Konsensüs PCR ve pan PCR arasındaki temel fark, konsensüs PCR'nin her zaman korunmuş bölgeleri hedeflemesi, Pan PCR ise bir grubun farklı suşlarını tanımlamak için değişken bölgeleri hedeflemesidir
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), denatürasyon, tavlama ve uzatma olmak üzere üç ana adımdan oluşan bir gen amplifikasyon tekniğidir. Bu, teşhis ve moleküler tanımlamada yaygın olarak kullanılmaktadır. Consensus PCR ve Pan PCR teknikleri, her PCR türünün kullandığı primer hedeflere dayanır.
Consensus PCR nedir?
Consensus PCR, belirli bir tür veya cins için korunmuş bir bölgeyi hedefleyen bir PCR tekniğidir. Bu nedenle, amplifikasyon için yüksek oranda korunan bölgeler seçilir. Bu yöntemle organizmalar, fikir birliğine göre tanımlanabilir ve ayırt edilebilir. Bu yöntem, belirli bir tür için korunmuş bir bölgeyi tanımlar. Örneğin, bakterilerin 16s rRNA bölgesi, bakteriler arasında korunmuş bir bölge olarak kalır. Bu nedenle, amplifikasyon için yalnızca bir primer seti gereklidir. Çoğu durumda, korunan bölge için özel bir evrensel primer kullanılabilir.
Şekil 01: PCR Tekniği
Bir konsensüs PCR yöntemi izlenerek, türlerin karakterizasyonu ve evrimsel ilişkiler çıkarılabilir. Belirli örnek organizmanın amplifikasyon verimliliğine dayalı olarak, organizmanın gruba yönelik fikir birliği de çıkarılabilir. Ayrıca, bir konsensüs PCR yürütmek filogenetik çalışmalarda hayati önem taşımaktadır. Bir türün tanımlanmasına izin verir ve belirli bir organizmanın ortak ata açısından gösterdiği sapmayı yorumlar.
Pan PCR nedir?
A Pan PCR, PCR'nin çoğullama modudur. Bu teknikte, çeşitli primer hedefler kullanılarak farklı suşlar amplifiye edilir. Ancak hedefler, suş grupları için ortak hedefler olabilir. Böylece Pan PCR'de tek seferde ikiden fazla primer seti kullanılabilir. Tek tüplü reaksiyon yönteminde veya çok tüplü reaksiyon yöntemi olarak gerçekleşebilir. Pan PCR, bir konsensüs PCR'sine kıyasla daha fazla zaman alıcı ve daha karmaşıktır. Bu nedenle, PCR sonuçlarının yorumlanması Pan PCR'de daha karmaşık olabilir.
Pan PCR'nin ana uygulaması moleküler tanılamadır. Hedef amplifikasyon ile bir türün farklı suşları arasında ayrım yapılmasını sağlar. Pan PCR, bir hastalığa neden olan tek bir türün farklı suşlarını tanımlamak için ideal bir tekniktir. Çoğu durumda, çeşitli sağlık koşulları için Pan PCR tekniklerinin otomasyonu çok önemlidir ve güvenilir ve yüksek verimli bir tekniktir.
Consensus PCR ve Pan PCR Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Consensus PCR ve Pan PCR, iki tür PCR tekniğidir.
- Her iki prosedür de genel üç adımlı prosedürü takip eder – denatürasyon, tavlama ve uzatma.
- Hedefe özel primerler kullanırlar.
- Her iki reaksiyon da bir termal döngüleyicide gerçekleşir.
- Bu reaksiyonlar otomatikleştirilebilir.
- Her ikisi de moleküler teşhis ve tanımlamada kullanılabilir; ancak doğruluk değişir.
- Bu prosedürler doğrulama gerektirir.
Consensus PCR ve Pan PCR Arasındaki Fark Nedir?
Hem Consensus hem de Pan PCR aynı rutin prosedürü takip eder. Ancak, konsensüs PCR ve Pan PCR arasındaki temel fark, her prosedürün kullandığı primer hedeflere dayanır. Konsensüs PCR her zaman korunmuş bölgeleri hedeflerken, Pan PCR bir grubun farklı suşlarını tanımlamak için değişken bölgeleri hedefler. Bu farklılık nedeniyle, primer tasarım protokolleri, kullanılan primer setlerinin sayısı ve spesifik uygulamalar farklılık gösterir.
Aşağıdaki bilgi grafiği Consensus PCR ve Pan PCR arasındaki farkı özetler.
Özet – Consensus PCR vs Pan PCR
Mulli tarafından tanıtılan PCR, moleküler biyoloji uygulamalarında devrim niteliğinde önemli bir rol oynamaktadır. Konsensüs ve Pan PCR, primer hedef bölgelerine göre iki tip PCR'dir. Konsensüs PCR korunmuş bölgeleri hedeflerken, Pan PCR değişken bölgeleri hedefler ve suş tanımlamasında önemli bir rol oynar. Konsensüs PCR ve Pan PCR arasındaki bu temel fark nedeniyle, her bir PCR tipinin spesifik işlevleri filogenetik analizden moleküler karakterizasyona ve moleküler teşhise kadar değişir.
