EcoRI ve HindIII kısıtlama enzimleri arasındaki temel fark, EcoRI'nin E. coli'den izole edilen bir tip II kısıtlama enzimi olması, HindIII'in ise Haemophilus influenza'dan izole edilen bir tip II kısıtlama enzimi olmasıdır.
Kısıtlama enzimi veya kısıtlama endonükleaz, DNA molekülü içindeki belirli tanıma bölgelerinde (kısıtlama bölgeleri) DNA'yı parçalara ayıran bir enzimdir. Bu kısıtlama enzimleri bakteri ve arkelerde bulunur. İstilacı virüslere karşı bir savunma mekanizması sağlarlar. Kısıtlama enzimleri genellikle beş farklı tipte sınıflandırılır: tip I, tip II, tip III, IV ve tip V. EcoRI ve HindIII, tip II kısıtlama enzimleri grubuna ait olan iki kısıtlama enzimidir.
EcoRI Kısıtlama Enzimleri nelerdir?
EcoRI, E.coli türlerinden izole edilen bir tip II kısıtlama enzimidir. DNA çift sarmallarını belirli bölgelerde parçalara ayıran bir kısıtlama enzimidir. EcoRI ayrıca kısıtlama değiştirme sisteminin bir parçasıdır. EcoRI, E. coli türünün RY13 türünden orijinal olarak izole edilen ilk enzimdi. Moleküler biyolojide kısıtlama enzimi olarak kullanılır. EcoRI, AATT'nin 5' uç çıkıntıları ile 4 nükleotid yapışkan uç oluşturur. EcoRI, DNA'yı özel tanıma dizisi G↓AATTC'de keser. CTTAA↓G'nin palindromik tamamlayıcı dizisine sahiptir. Ayrıca, bu kısıtlama enzimi, tip II P (palindromik özgüllük) alt sınıfına aittir. EcoRI, birincil yapısında, diğer birçok kısıtlama enzimi gibi, aktif bölgesi içinde PD. D/EXK motifini içerir.
Şekil 01: EcoRI
EcoRI kısıtlama enzimi, 31 kDa'lık bir homodimerdir. α/β mimarisinin bir küresel alanını içerir. Her alt birim, küresel alandan dışarı çıkan ve bağlandığında DNA'yı saran bir halka içerir. Bu enzim, normalde kestiği diziyle birlikte kristalleştirilebilir. Ayrıca, EcoRI kısıtlama enzimi, klonlama, DNA taraması ve DNA in vitro koşullarda silme bölümleri dahil olmak üzere çok çeşitli moleküler genetik tekniklerde kullanılır.
HindIII Kısıtlama Enzimleri nelerdir?
HindIII, Haemophilus influenza türlerinden izole edilen bir tip II kısıtlama enzimidir. Kofaktör Mg2+ varlığında DNA palindromik sekansı AACCTT'yi hidroliz yoluyla parçalar. AA'S (5'A↓ACCTT3' ve 3'TTCGA↓A5') arasındaki bu özel dizinin bölünmesi, yapışkan uçlar olarak adlandırılan DNA molekülü üzerinde 5' çıkıntı ile sonuçlanır. Bu enzim, bakteriler gibi prokaryotik organizmalarda bulunur. Bakteriler bu enzimi bakteriyofajlar gibi virüslere karşı bir savunma mekanizması olarak kullanırlar.
Şekil 02: HindIII
Yapısal olarak, HindIII bir homodimerdir. Diğer tip II kısıtlama enzimleri gibi, dört β yaprağı ve tek bir α helisinden oluşan ortak bir yapısal çekirdek içerir. Bu enzimin moleküler kütlesi 34.9 kDa'dır. Ayrıca HindIII, DNA dizileme ve haritalama gibi modern moleküler biyolojik bilim deneylerinde çok kullanışlıdır.
EcoRI ve HindIII Kısıtlama Enzimleri Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- EcoRI ve HindIII, tip II kısıtlama enzim grubuna ait iki kısıtlama enzimidir.
- EcoRI ve HindIII, 1970'lerin başında bulundu.
- EcoRI ve HindIII, PD.. D/EXK amino asit dizisi motifini içerir.
- Her iki kısıtlama enzimi de DNA'nın çok özel parçalanmasını gerçekleştirir.
- Bu kısıtlama enzimleri, spesifik aktiviteleri için bir kofaktör olarak Mg2+'ya ihtiyaç duyarlar.
- DNA'yı kestikten sonra yapışkan uçlar üretirler.
- Modern moleküler biyolojik araştırmalarda çok faydalı bileşenlerdir.
EcoRI ve HindIII Kısıtlama Enzimleri Arasındaki Fark Nedir?
EcoRI, E.coli türlerinden izole edilen bir tip II kısıtlama enzimidir, HindIII ise Haemophilus influenza türlerinden izole edilen bir tip II kısıtlama enzimidir. Bu nedenle, EcoRI ve HindIII arasındaki temel fark budur. Ayrıca, EcoRI DNA'yı G↓AATTC spesifik tanıma dizisinde keserken, HindIII DNA'yı A↓ACCTT spesifik tanıma dizisinde keser.
Aşağıdaki infografik, EcoRI ve HindIII arasındaki farkları yan yana karşılaştırma için tablo halinde sunar.
Özet – EcoRI ve HindIII Kısıtlama Enzimleri
EcoRI ve HindIII, tip II p alt sınıfına ait olan iki kısıtlama enzimidir. DNA'nın çok spesifik bölünmesini gerçekleştirirler. EcoRI, E.coli türlerinden izole edilen tip II restriksiyon enzimi iken HindIII, Haemophilus influenza türlerinden izole edilen tip II restriksiyon enzimidir. Bu, EcoRI ve HindIII arasındaki farkı özetler.
