Anahtar Farkı – SDS Sayfası ve Yerel Sayfa
SDS ve yerel sayfa, Moleküler Biyolojide kullanılan iki tür poliakrilamid jel elektroforez tekniğidir. SDS Sayfası ile Yerel Sayfa arasındaki temel fark, kullanılan poliakrilamid jel türüdür. SDS Sayfasında denatüre edici bir jel kullanılır, bu nedenle moleküller moleküler ağırlıklarına göre ayrılır. Buna karşılık, Native Page'de denatüre edici olmayan jeller kullanılır. Bu nedenle moleküller büyüklüklerine, yüklerine ve şekillerine göre ayrılırlar.
Poliakrilamid Jel Elektroforezi (Sayfa), akrilamid monomerlerinin metilen bisakrilamid ile polimerize edilmesiyle yapılan bir jel kullanır. Poliakrilamid, agarozdan daha sert ve ısıya daha dayanıklıdır. Poliakrilamid jeller, proteinlerin verimli bir şekilde ayrılmasını sağlayan daha küçük bir gözenek boyutuna sahiptir. SDS Sayfası ve Yerel Sayfa olmak üzere iki ana Sayfa kurulumu türü vardır. SDS Sayfası veya Sodyum-Dodesil Sülfat Poliakrilamid jel elektroforezi, proteinleri moleküler ağırlıklarına göre ayırır. SDS Sayfasında denatüre jeller kullanılmaktadır. Native Page, denatüre edici olmayan jeller kullanır ve proteinleri boyutlarına, yüklerine ve şekillerine göre ayırır (3D konformasyon).
SDS Sayfası nedir?
SDS Sayfası, proteinleri moleküler ağırlıklarına göre ayırmak için kullanılan en yaygın elektroforetik tekniktir. Jel, bir deterjan olan SDS (Sodyum dodesil sülfat) eklenerek yapılır. SDS, proteinleri monomerlere takma işlemi yapar. SDS, anyonik bir deterjandır. Bu nedenle, geniş bir pH aralığında proteinlere net bir negatif yük ekler. Protein moleküllerine net negatif yük verildiğinde, yük varyasyonu nedeniyle karmaşık yapılar bozulur. Negatif yük nedeniyle, proteinler pozitif uca doğru çekilir. Böylece daha düşük moleküler ağırlıklı moleküller jel matrisi üzerinde daha hızlı hareket eder ve anoda yakın olarak gözlemlenebilirken, daha yüksek moleküler ağırlıklı proteinler kuyulara daha yakın olarak gözlenir.
Şekil 01: SDS Sayfası
Polipeptit zincirine bağlanan SDS, bağıl moleküler kütlesi ile orantılıdır. Bu nedenle moleküler kütle, SDS Sayfası aracılığıyla da belirlenebilir. SDS Sayfası jellerinin boyanması bromofenol mavisi boyama ile yapılır. SDS sayfalarının uygulamaları, göreli moleküler kütleyi tahmin etmek ve bir protein karışımındaki proteinlerin göreceli bolluğunu belirlemek için kullanılabileceği daha geniş bir kapsamdadır. SDS Sayfası, bir protein karışımındaki protein dağılımını belirlemek için de kullanılabilir. SDS Sayfası ayrıca proteinleri saflaştırmak ve değerlendirmek için de uygulanır. Western blot ve hibridizasyon için bir ön prosedür olarak kullanılır ve bu da protein haritalama ve tanımlama için kullanılır.
Yerel Sayfa nedir?
Yerel Poliakrilamid jel elektroforezi (Yerel Sayfa), denatüre edici olmayan bir jel kullanır. Bu nedenle, jel matrisine SDS veya başka herhangi bir denatüre edici ajan eklenmez. Native Page'de proteinlerin ayrılması, proteinin yüküne ve boyutuna bağlıdır. Bu nedenle, proteinin hareketliliği, proteinin yüküne ve boyutuna bağlıdır.
