CDS ve ORF arasındaki temel fark, CDS'nin bir genin proteine dönüşen gerçek nükleotid dizisi, ORF ise translasyon başlatma bölgesi (başlangıç kodonu) ile başlayan ve bir ile biten bir DNA dizisidir. çeviri sonlandırma sitesi (kodonu durdur).
Bir genin bir kodlama dizisi (CDS) vardır. Genin toplam ekzonlarından ve bir başlangıç kodonundan ve bir durdurma kodonundan oluşur. Proteini çeviren ve üreten genin gerçek kısmıdır. Açık okuma çerçevesi veya ORF, bir başlangıç kodonu ile bir durdurma kodonu arasında yer alan bir nükleotit dizisidir. ORF'nin içinde proteine dönüşen genetik kodu kesintiye uğratan bir durdurma kodonu yoktur. Prokaryotlarda bir genin CDS ve ORF'si aynıdır.
CDS nedir?
CDS veya kodlama dizisi, genin aslında bir proteine dönüşen kısmıdır. AUG kodonu ve stop kodonu olarak bilinen ekzonlar ve iki kodondan oluşur. CDS, iki Çevrilmemiş bölge içermez: 5' UTR ve 3 UTR. Ayrıca intronlar CDS'ye dahil değildir.
Şekil 01: Kodlama Sırası
Bir bireyin tüm genomuyla karşılaştırıldığında, kodlama dizileri küçük bir kesirdir. Kodlama dizisi, proteinin amino asit dizisini yapmak için gerekli nükleotid dizisinden oluşur. Bu nedenle, CDS, nükleotid üçlülerine veya kodonlarına bölünebilen konsantre ekzonlardır. Kodonlar amino asitlere yol açar.
ORF nedir?
Açık okuma çerçevesi veya ORF, bir başlangıç kodonu ile başlayan ve bir durdurma kodonu ile biten bir nükleotid dizisinin sürekli uzantısıdır. Basit bir deyişle, ORF, başlangıç ve bitiş kodonları arasında yer alan nükleotid dizisinin bölgesini ifade eder. Arada, ORF'yi kesintiye uğratan bir durdurma kodonu yoktur. Başlangıç ve bitiş kodonu arasındaki nükleotid dizisi, amino asitleri kodlar. Genellikle başlangıç kodonu ATG iken durdurma kodonları TAG, TAA ve TGA'dır. ORF, kopyalandığında ve çevrildiğinde işlevsel bir protein verir. Dolayısıyla ORF, bir başlama kodonu, orta bölgede birkaç kodon ve bir durdurma kodonu içerir. İlginçtir ki, ORF üçe bölünebilen bir uzunluğa sahiptir.
Şekil 02: Açık Okuma Çerçevesi
Prokaryotlarda, intron olmadığı için ORF, doğrudan mRNA'ya kopyalanan bir genin kodlama dizisidir. Bu nedenle prokaryotlarda CDS ve PRF aynıdır. Prokaryotlarda gen ararken, bir ORF'yi tespit etmek ve prokaryotlarda bir gen bulmak kolaydır. Ökaryotlarda intronlar olduğu için ORF, işlemden veya RNA eklemeden sonra oluşan kodon dizisidir. ORF, ORF'nin bir genin parçası olması muhtemel olduğu sürece, gen tahminine yardımcı olan bir kanıt parçasıdır.
CDS ve ORF Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Prokaryotlarda CDS ve ORF aynıdır.
- Her ikisinde de başlatma ve durdurma kodonu vardır.
- Üçle bölünebilen bir dizi nükleotidleri vardır.
- Bir kez çevrildiklerinde, amino asit dizileri üretirler.
CDS ve ORF Arasındaki Fark Nedir?
CDS, genin bir proteine dönüşen gerçek kısmı iken ORF, bir başlangıç kodonu ile bir durdurma kodonu arasındaki DNA uzantısıdır. Bu, CDS ve ORF arasındaki temel farktır. Ayrıca, CDS intron içermez, ancak ORF intron içerebilir. ORF, mRNA dizisinin bir parçası olabilirken CDS, tam bir mRNA dizisine tamamen kopyalanır. Dolayısıyla bu, CDS ve ORF arasındaki başka bir farktır.
Aşağıdaki infografik, CDS ve ORF arasındaki farkları yan yana sıralar.
Özet – CDS ve ORF
CDS ve ORF, bir genin iki önemli parçasıdır. CDS, bir proteine çevrilen gerçek DNA bölgesini ifade eder. ORF, başlangıç kodonu “ATG” ile başlayan ve üç sonlandırma kodonundan (TAA, TAG veya TGA) herhangi biri ile biten bir DNA dizisidir. ORF, bir genin tam mRNA'sının bir parçası olabilir. Bununla birlikte, bir genin kodlama dizisi, mRNA dizisini tamamlamak için kopyalanır. Tüm CDS'ler ORF'lerdir. Ancak tüm ORF'ler CDS değildir. Böylece, bu, CDS ve ORF arasındaki farkı özetler.
