Klenow fragmanı ve DNA polimeraz 1 arasındaki temel fark, Klenow fragmanı, DNA polimeraz 1'in büyük bir kısmıdır ve 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesinden yoksundur, DNA polimeraz ise üçünün tümüne sahip olan bir E. coli enzimidir. 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesini içeren alanlar.
DNA polimeraz, canlı organizmalarda DNA replikasyonunda yer alan anahtar enzimlerden biridir. Boyut ve şekle göre ökaryotlarda ve prokaryotlarda bulunan farklı DNA polimeraz enzimi formları vardır. DNA polimeraz 1, 2 ve 3 sadece prokaryotik organizmalarda bulunur ve DNA replikasyonunda farklı roller oynarlar. DNA polimeraz 1, 5' ila 3' polimeraz, 3' ila 5' eksonükleaz aktivitesi ve 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesi ile üç alana sahiptir. Klenow fragmanı, DNA polimeraz 1'in proteolitik bir ürünüdür. İntakt DNA polimeraz 1'in 5 ila 3' polimeraz ve 3' ila 5' eksonükleaz aktivitelerine sahiptir, ancak 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesinden yoksundur.
Klenow Parçası nedir?
Klenow fragmanı, DNA polimeraz 1'in büyük bir parçasıdır. DNA polimeraz 1'den farklı olarak, 5' ila 3' ileri eksonükleaz alanından yoksun olduğundan Klenow fragmanında 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesi görülmez. Klenow fragmanları, DNA polimeraz 1'in protein sindiren bir enzim olan subtilisin adı verilen bir proteaz ile sindirilmesiyle üretilir. Bazı uygulamalarda, Klenow fragmanının 3' ila 5' eksonükleaz aktivitesi istenmeyen hale gelir. Klenow fragmanını kodlayan gende bir mutasyon eklenerek çıkarılabilir. Sadece 5' ila 3' polimeraz aktivitesine sahip olan sonuçtaki enzim, ekso-Klenow fragmanı olarak bilinir. Morfolojik olarak, Klenow fragmanı insan sağ eline benzer. N-terminal 3′-5' eksonükleaz alanına ve yaklaşık 30 A ile ayrılmış C-terminal polimeraz alanına sahiptir.
Şekil 01: Klenow Fragmenti ve DNA Polimeraz 1
Klenow fragmanı moleküler biyolojik tekniklerde önemli bir araçtır. Klenow parçalarının birden fazla kullanımı vardır. Künt parçalar üretmek için künt uçlu klonlamada son derece önemlidirler. Klenow parçaları 3' çıkıntıları kaldırabilir veya kör uçlar oluşturmak için 5' çıkıntıları doldurabilir. Ayrıca, Klenow fragmanları, tek sarmallardan çift sarmallı DNA'yı sentezlemek için kullanılır. Ayrıca, 5' ila 3' DNA'ya bağlı DNA polimeraz aktivitesini kullanarak radyoaktif olarak etiketlenmiş problar hazırlamak için kullanılırlar.
DNA Polimeraz 1 nedir?
DNA polimeraz 1 (Pol 1), bakteri DNA replikasyonu için gerekli olan prokaryotlarda bulunan bir enzimdir. 1956'da Arthur Kornberg tarafından keşfedilen ilk DNA polimeraz türüdür. Pol 1, E. coli'de en bol bulunan polimerazdır. polA geni tarafından kodlanır ve 928 amino asitten oluşur. Üç alandan oluşur. Her üç alan da farklı işlevleri yerine getirir. İki alan, 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesi ve 3' ila 5' eksonükleaz aktivitesi gerçekleştirir. Pol 1'in sahip olduğu bu aktivite nedeniyle, bir DNA replikasyon enziminden ziyade bir DNA tamir enzimi olarak popülerdir. Üçüncü alan, şablon DNA'yı serbest bırakmadan ve yeni DNA'yı doldurarak ve RNA primerlerini çıkararak Okazaki fragmanlarını birbirine bağlamadan önce çoklu polimerizasyonları (5' ila 3') katalize etme yeteneğine sahiptir.
Şekil 02: DNA Polimeraz
E Coli'den izole edilen Pol 1, moleküler uygulamalarda yaygın olarak kullanılmıştır. Ancak Taq Polimeraz keşfedildikten sonra PCR teknolojisinde E Coli Pol 1'in yerini aldı. Taq polimeraz, Pol 1'e ait bir tür termostabil DNA polimerazdır.
Klenow Fragmenti ve DNA Polimeraz 1 Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Klenow fragmanı, DNA polimeraz 1'in büyük bir kısmıdır.
- Onlar, düzeltme okumasına aracılık eden 5' ila 3' DNA'ya bağlı DNA polimeraz aktivitesine ve 3' ila 5' eksonükleaz aktivitesine sahiptir.
- Birden fazla amaç için kullanılırlar.
Klenow Fragmenti ile DNA Polimeraz 1 Arasındaki Fark Nedir?
Klenow fragmanı ile DNA polimeraz 1 arasındaki temel fark, Klenow fragmanının 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesine sahip olmaması ve DNA polimeraz 1'in 5' ila 3' eksonükleaz aktivitesine sahip olmasıdır. Bu nedenle, Klenow fragmanı iki alana sahipken, DNA polimeraz 1 üç alanın hepsine sahiptir.
Aşağıdaki infografik, Klenow fragmanı ile DNA polimeraz arasındaki fark hakkında daha fazla ayrıntı gösteriyor 1.
Özet – Klenow Fragmenti ve DNA Polimeraz 1
DNA polimeraz 1, 5' ila 3' polimerizasyon alanı, 3' ila 5' eksonükleaz alanı ve 5' ila 3' eksonükleaz alanı olmak üzere üç alana sahip bir E. coli enzimidir. Klenow fragmanı, DNA polimerazın büyük bir kısmıdır. 5' ila 3' eksonükleaz alanı olan bir DNA polimeraz 1 alanından yoksundur. Klenow fragmanı ve DNA polimeraz 1 arasındaki temel fark, Klenow fragmanlarının 5' ila 3' eksonükleaz alanına sahip olmaması, DNA polimeraz 1'in ise 5' ila 3' eksonükleaz alanına sahip olmasıdır.
