nick çevirisi ve uç doldurma arasındaki temel fark, nick çevirisinin çeşitli hibridizasyon reaksiyonları için etiketli DNA probları oluşturan bir süreçken uç doldurmanın tek iplikli çıkıntılara nükleotidler ekleyerek körleştirilmiş parçalar oluşturan bir teknik olmasıdır.
Nick çevirisi ve son doldurma moleküler biyolojide kullanılan iki tekniktir. Nick translasyonu, spesifik nükleotid dizilerini saptamak amacıyla hibridizasyon için probları etiketlemek için kullanılır. Uç dolgu, tek şeritli çıkıntılara sahip yapışkan uçları olan körleştirilmiş parçaları yapmak için kullanılır. Her iki tekniğin de büyük önemi vardır ve moleküler araştırma laboratuvarlarında rutin olarak gerçekleştirilirler.
Nick Çeviri Nedir?
Nick translasyonu, lekeleme, in situ hibridizasyon, floresan in situ hibridizasyon vb. gibi çeşitli moleküler biyolojik teknikler için etiketli problar hazırlamak için kullanılan önemli bir tekniktir. Bu, DNA etiketlemenin in vitro bir yöntemidir. DNA probları, spesifik DNA veya RNA dizilerini tanımlamak için kullanılır. Etiketli bir prob yardımıyla, karmaşık bir nükleik asit karışımından spesifik fragmanlar işaretlenebilir veya görselleştirilebilir. Bu nedenle etiketli problar çeşitli teknikler kullanılarak hazırlanır. Nick çevirisi, DNase 1 ve DNA polimeraz 1 enzimlerinin yardımıyla etiketli problar üreten böyle bir yöntemdir.
Şekil 01: Nick Çevirisi
Nick çeviri süreci, DNase 1 enzim aktivitesi ile başlar. DNase 1, nükleo titler arasındaki fosfodiester bağlarını parçalayarak çift sarmallı DNA'nın fosfat omurgasına çentikler verir. Nick oluşturulduktan sonra, nükleotidin serbest 3′ OH grubu üretilecek ve DNA polimeraz 1 enzimi bunun üzerinde hareket edecektir. DNA polimeraz 1'in 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesi, nükleo titleri DNA zincirinin 3' yönüne doğru çentikten uzaklaştırır.
Eşzamanlı olarak, DNA polimeraz 1 enziminin polimeraz aktivitesi çalışır ve çıkarılan nükleo titlerin yerine nükleo titler ekler. Nükleo titler etiketlenirse, değiştirme etiketli nükleo titler tarafından gerçekleşecek ve DNA'yı tanımlama için işaretleyecektir. Son olarak, bu yeni sentezlenmiş etiketli DNA, çeşitli hibridizasyon reaksiyonlarında prob olarak kullanılabilir.
Son Doldurma Nedir?
Son doldurma, moleküler biyolojide körleştirilmiş parçalar yapmak için kullanılan bir tekniktir. Kısıtlama sindirimi, çıkıntılı parçalar üretir. Bu fragmanlar, plazmit vektörlerine bağlanmak için uyumlu olmayabilir. Vektörler genellikle uyumlu olmayan uçların birleştirilmesine izin vermek için körleştirilir. Bu nedenle, çıkıntılı fragmanlar, çıkıntı polimerizasyon için şablon olarak kullanılarak tamamlayıcı zincire nükleotidler eklenerek körleştirilebilir. Bu işlem son doldurma olarak bilinir.
DNA Polimeraz I'in Klenow fragmanı ve T4 DNA Polimeraz gibi DNA polimerazları, son dolguyu katalize eder. Doldurmak için nükleotidler eklerler (5' → 3') ve geri çiğniyorlar (3' → 5'). Yapışkan uçlar dolduğunda, körleşirler ve bir vektöre bağlanmaya hazır olurlar.
Ayrıca, DNA moleküllerini etiketlemek için son doldurma kullanılabilir. Ancak, yalnızca yapışkan uçlu DNA moleküllerini etiketlemek için kullanılabilir. Nick çevirisi ile karşılaştırıldığında, son doldurma nadiren DNA kırılmalarına neden olan daha nazik bir yöntemdir.
Nick Çevirisi ve Son Doldurma Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Hem nick çevirisi hem de son doldurma moleküler biyolojik tekniklerdir.
- Probları etiketlemek için kullanılabilirler.
- İkisi de in vitro
Nick Çevirisi ile Son Doldurma Arasındaki Fark Nedir?
Nick çevirisi, hibridizasyon için etiketli problar oluşturan bir tekniktir. Buna karşılık, uç doldurma, vektörlere ligasyon için künt parçalar oluşturan bir tekniktir. Bu, nick çevirisi ile son doldurma arasındaki temel farktır. Ayrıca, Nick çevirisi 5'ila 3' eksonükleaz aktivitesinin kullanılmasını gerektirirken, son doldurma 5'ila 3' eksonükleaz aktivitesini gerektirmez.
Aşağıdaki infografik, nick çevirisi ile son doldurma arasındaki farkları daha ayrıntılı bir şekilde tablo haline getiriyor.
Özet – Nick Çevirisi ve Son Doldurma
Nick çevirisi, radyoetiketli nükleotidleri DNA'ya dahil eden bir yöntemdir. DNase 1 ve E. coli DNA polimeraz 1 enzimlerinin aktivitelerine dayalı olarak etiketli probları sentezler. Uç dolgu ise künt parçalar üreten bir tekniktir. Parçalar yapışkan uçlara sahip olduğunda (tek iplikli çıkıntılar), vektörlere bağlanmak için uçlarını köreltmek gerekir. Son doldurma, uyumlu nükleo titler ekler ve onları ligasyon için uyumlu hale getirmek için kör uç parçaları oluşturur. Böylece, bu, nick çevirisi ile son doldurma arasındaki farkı özetler.
