Polizom profili oluşturma ile ribozom profili oluşturma arasındaki temel fark, polizom profili oluşturmanın çeviri sırasında hem ribozom hem de mRNA (polizom) kullanarak ribozom davranışını analiz etmesi, ribozom profili oluşturmanın ise yalnızca çeviri sırasında mRNA dizisini kullanarak ribozom davranışını analiz etmesidir.
Çeviri, mRNA'daki bilgiyi bir amino asit dizisine dönüştüren protein sentezinin ikinci aşamasıdır. Translatomik, bir organizmanın hücresinde aktif olarak çevrilen ORF'lerin (açık okuma çerçeveleri) bir çalışmasıdır. Polisom ve ribozom profilleme teknikleri, moleküler biyoloji alanında, translatome analizi bağlamında farklı parametreleri değerlendirmek ve çıkarmak için iki tür tekniktir.
Polysome Profiling nedir?
Polizom profili oluşturma, hem ribozom hem de mRNA'nın (polizom) davranışını analiz ederek belirli bir mRNA'nın translasyon durumunu çıkaran bir tekniktir. Başka bir deyişle, bu teknik, mRNA'ların ribozomlarla ilişkisi hakkında veri ve sonuçlar sağlar. Polisom, çevirinin uzama fazı sırasında mevcut olan bir mRNA'ya bağlı ribozom grubunu belirtir.
Şekil 01: Polysome Profiling
Polizom profil oluşturma, daha sonra santrifüjlenen hücre lizatını gerektirir. Santrifüjlenmiş numune daha sonra ribozomların küçük ve büyük alt birimlerini ve polisom oluşumunda yer alan karşılık gelen mRNA'yı karakterize etmek için yoğunluklarına göre ayrılır. Ayrıca proses, optik yoğunluğun ölçülmesini de içerir. Uzmanların polizom profili oluşturması gerekir.
Polysome profil oluşturma tekniği, birçok uygulama için önemli bir araçtır. Bilim adamları bu tekniği hücrelerdeki çeviri derecesini incelemek için kullanırlar. Daha spesifik olarak, tek tek proteinlerin ve onların spesifik mRNA'larının incelenmesi hakkında doğru bilgi sağlayan bir araçtır. Belirli bir mRNA'nın translasyon derecesinin incelenmesi bağlamında, polisom profilleme tekniği hayati önem taşır. Burada, bir mRNA'nın 3' ve 5' dizileri, üretilen mRNA miktarı ve translasyon düzeyi üzerindeki etkilerine referansla incelenebilir.
Ribozom Profilleme Nedir?
Ribozom profili oluşturma, çeviri sırasında ribozomun davranışını mRNA'sına göre analiz eden bir tekniktir. Bu teknik Joan Steitz ve Marilyn Kozak tarafından bulunmuş ve geliştirilmiştir. Daha sonra bu teknoloji, iki bilim adamı Nicholas ve Jonathan tarafından, yeni nesil dizileme ile birlikte geliştirildi ve bu, Translating Ribozom Affinity Purification (TRAP) metodolojisi gibi farklı ilgili tekniklerin geliştirilmesine yol açtı.
Şekil 02: Ribozom Dizileme
Ribozom profili oluşturma prosedürü, mRNA'nın izole edilmesini, ribozomlara bağlı olmayan RNA'nın çıkarılmasını ve ribozomlara bağlı mRNA'nın ayrılmasını içerir. Bu prosedürü takiben, mRNA izolatı ters kopyalanır ve cDNA sentezi gerçekleşir. Son olarak, mRNA'ya göre ribozom davranışının özelliklerini çıkarmak için dizi verileri çeviri profili ile hizalanabilir.
Ribozom profili oluşturma, birçok araştırmacının çevirinin başlangıç yerlerinin konumunu, bir hücre veya dokudaki çevrilmiş açık okuma çerçevelerinin (ORF'ler) tamamlayıcısını, mRNA üzerindeki ribozomların dağılımını ve ribozomları tercüme eder. Ribozom profili oluşturma, ribozom ayak izi veya Ribo Seq olarak da bilinir.
Polizom Profili Oluşturma ve Ribozom Profili Oluşturma Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Polizom ve ribozom profilleme, araştırmalarda önemli olan moleküler biyolojik tekniklerdir.
- Çeviri süreci hakkında bilgi verirler.
- Her iki profil oluşturma işlemi de translatome analizi yoluyla veri sağlar.
- Doğru sonuçlar için her iki tekniği de uygulayacak profesyonel uzmanlara ihtiyaç vardır.
- Biyoinformatik araçları her iki teknikte de önemli bir rol oynar.
Polizom Profili Oluşturma ile Ribozom Profili Oluşturma Arasındaki Fark Nedir?
Polizom profili oluşturma, çeviri sırasında hem ribozom hem de mRNA (polizom) kullanarak ribozom davranışını analiz ederken, ribozom profili oluşturma, ribozom davranışını yalnızca çeviri sırasında mRNA dizisini kullanarak analiz eder. Bu nedenle, polisom profili oluşturma ile ribozom profili oluşturma arasındaki temel fark budur. Ayrıca, polizom profil oluşturma, yoğunluk gradyanlı santrifüjleme ve optik yoğunluk ölçümleri gibi teknikleri içerirken, ribozom profil oluşturma, mRNA çıkarma ve sıralama tekniklerini içerir. Ayrıca, ribozom profili oluşturma, polizom profili oluşturmadan daha doğrudur.
Aşağıdaki infografik, polizom ve ribozom profili oluşturma arasındaki farkları yan yana karşılaştırma için tablo biçiminde sunar.
Özet – Polizom Profil Oluşturma ve Ribozom Profil Oluşturma
Çeviri, mRNA dizisindeki bilgilerin bir amino asit dizisine dönüştürülmesini içeren protein sentezinin ikinci aşamasıdır. Bu işlem bir mRNA şablonu, ribozomlar, amino asitler, tRNA ve diğer faktörleri gerektirir. Polisom ve ribozom profili oluşturma iki moleküler tekniktir. Polisom profili oluşturma, çeviri sırasında hem ribozom hem de mRNA (polizom) kullanarak ribozom davranışını analiz ederken, ribozom profili oluşturma, ribozom davranışını yalnızca çeviri sırasında mRNA dizisini kullanarak analiz eder. Polisom profili oluşturma, yoğunluk gradyanlı santrifüjleme ve optik yoğunluk ölçümleri gibi teknikleri içerir. Ribozom profili oluşturma, mRNA ekstraksiyonu, cDNA sentezi ve dizileme gibi teknikleri içerir. Bu, polisom profili oluşturma ile ribozom profili oluşturma arasındaki farkı özetler.
