NGS ve WGS arasındaki temel fark, yeni nesil dizilemenin (NGS), yüksek verim, düşük maliyetli ve hızlı, büyük ölçüde paralel ikinci nesil bir dizileme teknolojisi olması, tam genom dizileme (WGS) ise Sanger dizilimi, shotgun yaklaşımı veya yüksek verimli NGS dizilimi gibi dizileme tekniklerini kullanarak bir hücrenin tüm genomik DNA'sını tek seferde analiz etmeye yönelik kapsamlı bir yöntem.
Son birkaç on yılda, hızlı dizileme tekniklerinin ve biyoinformatik araçlarının keşfi nedeniyle insan ve diğer hayvanların genomunun anlaşılması büyük ölçüde arttı. Sanger dizileme gibi geleneksel dizileme tekniklerinin, yeni nesil dizileme (NGS) ve nanogözenek dizileme gibi yeni hızlı dizileme yöntemlerinin geliştirilmesini gerektiren sınırlamaları vardı. Tüm genom dizileme (WGS) tekniği, Genomic England, İngiltere'nin 100.000 genomik projesi gibi birçok genomik araştırma projesinde halihazırda kullanılan yeni bir yaklaşımdır. Dolayısıyla, NGS ve WGS, şu anda birçok genomik projede kullanılan iki dizileme yöntemidir.
NGS nedir?
NGS (yeni nesil sıralama), yüksek verim, düşük maliyetli ve hızlı, büyük ölçüde paralel ikinci nesil bir sıralama teknolojisidir. Yeni nesil dizileme için kesin bir tanım yoktur. Ancak bunu geleneksel kılcal tabanlı sıralama tekniklerinden açıkça ayırt edebiliriz. Yeni nesil dizileme, tek bir deneyde toplam boyutu 1 milyon baz çiftinden daha büyük olan bir DNA molekülünün dizilenmesine izin verir. Aynı anda birden fazla kişinin DNA'sının dizilenmesine izin vermek gibi benzeri görülmemiş hız ve yüksek verim seçenekleri sunar. Bu, bireysel sıralama reaksiyonlarının hacminin minyatürleştirilmesiyle elde edilir. Ayrıca, bu aynı zamanda aletlerin boyutunu da sınırlar ve reaksiyon başına reaktif maliyetini en aza indirir.
Şekil 01: NGS Platformları
NGS, biyolojik araştırma alanında şimdiden devrim yaratan kısa okumalı bir sıralama yöntemidir. Ayrıca NGS, de novo genom dizilimi, tam genom dizilimi, transkriptom analizi, küçük RNA ve mikro RNA dizilimi, hedefli yeniden dizileme ve tam ekzom dizilimi gibi çeşitli alanlarda uygulanır.
WGS nedir?
WGS (tüm genom dizilimi), Sanger dizilimi, shotgun yaklaşımı veya yüksek verimli NGS dizilimi gibi dizileme tekniklerini kullanarak bir hücrenin tüm genomik DNA'sını tek seferde analiz etmenin kapsamlı bir yöntemidir. Aynı zamanda tam genom dizilimi veya tam genom dizilimi olarak da bilinir. Tüm genom dizilimi, bir organizmanın tüm kromozomal DNA'sının yanı sıra mitokondrideki DNA'nın ve bitkiler için kloroplasttaki DNA'nın tek seferde dizilenmesini gerektirir. WGS, bilim adamlarının eksiksiz DNA setini oluşturan tüm harflerin tam sırasını okumasını sağlar. NGS platformunu kullanan WGS'nin klinik kurulumda devrim yaratması bekleniyor.
Şekil 02: WGS ve Hiyerarşik Av Tüfeği Sıralaması
Tüm genom dizilimi klinik bakıma 2014 yılında tanıtıldı. Ayrıca, WGS uygulaması, ilişkilendirme çalışmalarında fonksiyonel varyantları saptamak için SNP düzeyinde gen dizilemesini, kişiselleştirilmiş tıpta terapötik müdahaleyi, evrimsel biyolojiyi, karşılaştırmalı genomik analizi içerir., mutasyonlar ve yeniden düzenleme çalışmaları, nadir varyant ilişkilendirme çalışmaları ve hastalık duyarlılığı ve ilaç yanıtının tahmin edilmesi.
NGS ve WGS Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- NGS ve WGS iki sıralama tekniğidir.
- Her iki teknik de DNA veya RNA'yı sıralar.
- Bu teknikler yeni ve güvenilirdir.
- Her ikisi de hastalıkların teşhisinde ve ilaç keşfinde kullanılır.
NGS ve WGS Arasındaki Fark Nedir?
NGS, yüksek verimli, düşük maliyetli ve hızlı, büyük ölçüde paralel ikinci nesil bir dizileme teknolojisidir; WGS ise, aşağıdaki gibi dizileme tekniklerini kullanarak bir hücrenin tüm genomik DNA'sını tek seferde analiz etmenin kapsamlı bir yöntemidir. Sanger dizilimi, av tüfeği yaklaşımı veya yüksek verimli NGS dizilimi olarak. Bu, NGS ve WGS arasındaki temel farktır. Ayrıca, NGS yalnızca ikinci nesil sıralama yöntemlerinden oluşurken WGS birinci, ikinci ve üçüncü nesil sıralama yöntemlerinden oluşur.
Aşağıdaki tablo, NGS ve WGS arasındaki farkları yan yana karşılaştırma için tablo biçiminde sunar.
Özet – NGS vs WGS
Geçtiğimiz yıllarda, çağdaş moleküler araştırmalarda rutin olarak farklı sıralama teknikleri uygulandı. Hatta birçok klinik uygulama için çok güçlü araçlardır. NGS ve WGS, şu anda birçok genomik projede yer alan iki dizileme yöntemidir. NGS, yüksek verimli, düşük maliyetli ve hızlı ikinci nesil bir sıralama teknolojisidir. Öte yandan, WGS, Sanger dizilimi, shotgun yaklaşımı veya yüksek verimli NGS dizilimi gibi dizileme tekniklerini kullanarak bir hücrenin tüm genomik DNA'sını veya tam genomik DNA'sını tek seferde analiz etme yöntemidir. İşte NGS ve WGS arasındaki farkın özeti bu.
