein bağlama etkileşimlerinin, protein kofaktörlerinin vb. tespitine izin vermez.
Şekil 02: SDS sayfası
Jel Elektroforez ve SDS Sayfası arasındaki fark nedir?
Jel Elektroforezi vs SDS Sayfası |
|
| Jel elektroforezi, bir elektrik alanı kullanarak makromolekülleri ayırmak için gerçekleştirilen bir yöntemdir. | SDS Sayfası, proteinleri kütlelerine göre ayırmak için kullanılan yüksek çözünürlüklü bir jel elektroforez tekniğidir. |
| Gel Run | |
| Yatay veya dikey olarak gerçekleştirilebilir. | SDS Sayfası her zaman dikey olarak çalışır. |
| Ayrılığın Temeli | |
| Yük ve boyuta göre ayırma gerçekleşir. | Protein ayrımı kütle ve yüke göre gerçekleşir. |
| Çözünürlük | |
| Agaroz jel elektroforezi düşük çözünürlüğe sahiptir ve poliakrilamid jel elektroforezi daha yüksek çözünürlüğe sahiptir | SDS Sayfasının çözünürlüğü daha iyi. |
| Denatürasyon | |
| Jel elektroforezi hem denatüre edici hem de denatüre olmayan teknikleri içerir. | SDS Sayfası proteinleri ayırmadan önce denatüre eder. |
Özet – Jel Elektroforezi ve SDS Sayfası
Jel elektroforezi, DNA, RNA ve proteinlerin boyutlarına ve yüklerine göre ayrılması ve analizi için kullanılan yaygın bir tekniktir. Agaroz jel elektroforezi ve poliakrilamid jel elektroforezi olmak üzere iki ana jel elektroforezi türü vardır. Agaroz jelleri esas olarak nükleik asit ayrımı için kullanılır; daha yüksek çözünürlük gerektiğinde poliakrilamid jeller kullanılır. SDS Sayfası, karmaşık protein karışımlarını ayırmak için yaygın olarak kullanılan bir jel elektroforezi türüdür. Yüksek çözünürlüklü bir protein ayırma tekniği olarak kabul edilir. Jel elektroforezi ile SDS Sayfası arasındaki fark budur.
