Anahtar Farkı – Prob vs Primer
Moleküler prob, DNA veya RNA'daki tamamlayıcı dizileri tanıyan ve hedef dizinin tanımlanmasına izin veren küçük bir DNA veya RNA parçasıdır. Primer, DNA sentezi için bir başlangıç noktası olarak hizmet eden küçük bir DNA veya RNA dizisidir. Primerler ve problar, şablon DNA'nın veya hedef DNA'nın tamamlayıcı nükleotidleri ile hibritleşir. Ancak, prob ve primer arasındaki temel fark, DNA replikasyonu için primerler gerekliyken, numune DNA'sındaki spesifik dizilerin tespiti için problar gereklidir.
Sonda nedir?
Prob, moleküler hibridizasyon yoluyla numunedeki hedef DNA veya RNA'yı tespit etmek için kullanılan küçük bir DNA veya RNA fragmanıdır. Moleküler belirteçler olarak da bilinirler. Probun uzunluğu değişebilir (100 ila 1000 baz) ve prob nükleotidleri, hedef dizinin bir kısmını tamamlayıcıdır. Tespit kolaylığı için, problar radyoaktif izotoplarla veya floresan boyalar veya antikorlarla etiketlenir. Problar, hedef dizinin tamamlayıcı bazlarına bağlanır ve numunedeki hedef DNA veya RNA'nın varlığını ortaya çıkarır. Probları etiketlemenin iki ana yöntemi vardır: uç etiketleme ve nick çevirisi. Problar, DNA probları, RNA probları, cDna probları ve sentetik oligonükleotid probları dahil olmak üzere farklı tiplere ayrılır ve farklı teknikler kullanılarak hazırlanırlar.
Problar, viroloji, adli patoloji, babalık testi, DNA parmak izi, genetik hastalıkların tespiti, RFLP, moleküler sitogenetik, in situ hibridizasyon vb. gibi birçok mikrobiyal ve moleküler alanda önemli araçlardır.
Şekil 01: FISH'te patojen tespiti için kullanılan floresan etiketli prob
Astar nedir?
Primer, DNA sentezi için bir başlatıcı görevi gören kısa bir DNA veya RNA parçasıdır. DNA polimeraz enzimi, primer dizisinin 3' OH grubuna nükleotidler ekler ve şablon DNA'yı tamamlayan yeni zinciri sentezler. Primerler, 18 ila 20 nükleotid uzunluğunda çok kısa parçalardır. Laboratuarda in vitro DNA amplifikasyonu (PCR) için kimyasal olarak sentezlenirler. Primerler, kullanıcı tarafından tasarlandıkları için herhangi bir nükleotid dizisine sahip olabilirler. Şablon DNA'nın tamamlayıcı bazlarıyla eşleşecek şekilde sentezlenirler. Bu nedenle, herhangi bir nükleotit dizisine sahip olabilir. DNA polimeraz, önceden var olan bir DNA parçası olmadan yeni DNA sentezleyemediğinden, primerler DNA replikasyonu için son derece önemlidir. PCR için primerler tasarlanırken aşağıdakilerin dikkate alınması gerekir:
- Primerler, çoğ altmak isteyen DNA'nın yan ucunun tamamlayıcı nükleotidlerini içermelidir.
- Astarların erime sıcaklığı 55 – 65 arasında olmalıdır 0C
- G ve C içeriği %50 ila %60 arasında olmalıdır.
Örnek DNA'nın her iki zincirini kopyalamak için PCR'de ileri ve geri olarak iki primer kullanılır. Primerler yaygın olarak PCR ve DNA dizilimi gerçekleştirmek için kullanılır.
Şekil 02: PCR'da astar tavlama
Probe ve Primer arasındaki fark nedir?
Prob vs Primer |
|
| Prob, moleküler hibridizasyon yoluyla bir numunedeki hedef dizinin varlığını tespit etmek için kullanılan küçük bir DNA/RNA parçasıdır. | Astar, DNA replikasyonu için bir başlangıç noktası olarak hizmet eden küçük bir DNA veya RNA dizisidir. |
| Fonksiyon | |
| Bu, DNA veya RNA örneğinde belirli bir dizinin varlığını tespit eder. | Bu, DNA sentezi için bir başlangıç noktası görevi görür. |
| Uzunluk | |
| Uzunluk 100 – 1000 baz aralığında olabilir | Uzunluk genellikle yaklaşık 18 – 20 bazdır |
| Tamamlayıcı Sırayla Bağlama | |
| Prob, hedef dizinin tamamlayıcı bazlarıyla hibritleşir | DNA ipliklerinin tamamlayıcı bazlarıyla primer tavlanır. |
| Etiketleme | |
| Problar, algılama kolaylığı için etiketlenmiştir | Astarlar genellikle etiketlenmez |
| PCR'de kullanın | |
| Problar PCR'da kullanılmaz | Primerler PCR'da kullanılır |
Özet – Probe vs Primer
Prob, numunedeki bir hedef diziyi tespit etmek için tamamlayıcı nükleo titlerle hibritlenebilen küçük bir DNA veya RNA dizisi parçasıdır. Problar, hedef dizinin varlığını görmek için radyoaktif, immünolojik veya floresan olarak etiketlenir. Primer, in vitro DNA amplifikasyonu için başlangıç noktası görevi gören çok küçük bir DNA veya RNA fragmanıdır. DNA polimeraz, 3' OH grup primerini tanımlar ve şablona tamamlayıcı yeni iplik oluşumunu başlatır. Problar ve primerler, tamamlayıcı nükleotidlerle hibritleşerek benzer şekilde çalışır. Bu nedenle, prob ve primer arasındaki temel fark, onların ana işlevidir.
