Anahtar Fark – Yukarı Akış ve Aşağı Akış DNA
Upstream ve downstream DNA arasındaki farkı anlamak için DNA'nın bileşimi ve yapısı hakkında genel bir bilgiye sahip olmak önemlidir. DNA polinükleotid zincirlerinden oluşur. Nükleo titler, polinükleotit zincirleri oluşturan yapı taşlarıdır ve her nükleotit üç bileşenden oluşur: beş karbonlu şeker, azotlu baz ve fosfat grubu. Bir nükleotitte şeker molekülünün sırasıyla 5' konum karbonuna ve 3' konum karbonuna bir fosfat grubu ve bir OH grubu eklenir. Nükleo titler, bir nükleotidin 5' fosfat grubu ile bitişik nükleotidin 3' OH grubu arasında oluşan fosfodiester bağları ile birleştirilir. Bir polinükleotid zincirinde serbest 5' fosfat grubu varsa, 5' ucu olarak atanır; serbest bir 3' OH grubuna sahipse, 3' ucu olarak atanır. Bu nedenle, DNA zincirleri polinükleotid zincirlerinin uç konumlarına göre genellikle 5' ve 3' uçlara sahiptir. DNA ayrıca çift sarmallı formda bulunur. İki iplik birbirine zıttır. Bu nedenle, DNA'nın 5' ila 3' yönüne ve 3' ila 5' yönüne doğru uzanan iki ipliği vardır. Yukarı ve aşağı DNA, 5' ila 3' mRNA zincirinin transkripsiyonuna ve sentezine atıfta bulunularak adlandırılır. DNA, transkripsiyon başlatma bölgesinden kodlama zincirinin 5 ucuna doğru kabul edilirse, yukarı akış DNA olarak bilinir. DNA, transkripsiyon başlatma bölgesinden kodlama zincirinden 3' ucuna doğru kabul edilirse, akış aşağı DNA olarak bilinir. Bu, yukarı akış ve aşağı akış DNA arasındaki temel farktır.
Üst akış DNA nedir?
Bir gen, bir organizmanın DNA'sında bulunan yapısal ve işlevsel bir kalıtım birimidir. Bir protein oluşturmak için talimatlarla birlikte saklanır. Gen, bir DNA molekülünün belirli bir bölgesine sahiptir. Gerektiğinde, bir mRNA zincirinin sentezi yoluyla bir proteine transkripsiyon yapar ve çevirir. Normalde genin bir kodlama dizisi 5' ila 3' yönünde ilerler. Yazıldığında, aynı yönde 5' ila 3' yönünde bir mRNA ipliği üretir. Transkripsiyon sırasında, 3' ila 5' antisens iplik, şablon iplik olarak görev yapar ve mRNA sentezini başlatır. Gende bir transkripsiyon başlatma bölgesi vardır. Transkripsiyon başlatma bölgesine referansla, kodlama zincirinin 5' ucuna doğru DNA bölgesi, yukarı akış DNA olarak bilinir. Genin bir promotörü normalde DNA'nın yukarı akış bölgesinde bulunur. Ökaryotik genlerde, genin yukarısındaki alanda TATA kutuları, promotör proksimal elementler ve geliştiriciler vardır. Genin yukarı akış bölgesi, negatif sayılarla belirtilir. Bir genin yukarı akış DNA'sı, transkripsiyon için çok önemlidir.
Downstream DNA nedir?
Transkripsiyon başlatma bölgesi, bir genin +1 noktası olarak bilinir. +1 noktasından kodlama zincirinin 3' ucuna doğru olan DNA bölgesi, aşağı akış DNA olarak bilinir. Başka bir deyişle, genin akış aşağısı, transkripsiyon başlatma bölgesinden şablon zincirin 5' ucuna doğrudur. Bu nedenle, bir gen bölgesinin aşağı akış DNA'sı, transkripsiyonel birimi ve terminatör dizisi gibi diğer dizileri içerir. Promotör, bir genin aşağı akış dizisini etkileyebilir. Bir genin akış aşağı kısmı pozitif sayılarla belirtilir. Bir genin aşağı akış DNA'sı, protein ürününü veren gerçek bölgedir.
Şekil 01: Yukarı ve Aşağı DNA
Upstream ve Downstream DNA arasındaki fark nedir?
Upstream vs Downstream DNA |
|
| DNA bölgesi, transkripsiyon başlatma bölgesinden kodlama dizisinin 5' ucuna doğru yukarı akış DNA olarak bilinir. | DNA bölgesi, transkripsiyon başlatma bölgesinden kodlama zincirinin 3' ucuna doğru aşağı akış DNA olarak bilinir. |
| Elementler | |
| Destekleyiciler ve geliştiriciler, yukarı akış DNA'sında bulunur | Transkripsiyon birimi ve sonlandırıcı diziler, aşağı akış DNA'sında bulunur. |
| Numaralandırma | |
| Memba bölgesindeki nükleotidler negatif sayılarla anılır | Nükleotidler pozitif sayılarla anılır. |
| Fonksiyon | |
| Bu bölge, transkripsiyonu düzenlemek ve başlatmak için gerekli öğeleri içerir | Bu bölge, bir protein üretmek ve transkripsiyonu sonlandırmak için talimat içerir |
Özet – Yukarı Akış ve Aşağı Akış DNA
Bir RNA zincirinin yukarı ve aşağı akışını belirlemek kolaydır. Referans bölgesi ile ilgili olarak, RNA zincirinin 5' ucuna doğru olan bölge yukarı akış RNA olarak bilinirken 3' ucuna doğru olan bölge aşağı akış RNA olarak bilinir. Bununla birlikte, DNA'da, her iki yönde 5' ila 3' ve 3' ila 5' arasında uzanan iki iplik vardır. Bu nedenle, yukarı akış ve aşağı akış DNA arasındaki fark karmaşıktır. Bu nedenle, bir genin transkripsiyonuna referansla farklılaşır. Transkripsiyon başlama bölgesinden sens zincirinin 5 ucuna doğru DNA bölgesi yukarı akış DNA olarak bilinirken, transkripsiyon başlatma bölgesinden sens zincirinin 3' ucuna doğru aşağı DNA olarak bilinir. Bu, DNA'nın yukarı ve aşağı akışı arasındaki farktır.
