Anahtar Farkı – Forward ve Reverse Primer
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), Moleküler Biyolojik uygulamalarda kullanılan bir DNA amplifikasyon yöntemidir. Özellikle ilgili bir DNA dizisinin milyonlarca ila milyarlarca kopyasını oluşturan yaygın olarak kullanılan bir tekniktir. Laboratuvarlarda yapılan in vitro bir yöntemdir. PCR tekniği tamamen Taq polimeraz adı verilen ticari olarak üretilen DNA polimerazına bağlıdır. Ayrıca birkaç başka bileşen ve uygun sıcaklık bakımı gerektirir. Önemli bir bileşen primerlerdir. Primerler, hedef DNA dizisi için özel olarak tasarlanmış kısa DNA dizileridir. Genellikle yaklaşık 20 nükleotit uzunluğundadırlar. Taq polimeraz, nükleo titlerin önceden var olan nükleotit dizisine eklenmesini katalize eder. Bu nedenle, primerler, yeni ipliklerin sentezinin başlangıç noktaları olarak hizmet eder. Taq polimeraz sadece 5' ila 3' yönünde çalışır, dolayısıyla DNA sentezi aynı 5' ila 3' yönünde gerçekleşir. DNA çift sarmallı olduğundan, PCR'de iki tip primer gereklidir. İleri astar ve ters astar olarak bilinirler. İleri ve geri primerler, DNA sentezi gerçekleştiğinde DNA'daki primerin uzama yönüne göre adlandırılır. İleri primer, antisens DNA zinciriyle tavlanır ve genin +ve zincirinin sentezini 5' ila 3' yönünde başlatır. Ters primer sens sarmalıyla tavlanır ve kodlama dizisinin tamamlayıcı dizisinin sentezini başlatır; ki bu, genin zincirini 5'ila 3' yönündedir. Bu, ileri ve geri primerler arasındaki temel farktır.
Forward Primer nedir?
İleriye yönlendirme, bir genin kodlama zincirinin veya duyu zincirinin sentezidir. Taq polimeraz, 5' ila 3' yönünde yeni bir ipliğin sentezini katalize eder. Kodlayıcı ipliğin sentezi, primer kodlamayan veya antisens iplikle tavlandığında ve 5' ila 3' yönünde uzadığında meydana gelir.
Şekil 01: İleri ve Geri Primerler
Antisens iplikle veya kodlamayan iplikle veya şablon iplikle tavlanan primer, ileri primer olarak bilinir, çünkü ileri primer, genin pozitif ipliği veya kodlama sentezi için bir başlangıç noktası görevi görür. İleri primer, antisens ipliğin 3' yan ucunu tamamlayıcı olan kısa bir nükleotid dizisine sahiptir. Antisens sarmal ile hibritleşir ve Taq polimerazın kalıp sarmalı tamamlayıcı olan nükleotidleri eklemesini kolaylaştırır.
Ters Astar nedir?
Ters primer, sens zincirinin veya kodlama zincirinin 3' ucuyla tavlanan kısa DNA dizisidir. Ters primer, kodlama dizisinin veya kodlamayan dizinin tamamlayıcı bir zincirini sentezlemek için başlangıç noktası görevi görür. Ters astar, kodlama dizisinin 3' ucunu tamamlayıcı olarak tasarlanmıştır. Bu nedenle, kodlama zincirinin yan 3' ucu ile tavlanır ve Taq polimerazın antisens ipliği veya şablon ipliği sentezlemesine izin verir. Yönü ters olduğu için bu astar ters astar olarak etiketlenir.
Hem ters hem de ileri primerler, hedeflenen veya ilgilenen DNA'nın belirli bölgelerinin milyonlarca ila milyarlarca kopyasının üretilmesi için önemlidir.
Forward ve Reverse Primer Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Hem Forward hem de Reverse primerler oligonükleo titlerden yapılır.
- Hem İleri hem de Ters Primerler, DNA çift sarmallarının yan uçlarını tamamlayan kısa nükleotit dizisine sahiptir.
- Hem Forward hem de Reverse primerleri genellikle 20 nükleotitten oluşur.
- Polimeraz zincir reaksiyonlarında hem İleri hem de Geri Primerler kullanılır.
- Hem Forward hem de Reverse Primerler ticari olarak sentezlenir.
- Hem Forward hem de Reverse primerler sıcaklığa dayanıklıdır ve normalde benzer Tm'ye sahiptirler.
- Hem Forward hem de Reverse Primerler hedef DNA dizileriyle tavlanır.
- Hem Forward hem Reverse Primerler PCR reaksiyonlarına göre tasarlanmıştır.
- Hem İleri hem de Geri Primerler, DNA amplifikasyonu için başlangıç noktaları olarak sunulur.
- Hem ters hem de ileri primerler, hedeflenen veya ilgili DNA dizilerinin belirli bölgelerinin milyon kopyasının üretilmesi için önemlidir.
İleri ve Geri Astar Arasındaki Fark Nedir?
İleri Astar vs Ters Astar |
|
| İleri primer, genin kodlanmayan veya şablon zincirinin 3' ucu ile hibridize olan ve kodlama dizisini sentezlemek için başlangıç noktası görevi gören kısa DNA dizisidir. | Ters primer, kodlamanın 3' ucuyla veya şablon olmayan iplikçik ile hibritleşen ve kodlamayan diziyi sentezlemek için başlangıç noktası görevi gören kısa DNA dizisidir. |
| Tavlama Şeridi | |
| Şablon iplikçikli ön astar tavlama. | Ters primer tavlama şablon olmayan iplikle. |
| Sonuçlanan Yeni Dizi | |
| İleri astar, kodlama dizisinin sentezini kolaylaştırır. | Ters primer, kodlamayan dizinin sentezini kolaylaştırır. |
Özet – Forward ve Reverse Primer
PCR tekniğinde yer alan iki tip primer vardır. İleri ve geri primerlerdir. Yeni DNA zinciri sentezinde primerin uzamasına bağlı olarak bu primerler etiketlenir veya adlandırılır. Taq polimeraz, yeni DNA'yı 5' ila 3' oryantasyonunda sentezler. Bu nedenle, primerler, çift sarmalın 3' uçlarını tamamlayıcı olarak tasarlanmıştır. 5' ila 3' yönünde uzayan ileri primer, antisens veya şablon veya kodlamayan dizinin 3' ucu ile hibritleşir. Kodlama dizisini sentezlemek için başlangıç noktası görevi görür. 5' ila 3' yönünde uzayan ters primer, kodlamanın 3' ucuyla veya şablon olmayan veya duyu ipliği ile hibritleşir. Kodlamayan diziyi sentezlemek için başlangıç noktası görevi görür. Bu, ileri ve geri primer arasındaki farktır.
