Hiyerarşik ve tüm genom pompalı tüfek dizileme arasındaki temel fark, hiyerarşik pompalı tüfek dizilemesinde, genom dizilemeden önce daha büyük parçalara bölünürken, tüm genom pompalı tüfek dizilemesinde tüm genom dizileme için küçük parçalara bölünür.
Sekanslama, moleküler işlemlerde, özellikle türlerin doğru tanımlanmasında önemli bir tekniktir. Aslında, bir gen veya genomdaki nükleo titlerin kesin sırasını belirleme tekniğidir. Sıralama için birçok teknik vardır. Bunlardan bazıları Maxam Gilbert Metodu, Sanger Metodu ve otomatik Sanger metodudur.
Hiyerarşik Av Tüfeği Sıralaması Nedir?
Hiyerarşik Av tüfeği sıralaması, sıralama yöntemlerinden biridir. Aynı zamanda 'yukarıdan aşağıya sıralama' olarak da adlandırılır. Ayrıca, bu yöntem iki adımdan oluşur: ilk adım genom amplifikasyonudur ve ikinci adım genom parçalanmasıdır. Bu yöntemde genom önce büyük parçalara bölünür. Bunu, vektörler veya yapay kromozomlar kullanılarak bu büyük parçaların çeşitli konakçılara klonlanması takip eder. Daha sonra bu rekombinant vektörler bir kütüphanede düzenlenir. Av tüfeği dizilimi sırasında, rekombinant vektör klonları ayrı ayrı dizilemeye tabi tutulur. Klonlardaki fragmanlar, genomun boyutunu daha da az altmak için kısıtlama sindirimine tabi tutulur, böylece dizileme yapılır.
Şekil 01: Hiyerarşik Av Tüfeği Sıralaması
Hiyerarşik av tüfeği sıralaması sırasında, av tüfeği sıralamasından önce büyük parça parçaları sırayla düzenlenmelidir. Klonlama işlemi sırasında dahil edilen moleküler belirteçlerin yardımıyla gerçekleşir.
Hiyerarşik av tüfeği dizilimi, düşük çözünürlüklü bir gen haritası oluşturur. Ancak sıralı bir dizi haritası oluşturur. Bu nedenle, doğrudan sıralamaya göre daha uzun sürer. Tüm süreç, bir rekombinant vektör kitaplığının oluşturulması nedeniyle gecikmeler. Aynı zamanda emek yoğun bir teknik midir? Ancak şu anda teknik, işi kolaylaştırmak için otomatikleştirilmiştir.
Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması Nedir?
Tüm genom av tüfeği dizilimi, tek adımlı bir dizileme işlemidir. Bu süreçte, önce tüm genom kesme işlemi gerçekleşir. Bunu takiben, bu küçük parçaların her biri rastgele dizilemeye tabi tutulur. Sıralamanın tamamlanmasının ardından, dizi analizi gerçekleşir. Dizi analizi sırasında örtüşen diziler kaldırılır ve analiz sıralı bir süreç değildir. Bu nedenle, dizilerin montajı, hiyerarşik pompalı tüfek dizilimine kıyasla daha az verimli bir süreçtir. Ancak, tüm genom pompalı tüfek dizileme süreci daha hızlıdır ve tüm genomun analizi tek bir örnekte gerçekleşebilir.
Hiyerarşik ve Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Hiyerarşik ve tüm genom pompalı tüfek dizilimi iki dizileme yaklaşımıdır.
- Her ikisi de Sanger dizileme veya otomatik Sanger dizileme yöntemlerinden geçer.
- DNA ve RNA fragmanlarının dizilenmesinde rol oynarlar.
- Ayrıca her iki yöntem de moleküler teşhis ve araştırma amaçlı önemlidir.
- Şu anda, her iki teknik de otomatik veya bilgisayar tabanlıdır.
- Her iki teknik de genomun parçalanmasına dayanır.
Hiyerarşik ve Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması Arasındaki Fark Nedir?
Hiyerarşik av tüfeği dizilimi, küçük dizi parçalarıyla çalışan tam genomlu pompalı tüfek dizilimine kıyasla daha büyük boyutlu parçalar üretir. Bu, hiyerarşik ve tüm genom pompalı tüfek dizilimi arasındaki temel farktır. Ayrıca, hiyerarşik av tüfeği dizilimi iki ana adımdan oluşurken, tüm genomlu av tüfeği dizilimi tek bir ana adıma dayanır.
Ayrıca, hiyerarşik ve tam genomlu pompalı tüfek dizilimi arasındaki diğer bir fark, hiyerarşik pompalı tüfek dizilimine kıyasla tam genomlu pompalı tüfek dizilişindeki çözünürlüğün daha yüksek olmasıdır.
Aşağıdaki infografik, hiyerarşik ve tüm genom pompalı tüfek dizilemesi arasındaki farkı özetler.
Özet – Hiyerarşik ve Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması
Hiyerarşik ve tam genomlu av tüfeği dizilemesi, büyük genomları dizilemek için iki tekniktir. Hiyerarşik av tüfeği dizisi, genomun daha büyük parçalara ayrıldığı iki aşamalı bir dizileme sürecidir. Buna karşılık, tam genomlu av tüfeği dizilimi, genomun küçük parçalara ayrıldığı ve doğrudan dizilendiği tek adımlı bir dizilemedir. Bu nedenle, hiyerarşik ve tüm genom av tüfeği dizilimi arasındaki temel fark budur. Ayrıca, teknik yönler iki teknik arasında farklılık gösterebilir.
