Genomik DNA ve plazmid DNA izolasyonu arasındaki temel fark, genomik DNA izolasyonunun genomik DNA'nın çıkarılmasını hedeflemesi, plazmid DNA izolasyonunun ise bakterilerin plazmid DNA'sının çıkarılmasını hedeflemesidir.
DNA izolasyonu, DNA'yı farklı türlerden veya farklı örneklerden izole etmek için kullanılan kimyasal bir işlemdir. Jel elektroforezi, polimeraz zincir reaksiyonu ve DNA dizileme teknikleri gibi akış aşağı moleküler biyoloji tekniklerinde DNA izolasyonu önemlidir. Bu nedenle, DNA izolasyonu moleküler biyolojik çalışmalarda önemli bir kimyasal süreçtir. Araştırmanın amacına göre bazen genomik DNA'nın izole edilmesi gerekebilir. Ek olarak, bazı çalışmalar plazmit DNA'yı bakterilerden izole etmeye odaklanmaktadır. Genomik DNA izolasyonu, prokaryotik veya ökaryotik bir örnekten genomik DNA'nın izole edilmesi işlemidir. İzolasyon adımları, DNA'nın izole edildiği hücrenin tipine göre farklılık gösterir. Plazmid DNA izolasyonu, bir bakteri hücresinden plazmid DNA izolasyonu işlemidir. Genomik DNA izolasyonu ile karşılaştırıldığında, plazmid DNA izolasyonunda genel süreç karmaşıktır.
Genomik DNA İzolasyonu Nedir?
Genomik DNA izolasyonu, bir organizmanın tüm genomik DNA'sını çıkarma işlemidir. Bu özel süreç üç ana olayı içerir. Bunlar, hücre lizizi veya nükleer liziz, protein bozunması veya proteolizi ve genomik DNA'nın çökeltilmesidir. Parçalama adımı hücre tipine göre farklılık gösterebilir. Prokaryotlarda peptidoglikan hücre duvarı olduğu için ilk adım hücre duvarının parçalanması olmalıdır. Öte yandan, ökaryotlarda, lizis adımı, DNA'yı dışarıya çıkarmak için plazma zarının ve nükleer zarın parçalanmasını içerir. Buna karşılık, bitki ve mantar hücre duvarlarını parçalamak için özel adımlar gereklidir.
Şekil 01: Genomik DNA İzolasyonu
Sonuç olarak, lizis adımı tamamlandığında, sonunda DNA süpernatanta gelecektir. Aynı zamanda, proteinaz K'nin eklenmesi nedeniyle çözeltide protein degradasyonu da gerçekleşir. Bir sonraki adım, genomik DNA ve degrade proteinleri birbirinden ayırmaktır. Bu nedenle, bozunmuş proteinler çökelme yoluyla ayrılır ve genomik DNA'nın süpernatanda kalmasına izin verir. Proteinlerin çökeltilmesinden sonra, genomik DNA çökeltilebilir ve deney için gerekli olana kadar uygun bir tamponda yeniden süspanse edilebilir.
Doğrusal DNA olan genomik DNA, bir organizmanın tüm genetik bilgilerini içerir. Diğer bir deyişle genom, hücrenin tüm yapısal ve fonksiyonel aktivitelerinden sorumlu olan canlı bir organizmanın kalıtım materyalidir. Hem kodlayan hem de kodlamayan DNA dizilerinden oluşur. Genomik DNA'yı izole ederken, organizmanın tüm genomunu içerir.
Plazmid DNA İzolasyonu Nedir?
Plazmid DNA izolasyonu, DNA izolasyonunun özel ve daha karmaşık bir işlemidir. Plazmitler, çoğu bakteri hücresinde bulunan kromozom dışı DNA'dır. Bakterilerin zorlu çevre koşullarında hayatta kalmasını destekleyen atıl dairesel DNA'dır. Plazmit DNA, bakterilere antibiyotik direnci, virülans özellikleri ve toksik özellikler gibi ek avantajlar sağlayan özel dirençli genlerden oluşur.
