Dizi hizalamada benzerlik ve özdeşlik arasındaki temel fark, benzerliğin iki dizi arasındaki benzerlik (benzerlik) iken özdeşliğin iki farklı dizi arasında tam olarak eşleşen karakter sayısı olmasıdır.
Biyoinformatik, temel olarak moleküler biyoloji ve genetik, bilgisayar bilimi, matematik ve istatistik içeren disiplinler arası bir bilim alanıdır. Dizi hizalama, biyoinformatikte önemli bir terimdir. Diziler arasındaki fonksiyonel, yapısal veya evrimsel ilişkinin bir sonucu olan benzerlik bölgelerini belirlemek için DNA, RNA veya protein dizilerinin düzenlendiği prosedürdür. Hizalamanın sonunda, bir matris içinde satırlar olarak sunulacaklar. Ardışık sütunlarda aynı karakterleri hizalamak için artıklar arasında eklenen boşluklar bulunur.
Benzerlik nedir?
Dizi hizalamadaki benzerlik, karşılaştırıldığında iki dizi arasındaki benzerliktir. Bu gerçek, dizilerin kimliğine bağlıdır. Benzerlik, kalıntıların hizalanma derecesini gösterir. Bu nedenle, benzer diziler benzer özellikler içerir. Biyoinformatikte benzerlik, iki protein arasındaki benzerliği değerlendirmek için bir araçtır.
Şekil 01: Sıra Hizalamasında Benzerlik
Hizalama sürecini sıralamak için iki ana adım vardır. İlk adım, BLAST, FastA ve LALIGN gibi algoritmaları kullanarak iki dizi (boşluklar dahil) arasındaki en uygun hizalamayı bulmaya yardımcı olan ikili hizalamadır. Eşleştirme algoritması, minimum düzenleme işlemi sayısını bulur; bir diziyi diğer diziye hizalamak için in-dels ve ikameler. İkili hizalamadan sonra, her bir ikili karşılaştırmadan iki kantitatif parametre elde etmek gerekir. Bunlar kimlik ve benzerliktir.
Kimlik Nedir?
Dizi hizalamada kimlik, iki farklı dizi arasında tam olarak eşleşen karakter sayısıdır. Bu nedenle, kimlik değerlendirilirken boşluklar sayılmaz. Ölçümün, iki dizi arasındaki daha kısa diziyle ilişkili olduğu kabul edilir. Önemli ölçüde, dizi kimliğinin geçişli olmadığı yerde etkiye sahip olduğunu ima eder. X=Y ve Y=Z ise, X mutlaka Z'ye eşit değildir. Bu, özdeşlik uzaklığı ölçüsü cinsinden çıkarılır.
Şekil 02: Sıra Hizalamasında Kimlik
Örneğin, X'in bir AAGGCTT dizisi vardır, Y'nin bir AAGGC dizisi vardır ve Z'nin bir AAGGCAT dizisi vardır. X ve Y arasındaki özdeşlik %100 {5 özdeş nükleotid / dak[uzunluk(X), uzunluk(Y)]}'dir. Y ve Z arasındaki özdeşlik de %100'dür. Ancak X ve Z arasındaki özdeşlik yalnızca %85 {(6 özdeş nükleotid / 7)}'dir.
Sıra Hizalamasında Benzerlik ve Özdeşlik Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Hem benzerlik hem de özdeşlik, dizi hizalamada kullandığımız iki terimdir.
- Ayrıca, iki dizi arasındaki benzerliğe atıfta bulunurlar.
- Ayrıca bunları yüzde değeri olarak ifade ediyoruz.
Sıra Hizalamasında Benzerlik ve Özdeşlik Arasındaki Fark Nedir?
Hizalamadaki benzerlik, karşılaştırıldığında iki dizi arasındaki benzerliği anlatırken dizi hizalamadaki özdeşlik, iki farklı dizi arasında tam olarak eşleşen karakter miktarını söyler. Bu nedenle, dizi hizalamasında benzerlik ve özdeşlik arasındaki temel fark budur.
Özet – Sıra Hizalamasında Benzerlik ve Özdeşlik
Dizi hizalama, diziler arasındaki işlevsel, yapısal veya evrimsel ilişkiden kaynaklanan DNA, RNA veya proteindeki benzerlik bölgelerini belirlemeye yardımcı olur. Bu nedenle, benzerlik ve özdeşlik, dizi hizalaması bağlamında iki anahtar terimdir. Bu iki terim arasındaki temel fark, benzerlik, karşılaştırmada iki dizi arasındaki benzerlik iken, özdeşlik, iki farklı dizi arasında tam olarak eşleşen karakter sayısıdır. Bu nedenle, dizi hizalamasında benzerlik ve özdeşlik arasındaki farkın özeti budur.
