Anahtar Farkı – İstifleme Jeli ve Ayırıcı Jel
İstifleme jeli ve ayırma jeli terimleri, SDS-PAGE tekniğinin açıklanmasında kullanılır. SDS-PAGE veya sodyum dodesil sülfat-poliakrilamid jel elektroforezi, protein moleküllerini moleküler ağırlıklarına göre ayırmak için kullanılan bir laboratuvar tekniğidir. Tekniğin arkasındaki teori, farklı moleküler ağırlıklara sahip proteinlerin farklı göç oranları göstermesidir; düşük moleküler ağırlıklı moleküller daha hızlı göç ederken, yüksek moleküler ağırlıklı moleküller daha yavaş göç eder. Göç ortamı bir jeldir. İstifleme jeli ve ayırma jeli olarak adlandırılan iki tip jel vardır. İstifleme jeli ve ayırma jeli arasındaki temel fark, istifleme jelinin pH'ının 6,8, ayırma jelinin pH'ının ise 8,8 olmasıdır.
İstifleme Jeli Nedir?
İstifleme jeli, SDS-PAGE tekniğinde daha konsantre çözücü jelin (ayırıcı jel) üstüne yerleştirilen düşük konsantrasyonlu bir poliakrilamid jeldir. İstifleme jeli, elektroforez çözünürlüğünü iyileştirmek için kullanılır. Çözünürlük, numunedeki proteinler üzerinde etkili olan istifleme jeli ve ayrıştırma jeli konsantrasyonları arasındaki farktan dolayı artar. İstifleme jelindeki poliakrilamid konsantrasyonu düşük olduğundan, gözenek boyutu daha yüksektir. Bu aynı zamanda ayrımı artırmaya da yardımcı olur.
İstifleme jeli, yaklaşık %7 poliakrilamidden oluşan büyük gözeneklere sahip gevşek bir poliakrilamid jeldir. Bu gözenekler, büyük protein molekülleri için önemli bir bariyer görevi görmez. Dolayısıyla bu jel, bu proteinlerin hareketliliğini biraz etkiler. Bu, iki jel arasında konsantre ederek proteinin hareketliliğine ve boyutuna göre ayrılmasını sağlar.
Şekil 01: SDS-PAGE Akrilamid Jel
İstifleme jelinin pH'ı 6,8'dir. pH'ı, jelin 2 pH birimi ile çözülmesinden daha asidiktir. Bu pH, daha düşük bir iyonik kuvvet, dolayısıyla daha yüksek bir elektrik direnci anlamına gelir. Bu, jelde bulunan diğer yüklü parçacıklara göre proteinlerin hareketliliğini tetikler.
Ayırıcı Jel Nedir?
Bir SDS-PAGEtechnique'in ayırma jeli veya çözme jeli, düşük konsantrasyonlu istifleme jelinin üstüne yerleştirilen yüksek konsantrasyonlu bir poliakrilamid jeldir. Ayırma jeli yüksek miktarda poliakrilamid (%10) içerir. Bu jelin pH'ı, istifleme jelinden daha yüksek bir pH seviyesi olan pH=8.8 olarak korunur.
Şekil 02: Bir Jel Elektroforez Aparatı
Protein molekülleri ayırma jeline ulaştığında, bu moleküllerin göçü yavaşlar çünkü ayırma jeli, protein moleküllerinin hareketi için önemli bir bariyer görevi görebilen küçük gözenek boyutuna sahip yüksek konsantrasyonlu bir jeldir.. Bu yavaşlama, diğer proteinlerin yetişmek için yavaşça göç etmesine izin verir, bu da iki jel arasında dar, konsantre bir bant oluşmasına neden olur.
İstifleme Jeli ile Ayırıcı Jel Arasındaki İlişki Nedir?
Hem İstifleme Jeli hem de Ayırıcı Jel çeşitleri aynı aparatta kullanılmaktadır
İstifleme Jeli ile Ayırıcı Jel Arasındaki Fark Nedir?
İstifleme Jeli vs Ayırma Jeli |
|
| İstifleme jeli, SDS-PAGE tekniğinde daha konsantre çözücü jelin (ayırıcı jel) üstüne yerleştirilen düşük konsantrasyonlu bir poliakrilamid jeldir. | Bir SDS-PAGE tekniğinin ayırma jeli veya çözme jeli, düşük konsantrasyonlu bir istifleme jelinin üstüne yerleştirilen yüksek konsantrasyonlu bir poliakrilamid jeldir. |
| Yerleşim | |
| İstifleme jeli, ayrıştırma (ayırma) jeli üzerine yerleştirilir. | Ayırma jeli, jel elektroforezi için kullanılan kabın dibine yerleştirilir. |
| Konsantrasyon | |
| İstifleme jelinin konsantrasyonu yüksektir. | Ayırma jelinin konsantrasyonu düşüktür. |
| Poliakrilamid İçeriği | |
| İstifleme jeli yaklaşık %7 poliakrilamid içerir. | Ayırıcı jel yaklaşık %10 poliakrilamid içerir. |
| pH | |
| İstifleme jelinin pH'ı 6,8'dir. | Ayırıcı jelin pH'ı 8,8'dir. |
| Gözenek Boyutu | |
| Yığınlama jelinde büyük gözenek boyutları mevcuttur. | Ayırma jelinde küçük gözenek boyutları mevcuttur. |
| Çözünürlük | |
| İstifleme jeli daha iyi çözünürlük sağlar. | Ayırıcı jel zayıf bir çözünürlük veriyor. |
Özet – İstifleme Jeli vs Ayırıcı Jel
İstifleme jeli ve ayırma jeli, belirli bir numunedeki protein moleküllerinin daha iyi ayrılmasını sağlamak için kullanılan iki tip poliakrilamid jeldir. İstifleme jeli ve ayırma jeli arasındaki fark, istifleme jelinin pH'ının 6,8, ayırma jelinin pH'ının ise 8,8 olmasıdır.
