Anahtar Farkı – Proteomik ve Transkriptomik
Omic teknolojisi, bir organizmanın farklı biyomoleküllerinin, özellikleri ve işlevleri açısından bir bütün olarak ele alındığı güncel bir eğilimdir. Omic teknolojisinin çok çeşitli uygulamaları vardır. Biyolojik bir örneğin farklı omikleri, genomik, proteomik, transkriptomik ve metabolomik içerir. Proteomik, canlı bir organizmadaki tüm proteinlerin tam çalışmasını içerir. Bir organizmada ifade edilen tüm proteinler, yapısal ve fonksiyonel özellikleri olarak tanımlanır. Bu nedenle, eksiksiz protein seti proteomu oluşturur. Transkriptomik, canlı bir organizmada bulunan tüm haberci RNA (mRNA) moleküllerinin eksiksiz çalışmasıdır. Bu nedenle, transkriptomik, canlı bir organizmada aktif olarak ifade edilen genlerle ilgilenir. Canlı bir organizmadaki toplam mRNA seti, transkriptom olarak adlandırılır. Proteomik ve Transkriptomik arasındaki temel fark, biyomolekülün türüne bağlıdır. Proteomikte, canlı bir organizmada ifade edilen toplam protein seti incelenirken, transkriptomikte canlı bir organizmanın toplam mRNA'sı incelenir.
Proteomik nedir?
Proteomik terimi 1995 yılında ortaya çıktı ve başlangıçta bir hücre, doku veya organizmadaki toplam protein tamamlayıcısı olarak tanımlandı. Proteomik çalışmaların gelişmesiyle birlikte, birçok çalışma alanının dahil olduğu bir şemsiye terim olarak kabul edilecek şekilde değiştirildi. Günümüzde proteomik konusu altında proteinlerin yapısı, yönelimi, işlevleri, etkileşimleri, modifikasyonları, uygulamaları ve önemi incelenmektedir. Bu nedenle günümüzde proteomik alanında çok fazla araştırma yapılmaktadır.
Escherichia coli'deki protein içeriğini belirlemek için ilk proteomik çalışmalar yapıldı. Toplam protein içeriğinin haritalanması, iki boyutlu (2D) jeller kullanılarak yapıldı. Bunun başarısı üzerine bilim adamları, kobay ve fare gibi hayvanlardaki toplam protein içeriğini karakterize etmeye başladılar. Şu anda, insan protein haritalaması 2D jel elektroforezi kullanılarak yapılıyor.
Proteomik Uygulamaları
Proteomik çalışmanın birçok avantajı vardır, çünkü proteinlerin katalizör özelliği nedeniyle proteinler aktivitenin çoğunu yöneten moleküllerdir. Böylece, bütün proteinlerin incelenmesi, bir organizmanın sağlık durumu hakkında bilgi sağlayabilir. Bazı uygulamalar;
- Genom açıklaması: Bir organizmanın protein içeriği incelenerek, aktif protein bileşiğinden sorumlu tam genomlar belirlenebilir. Bu senaryoda tüm genomik, Transkriptomik ve proteomik sonuçları önemlidir.
- Hastalık tanımlama / Teşhis: Proteomik, sağlıklı ve hastayı karşılaştırarak hastalık durumunun tanımlanmasında kullanılır
- Deney sırasında incelenen protein ekspresyonunu gerçekleştirmek için.
- Protein modifikasyonları ve etkileşim çalışmaları: Proteinleri in vitro koşullarda veya ve in vivo koşullarda kullanmak için, ekstrakte edilen bu proteinlerin saklama koşullarına karar vermek ve proteinin in vitro, in vivo ve in vitro davranışlarını incelemek. – siliko yöntemler.
Şekil 01: Proteomik
Proteomikle ilgili farklı teknikler var
- Toplam proteinin ekstraksiyonu ve 2D jel elektroforezi kullanılarak proteinlerin ayrılması. Proteinler, Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (HPLC) kullanılarak da ayrılabilir.
