T4 DNA ligaz ve E. coli DNA ligaz arasındaki temel fark, T4 DNA ligazının T4 bakteriyofajından izole edilen bir enzim olması, E. coli DNA ligazının ise E. coli bakterisinden izole edilen bir enzim olmasıdır..
DNA ligaz, bir fosfodiester bağı oluşturarak DNA zincirlerinin birbirine bağlanmasını kolaylaştıran özel bir enzim türüdür. Canlı organizmaların DNA'sındaki tek zincir kırıklarını ve çift zincir kırıklarını onararak önemli bir rol oynar. Ayrıca, DNA ligazı hem DNA onarımında hem de DNA replikasyonunda kullanılır. Yukarıdaki kullanımların yanı sıra, DNA ligazı, rekombinant DNA teknolojisi gibi moleküler biyoloji deneylerinde de geniş bir kullanıma sahiptir. T4 DNA ligaz ve E. coli DNA ligaz, iki tip DNA ligaz enzimidir.
T4 DNA Ligazı nedir?
T4 ligaz, bakteriyofaj T4'ten izole edilen bir DNA birleştirme enzimidir. T4 bakteriyofajı, Escherichia coli'yi enfekte eden bir virüstür. T4 ligaz enzimi, moleküler biyolojik laboratuvar araştırmalarında en yaygın olarak kullanılan DNA ligazıdır. Normal olarak, T4 ligaz, bitişik nükleo titlerin 5' fosfat ve 3' hidroksil grupları arasındaki çift sarmallı DNA'nın iki kohezif veya kör uçlu sarmalının birleşmesini katalize eder. Ayrıca RNA'nın bir dupleks moleküldeki bir DNA veya RNA zincirine bağlanmasını da katalize edebilir. Ancak bu enzim tek sarmallı nükleik asitlere katılmaz. Ayrıca, kör uçlu DNA'yı E. coli DNA ligazından çok daha yüksek verimlilikle bağlayabilir.
Şekil 01: T4 DNA Ligaz
Bu enzim, kofaktör olarak ATP'ye ihtiyaç duyar. Bazı genetik mühendisliği araştırma deneyleri, vahşi tip T4 DNA ligazından daha aktif DNA ligaz enzimleri üretmiştir. Yaklaşımlardan birinde, T4 DNA ligazını p50 veya NF-kB molekülüne birleştirerek bir füzyon enzim molekülü oluşturdular. Bu yeni T4 ligaz enzimi, vahşi tip T4 DNA ligazından klonlama amaçlarına yönelik kör uç ligasyonlarında %160 daha aktifti. Ayrıca, T4 DNA ligazının ligasyon reaksiyonunu daha kesin olarak katalize etmesi için en uygun sıcaklık 16 °C'dir.
E Coli DNA Ligazı Nedir?
E. coli DNA ligaz, E. coli bakterisinden izole edilen bir enzimdir. E. coli DNA ligazından sorumlu gen lig genidir. E. coli DNA'sı, ligaz ve çoğu prokaryot DNA ligazı, fosfodiester bağı oluşturmak için NAD (nikotinamid adenin dinükleotit) tarafından kazanılan enerjiyi kullanır.
Şekil 02: E. Coli DNA Ligaz
E. coli DNA ligazı, 5' fosfat terminalleri ve 3' hidroksil terminalleri içeren çift sarmallı DNA fragmanları arasında fosfodiester bağlarının oluşumunu katalize ederek DNA fragmanlarını birleştirebilen bir ligasyon enzimidir. Ayrıca, polietilen glikol ile moleküler kalabalık gibi özel koşullar dışında künt uçlu DNA'yı bağlamaz. Ayrıca RNA'yı DNA'ya verimli bir şekilde bağlayamaz. Ayrıca, E. coli DNA ligazının aktivitesi, doğru konsantrasyonda DNA polimeraz 1'in mevcudiyeti ile arttırılabilir. Ancak DNA polimeraz 1 enziminin konsantrasyonu daha yüksek olduğunda E. coli DNA ligaz aktivitesi üzerinde olumsuz etkileri vardır.
T4 DNA Ligaz ve E Coli DNA Ligaz Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- T4 DNA ligaz ve E-coli DNA ligaz, iki tip DNA ligaz enzimidir.
- İkisi de amino asitlerden oluşan proteinlerdir.
- Bu enzimler, dubleks DNA'da yan yana yerleştirilmiş 5' fosfat ve 3' hidroksil terminalleri arasında bir fosfodiester bağı oluşumunu katalize eder.
- Rekombinant DNA teknolojisi gibi moleküler biyoloji deneylerinde kapsamlı kullanımları vardır.
T4 DNA Ligaz ile E Coli DNA Ligaz Arasındaki Fark Nedir?
T4 DNA ligaz, bakteriyofaj T4'ten izole edilen bir enzimdir, E. coli DNA ligaz ise E. coli bakterisinden izole edilen bir enzimdir. Dolayısıyla bu, T4 DNA ligaz ile E. coli DNA ligaz arasındaki temel farktır. Ayrıca, T4 DNA ligazının enerji kaynağı ATP'dir. Öte yandan, E. coli DNA ligazının enerji kaynağı NAD'dir.
Aşağıdaki infografik, T4 DNA ligaz ile E coli DNA ligaz arasındaki farkları yan yana karşılaştırma için tablo halinde sunar.
Özet – T4 DNA Ligaz vs E Coli DNA Ligaz
T4 DNA ligaz ve E. coli DNA ligaz, dubleks DNA'da yan yana yerleştirilmiş 5' fosfat ve 3' hidroksil terminalleri arasında bir fosfodiester bağı oluşumunu katalize eden iki enzimdir. T4 ligaz, bakteriyofaj T4'ten izole edilen bir enzimdir, E. coli DNA ligaz, E. coli bakterisinden izole edilen bir enzimdir. Bu, T4 DNA ligaz ile E coli DNA ligaz arasındaki temel farktır.
