Tüm genom dizilimi ve ekzom dizilimi arasındaki temel fark, tüm genom dizilimi bir organizmanın tüm genomunu dizilerken, ekzom dizilimi bir organizmanın yalnızca ekzomu veya protein kodlayan genlerini diziler.
Sekanslama, belirli bir DNA molekülündeki nükleotidlerin kesin sırasını belirleyen bir tekniktir. Yalnızca dört bazın doğru sırasını yansıtır; bir DNA fragmanında adenin (A), guanin (G), sitozin (C) ve timin (T). Sanger dizileme, yeni nesil dizileme, vb. gibi birkaç dizileme yöntemi vardır. Ayrıca, bir organizmanın tüm genomu (tüm genom dizilimi) veya yalnızca genomdaki protein kodlayan genler (ekzom dizilimi) dizilemeye tabi tutulabilir.
Tüm Genom Dizilimi Nedir?
İnsan genomu neredeyse üç milyar baz DNA çifti içerir. Tüm genom dizilimi, bir organizmanın tüm genomunu dizileyen bir yöntemdir. Bu nedenle, tüm genom dizilişinde, ekzomlar, intronlar, genler arası boşluklar vb. dahil olmak üzere tüm DNA molekülleri koleksiyonu dikkate alınır. Ayrıca, tüm genom dizileme dizileri yalnızca çekirdeğin içinde bulunan genomu değil, aynı zamanda mitokondriyal DNA'yı da içerir..
Şekil 01: Tüm Genom Dizileme
Bu dizilemeye hazırlanırken ilk adım tüm DNA'yı çıkarmaktır. Daha sonra, ekstrakte edilen DNA, uygun bir dizileme yöntemi kullanılarak dizileme prosedürüne tabi tutulur. Bir biyoinformatik aracı kullanarak elde edilen dizileri analiz ederek, nadir görülen hastalıkları, kanseri, bulaşıcı hastalıkları vb. bulabiliriz.
Exome Dizileme Nedir?
Exome, genomun yaklaşık %1,5'ini içeren genomun bir parçasıdır ve ekzonlar topluluğudur. Eksonlar, mRNA'ya ve ardından nihai protein ürününe kopyalanan dizilerdir. Bu nedenle, ekzom dizileme, genomdaki tüm protein kodlayan dizileri diziler. Genetik bozuklukların çoğu, protein kodlayan genlerin mutasyonları nedeniyle ortaya çıktığı için, ekzom dizileme, genetik bozuklukları ortaya çıkarır. Bu nedenle, genetik bozuklukların tanı süreçleri, hastalığı teşhis etmek için bir yöntem olarak sıklıkla ekzom dizilemeyi kullanır. Ayrıca, genetik test için tüm genom dizileme uygulamasıyla karşılaştırıldığında, ekzom dizilemenin kullanılması daha az zaman alır ve daha ucuzdur.
Şekil 02: Exome Dizileme
Ekzom dizilemede, öncelikle toplam DNA'dan sadece protein kodlayan dizilerin seçilmesi gerekir. İnsanların yaklaşık 180000 protein kodlama dizisine sahip olduğuna dikkat edin. Ardından, eksoz, yüksek verimli bir sıralama yöntemi kullanılarak sıralanır.
Tüm Genom Dizileme ve Ekzom Dizileme Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Tüm Genom Dizileme ve Exome Dizileme, dizilemenin iki uygulamasıdır.
- Her iki yöntem de her iki yöntemde de nükleotid dizisinin doğru sırasını belirlemede faydalıdır.
- Ayrıca biyoinformatik, verileri analiz etmek için her iki teknikte de yardımcı olur.
Tüm Genom Dizileme ile Ekzom Dizileme Arasındaki Fark Nedir?
Tüm genom dizileme, bir organizmanın genomunun tüm DNA'sını dizilerken, ekzom dizileme dizileri yalnızca genomdaki protein kodlama dizilerini sıralar. Bu nedenle, bu, tüm genom dizilimi ile ekzom dizilimi arasındaki temel farktır. Ayrıca, nükleotid dizisinin doğru sırasını belirlemek için her iki yöntem de yaygın olarak kullanılıyor olsa da, tüm genom dizilimi, ekzom dizilimine göre maliyetli ve zaman alıcıdır.
Aşağıdaki infografik, tüm genom dizilimi ile ekzom dizilimi arasındaki farkı tablo halinde göstermektedir.
Özet – Tüm Genom Dizilimi vs Exome Dizilimi
Dizileme, bir DNA fragmanındaki bazların kesin sırasını ortaya çıkarır ve bu, tüm genom dizilimi veya ekzom dizilimi olabilir. Burada, tüm genom dizileme dizileri bir organizmanın tam genomunu dizilerken, ekzom dizileme dizileri sadece genomdaki protein kodlayan dizileri sıralar. Uygulamaları göz önüne alındığında, tüm genom dizilimi, tüm genomdaki tek nükleotid varyasyonları, delesyonları, insersiyonları vb. gibi genetik anormallikleri analiz etmede yardımcı olurken, ekzom dizileme, genetik hastalıkların tespitinde yardımcı olur. Bu nedenle, tüm genom dizilimi ile ekzom dizilimi arasındaki fark budur.