- Ekstre edilmiş proteinlerin Edmund'un sıralama yöntemi veya Kütle spektrometrisi gibi yöntemler kullanılarak dizilenmesi.
- Sekanslar tanımlandıktan sonra, bilgisayar tabanlı yazılım ve biyoinformatik araçları kullanılarak protein içeriğinin yapısal ve fonksiyonel özellikleri analiz edilir.
Transkriptomik nedir?
Transkriptome terimi yakın zamanda ortaya çıktı. Transkriptomik, bir organizmanın toplam mRNA içeriğinin incelenmesidir. Toplam mRNA, canlı bir organizma veya hücrede ifade edilen DNA'dır. mRNA'nın tam koleksiyonuna bir transkriptome denir.
Transkriptomu analiz etmeye yönelik adımlar şunları içerir:
- RNA'nın ekstraksiyonu, poli DT boncuklarla kolon jel kromatografisi kullanılarak mRNA'nın ayrılması.
- mRNA dizilemesi yapılır.
Microarray teknolojisi, bir organizmanın transkriptomunu tanımlamanın yaygın bir yoludur. Mikrodizi tekniği, transkriptomun tamamlayıcı şeritleri ile bir sonda plakasını içerir. Hibridizasyon üzerine, organizmada veya hücrelerde bulunan mRNA karakterize edilebilir.
Şekil 02: Transkriptomik Teknikler
Transkriptomik artık tıp alanında yaygın olarak kullanılmaktadır. Hastalık teşhisi ve hastalık profili çıkarma, Transkriptomik'in kullanıldığı ana alanlardır. Bir organizmanın transkriptomu analiz edilerek yabancı mRNA tanımlanabilir ve herhangi bir enfeksiyon varsa tespit edilebilir. Kodlamayan RNA, transkriptomik teknolojiler kullanılarak ayrılabilir. Ayrıca farklı çevresel stresler altındaki genlerin ifadesi de izlenebilir.
Proteomik ve Transkriptomik Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Her ikisi de omic teknolojisi kavramının bir parçasını oluşturur.
- Her ikisi de bir organizmanın hastalık teşhisinde ve hastalık karakterizasyonunda kullanılır.
- Her iki çalışma alanı da biyomolekülün ekstraksiyonu, biyomolekülün ayrılması ve sıralama adımlarını içeriyordu.
Proteomik ve Transkriptomik Arasındaki Fark Nedir?
Protemics ve Transcriptomics |
|
| Proteomik, canlı bir organizmadaki tüm proteinlerin tam olarak incelenmesini içerir. | Transkriptomik, canlı bir organizmada bulunan tüm haberci RNA (mRNA) moleküllerinin eksiksiz çalışmasıdır. |
| Çalışılan Biyo Molekül Türü | |
| Proteinler proteomikte incelenir. | mRNA, transkriptomikte incelenir. |
| Çalışılan Faktörler | |
| Proteomikte proteinlerin yapısı, işlevi, etkileşimleri, modifikasyonları ve uygulamaları incelenir. | Sıra yapısı, çevre ile etkileşimler ve mRNA uygulamaları transkriptomikte incelenir. |
Özet – Proteomik ve Transkriptomik
Omics, yaşam bilimleri alanında önemli bir rol oynamaktadır. Proteomik, bir hücre veya organizmadaki tam protein koleksiyonlarını oluşturan proteomun çalışmasını ifade eder. Transkriptomik, mRNA formundaki eksprese edilmiş DNA'nın tam seti olan transkriptomun çalışmasını ifade eder. İki çalışma alanı, proteomik ve transkriptomik, genomiklerin tanıtılmasından sonra türetilmiştir ve şu anda tıbbi teşhiste ve organizmaların karakterizasyonu ve taranmasında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu, proteomik ve transkriptomik arasındaki farktır.
Proteomik ve Transkriptomik'in PDF'sini indirin
Bu makalenin PDF sürümünü indirebilir ve alıntı notuna göre çevrimdışı amaçlarla kullanabilirsiniz. Lütfen PDF sürümünü buradan indirin: Proteomik ve Transkriptomik Arasındaki Fark
