Anahtar Farkı – SDS Sayfası ve Western Blot
Western lekeleme, bir protein örneğinden belirli bir proteini tespit eden bir tekniktir. Bu teknik birkaç önemli adımla gerçekleştirilir: jel elektroforezi, lekeleme ve hibridizasyon. Sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS Page), proteinleri boyutlarına (molekül ağırlıklarına) göre ayırmak için kullanılan bir tür jel elektroforez tekniğidir. Western blot, SDS Sayfasındaki proteinlerin aynı modelini aktarmak için kullanılan özel bir lekeleme zarı tabakasıdır. SDS Sayfası ile western blot arasındaki temel fark, SDS Sayfasının bir karışımdaki proteinlerin ayrılmasına izin verirken, western blot'un bir karışımdan belirli bir proteinin saptanmasına ve nicelenmesine izin vermesidir. Her ikisi de protein analizi çalışmalarında faydalıdır.
SDS Sayfası nedir?
SDS Sayfası, protein ayrımı için kullanılan bir jel elektroforez tekniğidir. Biyokimya, genetik, adli tıp ve moleküler biyolojide yaygın olarak kullanılmaktadır. Proteinler numuneden ekstrakte edildikten sonra, SDS ve poliakrilamidden oluşan bir jel üzerinde çalıştırılırlar. SDS, proteinleri doğrusallaştırmak (proteinleri denatüre etmek) ve doğrusallaştırılmış proteinlere moleküler kütleleriyle orantılı bir negatif yük vermek için kullanılan bir anyonik deterjandır. Poliakrilamid, jel için katı destek haline gelir. Negatif yüklü olan denatüre proteinler, jel boyunca aparatın pozitif ucuna doğru göç eder. Proteinlerin boyutlarına göre göç hızları proteinler arasında farklılık gösterir ve ayrılma meydana gelir. Bu nedenle, SDS sayfası, tek tek proteinlerin boyutlarına göre ayrılması için kullanışlıdır.
Proteinlerin parçalanması için poliakrilamid jelin hazırlanması, SDS Sayfasında çok önemli bir adımdır. Doğru poliakrilamid konsantrasyonu ve kullanılan çapraz bağlama maddesinin türü, jelin fiziksel özelliklerini güçlü bir şekilde etkiler, bu da farklı proteinlerin fiili olarak ayrılmasını sağlar. Etkili ayırma için jelin gözenek boyutları uygun şekilde yönetilmelidir. Ancak, SDS Sayfası, yüksek çözünürlüklü bir protein ayırma tekniği olarak kabul edilir.
SDS Sayfa tekniği, protein analizinde büyük bir sınırlamaya sahiptir. SDS, proteinleri ayırmadan önce denatüre ettiğinden, enzimatik aktivitenin, protein bağlama etkileşimlerinin, protein kofaktörlerinin vb. tespitine izin vermez.
Şekil 01: SDS Sayfası
Western Blot Nedir?
Western blot tekniği, bir protein karışımından belirli bir proteinin saptanmasını ve proteinin miktarının ve moleküler ağırlığının ölçülmesini sağlar. Western blot, SDS-poliakrilamid jelindeki protein modellerinin ayna görüntüsünü almak için lekeleme prosedürü sırasında kullanılan zardır. Western blotlama için kullanılan zar çoğunlukla nitroselüloz veya poliviniliden diflorürden (PVDF) oluşur. Aktarılan proteini içeren zar, istenen proteini tanımlamak için kullanılabilir. İstenilen proteinin hibridizasyon ile tespiti için yüksek kaliteli antikor gerektirir. Antikor, spesifik antijenine bağlanır ve bir protein olan istenen antijenin varlığını ortaya çıkarır.
Proteinlerin SDS poliakrilamid jelinden western blot'a transferi elektroblotlama ile gerçekleştirilir. Proteinlerin jelden elektroforez yaparak nitroselüloz membrana (western blot) geçmesini sağlayan etkili ve hızlı bir yöntemdir.
Şekil 02: Western Blot
SDS Sayfası ile Western Blot arasındaki fark nedir?
SDS Sayfası vs Western Blot |
|
| SDS Sayfası bir jel elektroforez tekniğidir. | Western blot, bir karışımdan belirli bir proteini saptamak için bir zar üzerinde gerçekleştirilen bir tekniktir. |
| Kullan | |
| SDS sayfası proteinlerin boyutlarına göre ayrılmasını sağlar. | Western blot, modelini değiştirmeden SDS sayfa jeli üzerindeki proteinlerin transferine izin verir ve spesifik antikorlarla hibridizasyona izin verir. |
| Dezavantajları | |
| Protein denatürasyonu, yüksek maliyeti ve nörotoksin kimyasallarının varlığı bu tekniğin dezavantajlarıdır. | Bu teknik zaman alıcıdır ve iyi deneyimli kişisel ve özel kontrollü koşullar gerektirir. |
Özet – SDS Sayfası vs Western Blot
SDS sayfası ve western blot, protein analizinde yer alan iki yöntemdir. SDS Sayfası, bir jel üzerindeki proteinlerin moleküler ağırlıklarına göre kolayca ayrılmasını sağlar. Western blot, spesifik antikorlarla hibridizasyon yoluyla spesifik bir proteinin varlığını ve miktarını doğrulamaya yardımcı olur. SDS Sayfası ile western blot arasındaki fark budur.
