cis ve trans ekleme arasındaki temel fark, cis eklemenin intronları kaldıran ve aynı RNA transkriptindeki eksonları birleştiren intramoleküler bir mekanizma olması, trans-splicing'in ise intronları veya outronları uzaklaştıran moleküller arası bir mekanizma olmasıdır. aynı RNA transkriptinde olmayan ekzonları birleştirir.
RNA ekleme, protein sentezinden önceki bir RNA işleme şeklidir. Bu süreçte, yeni yapılmış bir haberci öncesi RNA kopyası, olgun bir haberci RNA'ya dönüştürülür. Olgun haberci RNA, bir protein molekülünün üretilmesine yardımcı olur. RNA ekleme sırasında, intronlar (kodlamayan bölgeler) çıkarılır ve eksonlar (kodlayıcı bölgeler) olgun mRNA'yı oluşturmak için birleştirilir. Cis ve trans ekleme, iki tür RNA ekleme mekanizmasıdır.
Cis Ekleme Nedir?
Cis ekleme, intronları uzaklaştıran ve aynı RNA transkriptindeki eksonları birleştiren intramoleküler bir mekanizmadır. Normal cis ekleme, tek bir RNA molekülünü işler. Cis ekleme, spliceosomes tarafından gerçekleştirilen ön mRNA'nın tipik ekleme işlemidir. İntronda, bir verici bölge (intronun 5' ucu), bir dal bölgesi (intronun 3' ucuna yakın) ve bir alıcı bölge (intronun 3' ucu) ekleme için son derece önemlidir. Ekleme donör bölgesi, intronun 5' ucunda değişmez bir GU dizisi içerir. İntronun 3' ucundaki ek alıcı bölgesi değişmez bir AG dizisine sahiptir. AG dizisinin yukarısında, pirimidin bölgesi (polipirimidin yolu) adı verilen bir bölge vardır. Polipirimidin yolunun daha yukarısında, bir adenosin nükleotidini içeren bir dal noktası vardır. Bu nükleotid, kement oluşumunda rol oynar.
Şekil 01: Cis ve Trans Ekleme
Başlıca spliceosome'lar U1, U2, U4, U5 ve U6'dır. Bunlar arasında U1 ve U2 çok önemlidir. Cis eklemede, U1 5' ekleme bölgesine bağlanır ve U2, 3' ekleme bölgesine yakın dal noktasına bağlanır. U5/U4/U6, U6'nın U2'ye bağlanmasıyla ekzonları 5' bölgesinde bağlar. Daha sonra, U1 serbest bırakılır. U5 ekzondan introna kayar ve U6 5' ek yerinde bağlanır. Ayrıca, U4 de piyasaya sürüldü. U6/U2 transesterifikasyonu katalize ederek intronun 5' ucunu intron üzerindeki A nükleotidine bağlar. Bu, kement oluşumunu tetikler. Bir kement oluşumunda, U5 eksonu 3' ek yerinde bağlar ve 5' bölgesi bölünür. Eklemenin son aşamasında, U2/U5/U6 kemente bağlı kalır ve 3' alan yarılır. Buna ek olarak, bu fazda ekzonlar ATP hidrolizi kullanılarak bağlanır.
Trans Splicing nedir?
Trans ekleme, intronları veya outronları uzaklaştıran ve aynı RNA transkriptinde olmayan eksonları birleştiren moleküller arası bir mekanizmadır. Trans-splicing'de, U1 proteininin bağlanması için ön mRNA molekülünde 5' ek yeri yoktur. Bunun yerine, başlıklı ekleme lideri (SL) RNA, outron'daki diziye trans-eklenir.
Şekil 02: Trans Ekleme
Outron, ön mRNA'nın 5' başlık ile trans ek yeri arasındaki bir bölgedir. Bununla birlikte, U2 proteini genellikle 3' ek yerine bağlanır. Outron'u çıkardıktan sonra, bağlantı lideri (SL) eksonu, ön mRNA üzerindeki ilk eksona eklenir. Ayrıca, trans-splicing, genleri eksprese etmek için Kinetoplastae sınıfının protistleri gibi belirli mikroorganizmalarda gözlenen bir mekanizmadır.
Cis ve Trans Splicing Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Cis ve trans birleştirme, iki tür RNA birleştirme mekanizmasıdır.
- Her iki mekanizmada da intronlar kaldırılır.
- Ayrıca, her iki mekanizmada da eksonlar birleşerek olgun mRNA'yı oluşturur.
- Her iki mekanizma da ökaryotlarda bulunur.
- Prokaryotlarda bu mekanizmalar yoktur.
Cis ve Trans Ekleme Arasındaki Fark Nedir?
Cis splicing, intronları uzaklaştıran ve aynı RNA transkriptindeki ekzonları birleştiren intramoleküler bir mekanizmayken, trans-splicing, intronları veya outronları kaldıran ve aynı RNA'da olmayan eksonları birleştiren moleküller arası bir mekanizmadır. Transcript. Bu, cis ve trans ekleme arasındaki temel farktır. Ayrıca, cis birleştirmede, olgun mRNA'yı oluşturmak için intronlar çıkarılır. Öte yandan, transsplicing'de intronlar veya outronlar, olgun mRNA'yı oluşturmak için çıkarılır.
Aşağıdaki infografik, yan yana karşılaştırma için cis ve trans ekleme arasındaki farkları tablo biçiminde listeler.
Özet – Cis ve Trans Ekleme
RNA ekleme, protein sentezi sürecinden önceki bir RNA işleme şeklidir. Cis ve trans ekleme, ökaryotlarda bulunan iki tip RNA ekleme mekanizmasıdır. Cis ekleme, intronları uzaklaştıran ve aynı RNA transkriptinde bulunan eksonları birleştiren intramoleküler bir mekanizma iken, trans-splicing, intronları veya outronları kaldıran ve aynı RNA transkriptinde olmayan eksonları birleştiren moleküller arası bir mekanizmadır. Böylece, cis ve trans ekleme arasındaki farkın tartışması burada sona eriyor.
