Moleküler yerleştirme ve puanlama arasındaki temel fark, yerleştirmenin iki molekül arasındaki bağlanma afinitesini belirlemek için kullanılan bir teknik olması, puanlamanın ise uygun moleküller arası etkileşimlerin sayısını sayarak belirli bir pozu değerlendirme süreci olmasıdır.
Moleküler yerleştirme ve puanlama terimleri moleküler modelleme alanında kullanılır. Moleküler modelleme, belirli bir maddedeki farklı moleküllerin olası düzenlemelerini belirlemek için kullanılan bir tekniktir. Bu teknik, yeni kararlı bileşikler oluşturmada önemlidir.
Moleküler Yerleştirme Nedir?
Moleküler yerleştirme, bir reseptöre bağlanan aday ligandın hesaplamalı bir simülasyonudur. Bu yöntem, kararlı bir kompleks oluşturmak üzere birbirine bağlandığında bir molekülün diğerine tercih edilen yönelimini tahmin eder. Bu teknikten elde edilen sonuçlar, iki molekül arasındaki birleşmenin veya bağlanma afinitesinin gücünü tahmin etmek için kullanılabilir. Burada moleküler puanlama işlevi de önemlidir.
Şekil 01: Biyolojik Sistemlerde Moleküler Etkileşimlerin Sürecini Gösteren Basit Bir Diyagram
Genel olarak, bu teknik proteinler, pep titler, nükleik asitler, karbonhidratlar ve lipitler gibi biyolojik olarak ilgili molekülleri dikkate alır. Bu moleküller çok önemlidir ve vücudumuzdaki sinyal iletim mekanizmalarında önemli rol oynarlar. Bu nedenle, bu sinyal iletim işlemi için bağlanacak olan iki molekülün oryantasyonu, burada üretilen sinyalin türünü etkiler. Bunun anlamı; moleküler yerleştirme biyolojik sistemlerde sinyal iletimi sırasında üretilen sinyalin hem gücünü hem de türünü belirlemede önemlidir.
Ayrıca moleküler yerleştirme teknikleri, yapı temelli ilaçların tasarlanmasında önemlidir. Bunun nedeni, ligandlar gibi küçük moleküllerin uygun bir bağlanma bölgesine bağlanma konformasyonunun tahmin edilebilirliğidir.
Moleküler Puanlama Nedir?
Moleküler puanlama, moleküler yerleştirmenin ilerlemesini değerlendirmede yararlı olan bir tür matematiksel fonksiyondur. Hesaplamalı kimya alanında, yerleştirme işleminden sonra iki molekül arasındaki bağlanma afinitesini tahmin etmek için puanlama fonksiyonları kullanılır. Örneğin, küçük bir parçacık ilaç molekülümüz varsa ve protein gibi biyolojik bir hedef varsa, ilacın bağlanma bölgesine afinitesini değerlendirebiliriz. Ayrıca moleküler puanlama, iki protein arasındaki veya bir protein ile DNA molekülleri arasındaki moleküller arası etkileşimleri tahmin etmek için kullanılabilir.
Şekil 02: Kısaca Puanlama Fonksiyonu
Moleküler puanlamanın ana uygulaması ilaç tasarım süreçlerindedir-örneğin, sanal tarama, de novo tasarım, lead optimizasyonu vb.
Moleküler Yerleştirme ile Puanlama Arasındaki Fark Nedir?
Moleküler yerleştirme ve puanlama, moleküler modellemede önemlidir. Moleküler yerleştirme ve puanlama arasındaki temel fark, yerleştirme iki molekül arasındaki bağlanma afinitesini belirlemek için kullanılan bir teknikken puanlama, uygun moleküller arası etkileşimlerin sayısını sayarak belirli bir pozu değerlendirme sürecidir.
Aşağıdaki infografik, moleküler yerleştirme ve puanlama arasındaki farkı özetler.
Özet – Moleküler Yerleştirme ve Puanlama
Moleküler yerleştirme ve puanlama, moleküler modellemede önemlidir. Moleküler yerleştirme ve puanlama arasındaki temel fark, yerleştirme iki molekül arasındaki bağlanma afinitesini belirlemek için kullanılan bir teknikken puanlama, uygun moleküller arası etkileşimlerin sayısını sayarak belirli bir pozu değerlendirme sürecidir.
