Anahtar Farkı – Künt ve Yapışkan Uç Ligasyonu
Kısıtlama endonükleazları, çift sarmallı DNA'yı (dsDNA) kesen spesifik enzimlerdir. Moleküler biyolojide moleküler makas olarak da bilinirler. Kısıtlama enzimleri, tanıma bölgeleri olarak bilinen dsDNA'nın spesifik kısa dizilerini tanıyabilir ve çift sarmalları açmak için fosfodiester ve hidrojen bağlarını parçalayabilir. Bu enzimler tarafından parçalanmanın bir sonucu olarak, yapışkan uçlar ve kör uçlar gibi farklı uç tipleriyle DNA fragmanları üretilir. DNA ligaz, Moleküler biyolojide iki bitişik DNA zincirini yeni bağlar oluşturarak birleştirmek için kullanılan bir enzimdir. Adım, ligasyon olarak bilinir ve bağlanan DNA ucunun tipine göre, kör uç ligasyonu ve yapışkan uç ligasyonu olarak adlandırılabilir. temel fark kör ve yapışkan uç ligasyonu arasında iki kör uç içeren DNA parçaları arasında kör uç ligasyonu meydana gelirken, yapışkan uç ligasyonu 5' ve 3' çıkıntılar arasında meydana gelir. Künt uç ligasyonu ile karşılaştırıldığında, yapışkan uç ligasyonu daha verimli ve stabildir.
Kör Son Ligasyon Nedir?
Bazı kısıtlama endonükleazları, DNA'yı zıt bazlarda kesebilir ve künt uçlu DNA parçaları üretebilir. Bu enzimler kör uçlu kesiciler olarak bilinir; tek sarmallı sarkan tabanlar bırakmadan doğrudan kısıtlama bölgesinin ortasına doğru yarılırlar. Kör uçlar, uçlarında 3' ve 5' sarkan tabanlara sahip olmadığı için sarkmayan uçlar olarak da bilinir. Her iki iplikçik de künt uçlardaki baz çiftlerinden sona erer. Yaygın kör uç kesme enzimleri EcoRV HaeIII, AluI ve SmaI'dir.
Kör uç ligasyonu, iki kör uç arasında yer alır. Çıkıntılı bazların bir ligasyonu değildir. Bu ligasyon, yapışkan uç ligasyonundan daha az verimlidir. Bununla birlikte, bazı durumlarda, özellikle PCR ürünlerini bağlarken, künt uç ligasyonu, yapışkan uç ligasyonundan daha avantajlı hale gelir. PCR ürünleri her zaman kör uçlarla üretilir. Kör uç ligasyonu, ligasyon için DNA'da tamamlayıcı uçlar gerektirmez.
Şekil 01: Eco RV enzimi ile kör son üretim
Yapışkan Uç Ligasyonu nedir?
Bazı kısıtlama endonükleazları, dsDNA'yı kesebilir ve sonunda tek sarmallı bir DNA parçası bırakır. Bu uçlar, yapışkan veya sarkan uçlar olarak bilinir. Yapışkan uç ligasyonu, eşleşen çıkıntılar içeren iki DNA parçası arasında meydana gelir, çünkü yapışkan uçlar eşleştirilmemiş bazlara sahiptir ve bağ oluşturmak için tamamlayıcı bazlara ihtiyaç duyar. Bu nedenle, eşleşen ligasyon fragmanlarını üretmek için her iki DNA kaynağı için aynı kısıtlama enzimini kullanmak gerekir.
Yapışkan uç ligasyonu daha verimlidir ve klonlama işlemlerinde genellikle oldukça arzu edilir. Yapışkan uçlar üreten birkaç kısıtlama enzimi vardır. Bunlar EcoRI, BamHI, HindIII vb.
Şekil 02: Eco RI enzimi ile yapışkan son üretim
Kör ve Yapışkan Uç Ligasyonu arasındaki fark nedir?
Kör ve Yapışkan Uç Ligasyonu |
|
| Kör uçlu ligasyon, iki kör uçlu DNA parçası arasında gerçekleşir. | Yapışkan uçlu iki eşleşen DNA parçası arasında yapışkan uç ligasyonu meydana gelir. |
| Enzimler | |
| Kör uçlu kesiciler, kör uçlar üretir. | Yapışkan uç kesiciler, yapışkan veya yapışkan uçlar üretir. |
| Eşleşen Bitiş Gereksinimi | |
| Eşleşen parçalar veya tamamlayıcı bazlar gerektirmez. | Baz çiftleri oluşturmak için uçlarda tamamlayıcı bazlar gerektirir. |
| Verimlilik | |
| Yapışkan uç ligasyonundan daha az verimlidir | Kör uç ligasyondan daha etkilidir. |
Özet – Künt ve Yapışkan Uç Ligasyonu
Kısıtlama endonükleazları, dsDNA'yı parçalayabilir ve farklı uçlara sahip DNA parçaları üretebilir. Spesifik dizileri tanırlar ve DNA'nın yapışkan ve kör uçlar oluşturmasını kısıtlarlar. Yapışkan uçlar, parçaların sonunda eşleştirilmemiş tabanlara sahiptir. Düz bir bölünme nedeniyle kör uçlar oluşturulur ve uçlarında baz çiftleri bulunur. Yapışkan uç ligasyonu, iki tamamlayıcı tek sarmallı DNA parçası gerektirir. Kör uç ligasyonu, herhangi iki kör uç parçası arasında meydana gelir. Bu, künt ve yapışkan ligasyon arasındaki farktır.
