LTR ve LTR olmayan retrotranspozonlar arasındaki temel fark, LTR retrotranspozonlarının yapılarında uzun terminal tekrarları olan bir tür retrotranspozon olması, LTR olmayan retrotranspozonların ise uzun terminal tekrarları olmayan bir tür retrotranspozon olmasıdır. onların yapısında.
Retrotranspozonlar (sınıf I yer değiştirebilir elementler veya RNA ara maddeleri yoluyla transpozonlar), kendilerini farklı genomik konumlara kopyalayıp yapıştırabilen bir tür genetik bileşendir. Bunu, bir RNA transpozisyon ara ürünü kullanarak ters transkripsiyon adı verilen bir işlemle RNA'yı tekrar DNA'ya dönüştürerek gerçekleştirirler. LTR ve LTR olmayan retrotranspozonlar olmak üzere iki ana retrotranspozon türü vardır
LTR Retrotranspozonları nelerdir?
LTR retrotranspozonları, yapılarında uzun terminal tekrarları olan bir retrotranspozon türüdür. Bir LTR retrotranspozonunun her iki ucunda uzun tekrarlayan DNA dizileri bulunabilir. Bunlar uzun terminal tekrarları (LTR) olarak bilinir. Her LTR birkaç yüz baz çifti uzunluğundadır. LTR retrotranspozonları genellikle 5 kilobaz uzunluğundadır. Ayrıca, uzun terminal tekrarları arasında, retrovirüs genleri gag ve pol'e eşdeğer kopyalanabilen genler vardır. Bu genler üst üste binerler ve sonuçta ortaya çıkan transkripti normal olarak işlevsel gen ürünlerine işleyen bir proteazı kodlarlar.
Şekil 01: LTR Retrotranspozonları
Retrotranspozonların Gag geni, virüs benzeri parçacıklar oluşturmak için diğer retrotranspozon transkriptleriyle ilişki kuran bir ürün yapar. Pol geni, ters transkriptaz, integraz ve ribonükleaz H alanları gibi enzimleri içeren ürünler yapar. Ters transkriptaz enzimi, retrotranspozon DNA'sının ters transkripsiyonunu gerçekleştirir. İntegraz enzimi, retrotranspozon DNA'sını ökaryotik genom DNA'sına entegre eder. Ribonükleaz H alanları, RNA ara maddeleri arasındaki fosfodiester bağlarının parçalanmasında yardımcı olur. LTR retrotranspozonları ayrıca tRNA bağlanma bölgelerine sahip transkriptleri kodlar, böylece oldukça kolay bir şekilde ters transkripsiyona maruz kalabilirler. Ayrıca, retrotranspozon ökaryotik genom bilgisi içerdiğinden, kendisinin kopyalarını ökaryotik bir hücre içindeki diğer genomik yerlere yerleştirebilir.
LTR Olmayan Retrotranspozonlar nelerdir?
LTR olmayan retrotranspozonlar, yapılarında uzun terminal tekrarları olmayan bir retrotranspozon türüdür. LTR retrotranspozonları gibi, LTR olmayan retrotranspozonlar da ters transkriptaz, RNA bağlayıcı protein, nükleaz ve bazen ribonükleaz H alanları için genler içerir. Ancak uzun son tekrarlardan yoksundurlar; bunun yerine, yan yana ters çevrilmiş bir sıra sırasına sahip olabilen kısa tekrarları vardır. RNA bağlayıcı proteinler, RNA transpozisyon ara maddesine bağlanır ve nükleazlar, nükleik asitlerdeki nükleo titler arasındaki fosfodiester bağlarını koparır.
Şekil 02: LTR ve LTR Olmayan Retrotranspozonlar
Retrotranspozon olmalarına rağmen, LTR retrotranspozonlarıyla aynı şekilde bir RNA ara ürünü kullanarak ters transkripsiyon gerçekleştiremezler. Bunun nedeni, LTR olmayan retrotranspozonların tRNA'yı bağlayan diziler içermemesidir. Bu nedenle, mRNA'ya kopyalanan ve proteinlere çevrilen LTR olmayan bir retrotranspozon, ters transkriptaz görevi görür. Ters transkriptaz, yeni bir bölgede genoma entegre edilebilen LTR olmayan retrotranspozon RNA'sının bir DNA kopyasını oluşturur. Ayrıca, LTR olmayan retrotranspozonlar iki türe ayrılır: HATLAR (uzun serpiştirilmiş nükleer elementler) ve SINE'ler (kısa serpiştirilmiş nükleer elementler).
LTR ve LTR Olmayan Retrotranspozonlar Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- LTR ve LTR olmayan retrotranspozonlar, iki ana retrotranspozon türüdür.
- Her iki tip de ters transkriptaz, RNA bağlayıcı protein, nükleaz ve ribonükleaz H alanları gibi enzimler için genler içerir.
- İnsan genomunda bulunabilirler.
- Her iki tür de evrimsel açıdan önemlidir.
LTR ve LTR Olmayan Retrotranspozonlar Arasındaki Fark Nedir?
LTR retrotranspozonlarının yapısında uzun terminal tekrarları bulunurken, LTR olmayan retrotranspozonların yapılarında uzun terminal tekrarları yoktur. Bu nedenle, LTR ve LTR olmayan retrotranspozonlar arasındaki temel fark budur. Ayrıca, LTR retrotranspozonları, kendilerini tekrarlayan sadece bir baz dizisi olan uzun doğrudan tekrarlara sahiptir. Öte yandan, LTR olmayan retrotranspozonlar, yan yana ters çevrilmiş bir baz sırasına sahip olabilen kısa tekrarlara sahiptir.
Aşağıdaki infografik, yan yana karşılaştırma için LTR ve LTR olmayan retrotranspozonlar arasındaki farkları tablo şeklinde sunar.
Özet – LTR ve LTR Olmayan Retrotranspozonlar
LTR ve LTR olmayan retrotranspozonlar, iki ana retrotranspozon türüdür. LTR retrotranspozonlarının yapılarında uzun terminal tekrarları bulunurken, LTR olmayan retrotranspozonların yapılarında uzun terminal tekrarları yoktur. LTR ve LTR olmayan retrotranspozonlar arasındaki temel fark budur.
