Sakaroz gradyan ve sükroz yastıklı ultrasantrifüj arasındaki temel fark, sükroz gradyanlı ultrasantrifüjlemede sürekli bir sükroz gradyan kullanılırken sükroz yastıklı ultrasantrifüjlemede süreksiz bir sükroz gradyan kullanılır.
Sukroz gradyan ve sakaroz yastıklı ultrasantrifüjleme, belirli makromolekül türlerini ayırmak için kullanılan iki benzer teknik türüdür. Her iki teknikte de bir sakaroz yoğunluk gradyanı kullanılır. Ancak sakaroz gradyanlı ultrasantrifüjlemede sürekli bir yoğunluk gradyanı kullanılırken sakaroz yastıklı ultrasantrifüjlemede süreksiz bir yoğunluk gradyanı kullanılır.
Sukroz Gradyan Ultrasantrifüj nedir?
Sukroz gradyan ultrasantrifüjleme, DNA, RNA ve proteinler gibi makromolekülleri parçalara ayırmak için kullanılabilen bir tekniktir. Bu teknikte birkaç adım vardır. Bunlar sakaroz gradyan hazırlama, santrifüjleme, ayırma ve elüsyondur. Gradyan hazırlığı bu teknikte anahtar adımdır. Bu teknikte, farklı boyutta makromoleküller içeren numune, bir sakaroz gradyan kolonunun yüzeyinde katmanlanır. Santrifüjleme sırasında, farklı büyüklükteki makromoleküller, sakaroz gradyan kolonu boyunca farklı oranlarda çökelirler. Sedimantasyon, santrifüjleme kuvveti, boyut şekli ve makromoleküllerin yoğunluğu, gradyanın yoğunluğu ve viskozitesi gibi çeşitli faktörlere bağlıdır. Santrifüjlemenin sonunda, makromoleküller yoğunlukla uzaysal olarak ayrılır. Daha büyük makromoleküller (yüksek yoğunluklu makromoleküller) dibe doğru çöker. Daha hafif olanlar (düşük yoğunluklu makromoleküller) degradenin tepesinde kalır. Bu nedenle, moleküller farklı bantlar halinde ayrılır. Daha sonra bantlar ayrılmalı ve spesifik makromolekülün sakarozdan saflaştırılması yapılmalıdır.
Şekil 01: Sükroz Gradyan Ultrasantrifüjleme
Uygulama tarafında, bu yöntem DNA moleküllerinin fraksiyonlanması için yaygın olarak kullanılmaktadır. Sükroz gradyan ultrasantrifüjleme, protein kompleksi boyutunu ve bileşimini karakterize etmek için yaygın olarak kullanılır. Ayrıca, bu teknik mRNA'nın kısmi saflaştırılması için kullanılır.
Sukroz Yastık Ultrasantrifüj nedir?
Sukroz yastıklı ultrasantrifüjleme, makromoleküllerin fraksiyonlanmasını sağlayan başka bir tekniktir. Sükroz yoğunluk gradyanlı ultrasantrifüjlemenin aksine, sükroz yastıklı ultrasantrifüjleme süreksiz bir yoğunluk gradyanı kullanır. Sükroz konsantrasyonu, ayrı adımlarla yukarıdan aşağıya doğru artar. Bu teknikte ayırma, berraklaştırılmış özütün, sakaroz yastığı olarak adlandırılan bir santrifüj tüpündeki küçük hacimli bir sakaroz çözeltisinin üzerine yerleştirilmesiyle sağlanır. Bu, yüksek hızlı santrifüjlemede daha iyi ayırma sağlar. Moleküller sakaroz yastığı arasında bir bant olarak ayrıldığında, beyaz bant toplanıp saflaştırılabilir. Ayrıca safsızlıklar, sakaroz yastıklama yöntemi kullanılarak daha da uzaklaştırılabilir. Sükroz yastıklama yöntemi, tüpün %60-70'inin numune ile dolmasını sağlar. Bu nedenle, sakaroz yastık yöntemi, daha büyük bir numune hacminin işlenmesini sağlar.
Sukroz Gradyan ve Sükroz Yastık Ultrasantrifüjleme Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Sukroz gradyan ve sakaroz yastıklı ultrasantrifüjleme, bir makromolekül karışımını ayırmak için kullanılan iki tekniktir.
- Her iki yöntemde de sakaroz gradyanı kullanılır.
- Santrifüjleme her iki yöntemde de bir adımdır.
- Moleküller her yöntemde bir bant veya bölge olarak çökelir.
Sukroz Gradyan ve Sükroz Yastık Ultrasantrifüjleme Arasındaki Fark Nedir?
Sakaroz gradyanlı ultrasantrifüjleme, santrifüj tüpünde sürekli bir sükroz gradyanı kullanan bir tekniktir, sükroz yastıklı ultrasantrifüj ise süreksiz bir sükroz gradyanı kullanan bir tekniktir. Bu nedenle, sakaroz gradyanı ve sakaroz yastıklı ultrasantrifüj arasındaki temel fark budur.
Ayrıca, sakaroz yastıklı ultrasantrifüjleme, daha büyük bir numune hacminin işlenmesine izin verirken, sakaroz gradyanlı ultrasantrifüjleme, işlenecek numunenin nispeten düşük bir hacmine izin verir.
Aşağıdaki infografik, sakaroz gradyanı ve sakaroz yastıklı ultrasantrifüjleme arasındaki daha fazla farkı tablo haline getiriyor.
Özet – Sükroz Gradyan ve Sükroz Yastık Ultrasantrifüjleme
Sukroz gradyanlı ultrasantrifüjleme, sürekli bir sükroz gradyanı kullanarak makromolekülleri ayırır. Buna karşılık, sakaroz yastıklı ultrasantrifüjleme, bir karışımdaki belirli tipteki partikülleri ayırmak için süreksiz bir sakaroz gradyanı kullanır. Bu, sakaroz gradyanı ve sakaroz yastıklı ultrasantrifüjleme arasındaki temel farktır. Sükroz yastıklama yöntemi, molekülleri tüpün dibine ezen sakaroz gradyanlı ultrasantrifüjlemenin aksine mekanik strese neden olmadığı için morfolojik olarak bozulmamış parçacıkların toplanmasına izin verir. Ayrıca, sakaroz yastıklı ultrasantrifüjleme, sakaroz gradyanlı ultrasantrifüjlemeden daha büyük bir numune hacminin işlenmesine izin verir.
