Klenow ve T4 DNA polimeraz arasındaki temel fark, Klenow fragmanının E. coli DNA polimeraz 1'in büyük bir fragmanı, T4 DNA polimeraz ise bakteriyofaj T4'ün DNA polimeraz 1'idir.
DNA polimerazlar, önceden var olan bir primerin 3′-OH ucuna deoksiribonükleo titler ekleyerek DNA oluşumunu katalize eden enzimlerdir. DNA polimerazların farklı türleri vardır. Moleküler biyolojide kullanılan DNA polimerazların çoğu prokaryotik DNA polimerazlardır. Klenow fragmanı ve T4 DNA polimeraz, prokaryotik bir kökene sahip iki tip DNA polimerazıdır. Klenow fragmanı, E'nin bölünmesinden üretilen büyük fragmandır.coli DNA polimeraz 1'i bakteriyel proteaz subtilisin ile iki parçaya ayırır. T4 DNA polimeraz, bakteriyofaj T4'ün DNA polimeraz 1'idir. Hem Klenow hem de T4 DNA polimeraz, 5'→3' polimeraz ve 3'→5' eksonükleaz aktivitesine sahiptir. Her ikisi de 5′→3′ eksonükleaz aktivitesinden yoksundur, bu da onları moleküler biyolojideki birçok uygulama için daha uygun hale getirir.
Klenow nedir?
Klenow fragmanı, moleküler biyolojide faydalı olan bir DNA polimerazdır. E. coli DNA polimeraz 1, bakteriyel proteaz subtilisin tarafından proteolitik sindirime uğradığında, iki fragmanla sonuçlanır: biri büyük bir fragman ve diğeri küçük bir fragmandır. Klenow fragmanı 68 kDa büyüklüğündeki büyük fragmandır. Klenow fragmanı, DNA Pol I'in 5′→3′ polimeraz ve 3′→5′ eksonükleaz (düzeltme okuma) aktivitelerine sahiptir. Klenow fragmanının 3′→5′ eksonükleaz aktivitesi, polimerizasyon ilerledikçe yanlış eklenen bazların çıkarılmasını kolaylaştırır. Klenow fragmanı, tam uzunlukta veya bozulmamış E ile gösterilen 5'→3' eksonükleaz aktivitesi içermez.coli DNA polimeraz 1. Sadece polimerizasyon aktivitesine tek başına ihtiyaç duyulduğunda avantajlıdır. Klenow fragmanları 5' çıkıntıları, probların sentezini, DNA dizilimini, çift sarmallı DNA sentezini, cDNA ikinci sarmalının sentezini ve bölgeye yönelik mutajenezi doldurmak için kullanılır.
Şekil 01: Klenow Parçası
Bazı uygulamalarda, Klenow fragmanının 3′→5′ eksonükleaz aktivitesi de istenmeyen hale gelir. Klenow fragmanını kodlayan gene bir mutasyon eklenerek ortadan kaldırılabilir. Ortaya çıkan Klenow parçası, ekso-Klenow parçası olarak bilinir. Bu nedenle, exo-Klenow fragmanı, E. coli polimerazın sadece 5′→3′ polimeraz aktivitesine sahiptir 1.
T4 DNA Polimeraz nedir?
T4 DNA polimeraz, DNA sentezini katalize eden bir DNA polimerazdır. Bakteriyofaj T4 tarafından kodlanan bir proteindir. Yapısal olarak, T4 DNA polimeraz, 898 amino asit kalıntılı bir proteindir (molekül ağırlığı 103.6 kDa). Sentezi katalize etmek için bir şablon ve bir astar gerektirir.
Şekil 02: T4 DNA Polimeraz
Klenow fragmanına benzer şekilde, T4 DNA polimeraz hem 5'→3' polimeraz hem de 3'→5' eksonükleaz aktivitelerine sahiptir. Ayrıca, 5′→3′ eksonükleaz aktivitesinden de yoksundur. T4 DNA polimeraz, DNA fragmanlarının 5' çıkıntılı uçlarının doldurulmasında faydalıdır. Ayrıca genellikle çift sarmallı DNA'nın 5' ucu veya 3' ucu etiketlemesi için kullanılır. T4 DNA polimeraz, künt klonlamada sıklıkla kullanılır. T4 DNA polimerazın 3′→5′ eksonükleaz (düzeltme okuma) aktivitesi, Klenow fragmanından daha güçlüdür (200 kattan fazla). En önemlisi, T4 DNA polimeraz yüksek işlenebilirliğe sahiptir (saniyede 400 nükleotid).
Klenow ve T4 DNA Polimeraz Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Klenow ve T4 DNA polimeraz iki prokaryotik polimerazdır.
- Her iki polimeraz da 5′→3′ polimeraz ve 3′→5′ eksonükleaz aktivitesine sahiptir.
- 5′→3′ eksonükleaz aktivitesi sergilemezler.
- Her iki enzim de DNA sentezini katalize etmek için bir şablon ve bir primer gerektirir.
- Bu enzimler 75'te ısıyla inaktive edilebilir 0
Klenow ve T4 DNA Polimeraz Arasındaki Fark Nedir?
Klenow ve T4 DNA polimeraz arasındaki temel fark, her enzimin kökenidir. Klenow fragmanı bir bakteriden kaynaklanırken, T4 DNA polimeraz bir virüs olan bir bakteriyofajdan kaynaklanır. T4 DNA polimeraz, Klenow fragmanından daha yüksek bir işlenebilirliğe sahiptir. Ayrıca, T4 DNA polimeraz, Klenow fragmanından daha güçlü bir düzeltme okuma aktivitesine sahiptir. Dolayısıyla bu, Klenow ve T4 DNA polimeraz arasındaki başka bir farktır.
Aşağıdaki bilgi grafiği, Klenow ve T4 DNA polimeraz arasındaki daha fazla farkı tablo şeklinde listeler.
Özet – Klenow vs T4 DNA Polimeraz
Klenow fragmanı, E. coli DNA polimeraz 1'in büyük bir fragmanıdır. Sadece 5′→3′ polimeraz ve 3′→5′ eksonükleaz aktivitelerine sahiptir. Sağlam E. coli DNA pol 1'in 5′→3′ eksonükleaz aktivitesinden yoksundur. Bu nedenle, Klenow fragmanı bir bakteriyel polimerazdır. Öte yandan, T4 DNA polimeraz, bakteriyofaj T4 tarafından kodlanan bir polimerazdır. Klenow fragmanına benzer şekilde, hem 5'→3' polimeraz hem de 3'→5' eksonükleaz aktiviteleri içerir ve 5'→3' eksonükleaz aktivitesinden yoksundur. Bununla birlikte, T4 DNA polimeraz, Klenow fragmanından daha yüksek işlemselliğe ve yüksek düzeltme okuma aktivitesine sahiptir. Klenow ve T4 DNA polimeraz arasındaki temel fark budur.