Şekil 02: Plazmid DNA İzolasyonu
Plazmid DNA izolasyonu ayrıca üç ana süreci içerir; hücre liziz, proteinoliz ve DNA çökeltme. İzolasyonun biyokimyasal mekanizması genomik DNA izolasyonununkine benzer olsa da, süreç ondan daha karmaşıktır. Hücre liziz süreci bu prosedürdeki en önemli süreçtir. En önemlisi genomik DNA ve plazmit DNA birbiriyle karıştırılmamalıdır. Bu nedenle, plazmit DNA izolasyon prosedürüne çok daha hafif bir lizis işlemi dahil edilir. Bu nedenle, çoğu plazmid DNA izolasyon prosedüründe deterjan kullanın; hücre lizizi için sodyum dodesil sülfat.
Genomik DNA ve Plazmid DNA İzolasyonu Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Genomik DNA ve Plazmid DNA izolasyonu, bir organizmanın DNA'sını çıkarmaya odaklanır.
- Ayrıca, her ikisi de hücre lizizi, protein bozunması ve DNA çökelmesini içeren aynı genel süreci takip eder.
- Ayrıca, her iki işlemin elde edilen DNA'sı sonraki işlemler için önemlidir.
- Ayrıca, her iki izolasyon işlemi de DNA'yı belirtilen saklama koşulları altında saflaştırma ve saklama adımlarını içerir.
- Ayrıca, proteinaz K, proteinleri parçalamak için her iki yöntemde de kullanılır.
Genomik DNA ile Plazmid DNA İzolasyonu Arasındaki Fark Nedir?
Genomik DNA izolasyonu, hedef organizmanın tüm genomik DNA'sının çıkarılmasına odaklanırken, plazmid DNA izolasyonu, belirli bakteri türlerinden yalnızca plazmid DNA'nın izole edilmesine odaklanır. Bu nedenle, genomik DNA ve plazmid DNA izolasyonu arasındaki temel fark budur. Ayrıca genomik DNA ile plazmid DNA izolasyonu arasındaki bir diğer fark da prosedürdedir. Genomik DNA izolasyonu, plazmid DNA izolasyonuna kıyasla daha az karmaşık bir prosedürdür. Bu nedenle plazmid DNA izole edilirken genomik ve plazmid DNA'nın birbirine karışmasını engelleyecek önlemler alınması gerekir.
Aşağıdaki bilgi grafiği, genomik DNA ve plazmid DNA izolasyonu arasındaki fark hakkında daha fazla ayrıntı sağlar.
Özet – Genomik DNA ve Plazmid DNA İzolasyonu
DNA izolasyonu moleküler biyoloji tekniklerinde önemli bir süreçtir. Genomik DNA ve plazmit DNA (ekstra kromozomal DNA) olmak üzere iki tür DNA vardır. İhtiyaca göre bazı prosedürler genomik DNA'yı izole etmek için yapılırken, bazı prosedürler sadece plazmit DNA'yı bakterilerden izole etmeye odaklanır. Bu nedenle, her iki süreçte yer alan adımlar birbirinden biraz farklıdır. Ancak, genel süreç her iki izolasyonda da aynıdır. Her iki işlemin de izole edilmiş DNA'sı, klonlama, jel elektroforezi ve polimeraz zincir reaksiyonları gibi akış aşağı işlemlerde büyük bir kullanıma sahiptir. Genomik DNA izolasyon protokolünün sonunda organizmanın tüm genomik DNA'sı nihai ürün olarak izole edilebilirken, plazmid DNA izolasyon protokolünün sonunda ilgili bakterinin plazmit DNA'sı nihai ürün olarak izole edilebilir. Bu nedenle, genomik DNA ile plazmid DNA izolasyonu arasındaki fark budur.
