Anahtar Farkı – Genotipleme ve Sıralama
Genotipleme ve dizileme, bir organizmanın esas olarak DNA'sı olmak üzere nükleik asitler hakkında bilgi elde etmek için gerçekleştirilen iki tekniktir. Genotipleme ve dizileme arasındaki temel fark, genotipleme, bireyin belirteçleri kullanarak hangi genetik varyanta sahip olduğunu belirleme işlemidir, dizileme ise verilen DNA parçası içindeki nükleotit dizisinin doğru sırasının belirlenmesidir.
Genotipleme Nedir?
Genotipleme, bir DNA dizisi ve belirteçler kullanılarak bir bireyin genetik yapısının belirlenmesi ve kalıtımının karşılaştırılması ve tanımlanmasıdır. Genotiplendirme, organizmaların evrimsel biyolojisi, popülasyon biyolojisi, taksonomisi, ekolojisi ve genetiğinde önemlidir. DNA dizileme, polimeraz zincir reaksiyonu, kısıtlama fragman uzunluk polimorfizmi (RFLP), rastgele amplifiye polimorfik algılama, amplifiye fragman uzunluk polimorfizmi (AFLP), DNA mikrodizileri vb. dahil olmak üzere farklı tekniklerle gerçekleştirilebilir.
Genotipleme, DNA dizilerinin belirli küçük parçalarının dizilenmesini ve genetik belirteçler kullanılarak genetik bileşimin diğer bireylerle ilişkisinin bulunmasını içerir. Bireyler veya spesifik aleller arasındaki tek nükleotid polimorfizmlerini (SNP'ler) belirler. Genotipleme, insanlar da dahil olmak üzere çok çeşitli organizmalara uygulanabilir. Ayrıca virüs, mantar vb. mikroorganizmalara da uygulanabilir ve referans profilleri ile genetik varyantlarını belirlemek için kullanılabilir. Moleküler epidemiyoloji ve adli mikrobiyolojide başta mikroorganizmalar olmak üzere patojenlerin kontrolü genotiplemeden elde edilen bilgilerle yapılır. Soyağacı analizinde genotipleme çok önemlidir. İnsanlar, anneliği ve babalığı doğrulamak için genotiplendirilir. Genotip, belirli özelliklere karar veren genlerin baskın ve çekinik alellerini ortaya çıkaracaktır.
Şekil_1: RFLP Genotipleme
Sıralama Nedir?
Sekanslama, belirli bir DNA veya RNA fragmanındaki nükleotidin doğru sırasını belirleme işlemidir. Bir organizmanın büyümesi ve gelişmesi için gerekli olan neredeyse tüm bilgiler onun genomunda kodlanmıştır. Birkaç yüz nükleotid uzunluğundaki nükleik asit fragmanlarını üretmek ve ayırmak için tekniklerin mevcudiyeti, belirli bir DNA veya RNA fragmanının tam nükleotid dizisini belirleme prosedürlerinin geliştirilmesine yol açtı. Günümüzde farklı dizileme yöntemleri mevcuttur. Bu dizileme yöntemleri, bir organizmanın tüm genomunu temsil eden genom kütüphanelerinin oluşturulmasına yönelik teknolojilerle birlikte, o organizmanın tüm genomunun dizilenmesini kolaylaştırır, gen yapılarının, gen fonksiyonlarının, gen konumlarının, gen ifadelerinin derinlemesine analizini yapar, gen haritalama, gen düzenleyici bölgeler vb.
Birçok virüsün, birkaç bakterinin, arkebakterilerin, mayaların ve diğer bazı organizmaların toplam genomları dizilendi ve haritalandı. İnsan genom projesi, tüm insan genomunun dizilimini ve haritasını çıkarmayı ve ilk taslağını 2003 yılında yayınlamayı mümkün kılmıştır. Bu, biyolojinin ilerlemesinde önemli bir kilometre taşıdır. İnsan genom dizileri artık tıp sektöründe nadir hastalıkların genetik nedenlerini belirlemek, yenidoğanlarda hastalık riskini taramak, farklı kanserlerin genetik ayrıntılarını belirlemek, yeni terapötikler geliştirmek ve yeni teşhis araçları geliştirmek vb. için kullanılmaktadır.
Bitki dünyasında pirinç genomu ve Arabidopsis genomları dizilenmiştir. Bu dizilerin bilgisi, şüphesiz, hücrelerin ve organizmaların nasıl işlediğine dair anlayışımızda devrim yaratacaktır.
Şekil_2: Sanger sıralamasının otoradyografisi
Genotipleme ve Sıralama arasındaki fark nedir?
Genotipleme ve Sıralama |
|
| Genotipleme, bir bireyin genetik bileşimini belirleme ve o organizmanın grubunu veya taksonomisini kontrol etme sürecidir. | Sekanslama, belirli bir DNA veya RNA fragmanının nükleo titlerinin kesin sırasını belirleme işlemidir. |
| Teknikler | |
| RFLP, Gen dizileme, PCR, DNA mikrodizileri, AFLP vb. | Sanger dizilimi, Gilbert dizilimi, Pyrosequencing, Yeni Nesil Dizilim, Shotgun dizilimi vb. |
| Büyük Endişeler | |
| Bu daha çok genotip farklılıklarının gerçek fenotip farklılıklarını sağlayıp sağlamadığıyla ilgilidir. | Bu daha çok nükleotidlerin sırası ve diğer organizmalarla olan farklılıkları ve değişiklikleri ile ilgilidir. |
Özet – Genotipleme ve Sıralama
Genotipleme ve sıralama, organizmaların genetik bilgilerini incelemek için faydalıdır. Genotipleme, bireyler arasındaki genotip varyasyonlarını belirleme ve kategorilerini bulma işlemidir. Dizileme, ilgili parçadaki veya DNA bölgesindeki nükleotidlerin doğru sırasını belirleme işlemidir. Her iki teknik de genler ve genomlar hakkında önemli bilgiler sağlar.