Proteinin yükü, amino asitlerin yan zincirlerine bağlıdır. Yan zincirler negatif yüklüyse, protein genel bir negatif yük alacaktır ve bunun tersi de geçerlidir. Proteinler, meydana gelen katlanma nedeniyle bir 3D konformasyonunu korur. Katlama, proteinlerdeki disülfid bağları, hidrofobik etkileşimler ve Hidrojen bağları gibi çeşitli bağ tiplerinden kaynaklanır. Bu nedenle, doğal Sayfa nötr bir pH'ta taşınırsa, proteinler proteinin moleküler şekline göre ayrılacaktır. Bu nedenle Native Page, proteinin yükündeki veya konformasyondaki değişikliği tespit etmek için hassas bir teknik olarak kullanılabilir.
Yerel Sayfanın ana avantajı, Sayfa analizi için kullanılan proteinin, işlem sırasında protein bozulmadığı için Sayfa analizinden sonra orijinal durumunda geri kazanılabilmesidir. Yerel Sayfa, nispeten yüksek verimli bir tekniktir ve proteinin kararlılığı artırılmıştır.
Şekil 02: Yerel Sayfa
Jel çalışmasının tamamlanmasının ardından Native Page jeli, bromofenol mavisi veya herhangi bir uygun boyama reaktifi ile boyanarak görüntülenebilir. Native Page uygulamaları, insan rekombinant eritropoietini gibi glikoproteinler dahil asidik proteinlerin ayrılmasını veya Bovine Serum Albumin'de (BSA) bulunan proteinlerin tanımlanmasını içerir.
SDS Sayfası ile Yerel Sayfa Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Hem SDS Sayfası hem de Yerel Sayfa sistemleri, jel matrisi olarak poliakrilamid jel kullanır.
- Her ikisi de proteinlerin ayrılması ve tanımlanması için kullanılır.
- Her ikisi de bileşikleri ayırmak için elektroforetik hareketliliği kullanır.
- Her ikisi de dikey veya yatay bir şekilde yapılabilir (çoğunlukla çalışma uzunluğu daha fazla olduğu için dikey Sayfa kurulumları olarak yapılır).
- Jel tankı, taraklar, güç kaynağı içeren elektroforez aparatı her iki tekniğin de çalışması için gereklidir.
- Jelin görselleştirilmesi her iki teknikte de boyama yöntemleri ile yapılabilir.
SDS Sayfası ile Yerel Sayfa Arasındaki Fark Nedir?
SDS Sayfası vs Yerel Sayfa |
|
| SDS Sayfası veya Sodyum-dodesil sülfat Sayfası, proteinleri moleküler ağırlıklarına göre ayırır ve bir denatüre edici jel kullanır. | Native Page, denatüre edici olmayan jeller kullanır ve proteinleri boyutlarına, yüklerine ve şekillerine göre ayırır (3D konformasyon). |
| Jel Tipi | |
| SDS sayfasında bir denatüre jel kullanılır. | Yerel sayfada denatüre edici olmayan bir jel kullanılır. |
| SDS'nin Varlığı | |
| SDS, SDS sayfasında numuneye negatif yük vermek için bir deterjan olarak bulunur. | SDS yerel sayfada yok. |
| Ayrılık Temeli | |
| Proteinlerin ayrılması, SDS sayfasındaki proteinin moleküler ağırlığına bağlıdır. | Ayırma, yerel sayfadaki protein molekülünün boyutuna ve şekline bağlıdır. |
| Protein Kararlılığı | |
| SDS sayfasında proteinin stabilitesi düşüktür. | Yerel sayfada protein stabilitesi yüksektir. |
| Orijinal Proteinin Geri Kazanılması | |
| SDS sayfasında denatüre olduğu için mümkün değildir. | Yerel sayfada mümkündür. |
Özet – SDS Sayfası ve Yerel Sayfa
SDS Sayfası ve Yerel Sayfa, proteinleri ayırmak için kullanılan iki tür Poliakrilamid jel elektroforez tekniğidir. SDS Sayfası, SDS adı verilen bir deterjanla işlenir. SDS, proteine genel bir negatif yük verir, bu da proteinin denatürasyonu ile sonuçlanır. Bu nedenle, proteinler moleküler ağırlıklarına göre ayrılır. Buna karşılık, Yerel Sayfa tekniği herhangi bir denatüre edici ajan kullanmaz. Böylece proteinler ya boyutlarına ya da şekillerine göre ayrılır. Bu, SDS sayfası ile yerel sayfa arasındaki farktır.
