Rastgele primerler ve oligo dT arasındaki temel fark, rastgele primerin tüm olası heksamer oligonükleotit dizilerinin bir karışımı olması, oligo dT primerinin ise 12-18 deoksitimidinlerin tek sarmal dizisinden oluşmasıdır.
Ters transkripsiyon, cDNA'nın mRNA veya herhangi bir RNA türü kullanılarak sentezlenebildiği bir mekanizmadır. cDNA üretebilmek için başta şablon ve primerler olmak üzere ters transkriptaz enzimi ve diğer gerekli bileşenler sağlanmalıdır. Primerler, hedef dizilerin amplifikasyonu için özel olarak tasarlanmış kısa DNA dizileridir. Rastgele primerler ve oligo dT primerleri, ters transkripsiyonda kullanılan iki yaygın primer türüdür. Bu nedenle, rastgele primer veya oligo dT primer, ters transkriptazın ters transkripsiyonu başlatması için gerekli olan kısa DNA oligonükleotit dizileridir. RNA şablonuna bağlı olarak, bu iki primer türünden uygun primer seçilebilir.
Rastgele Primerler nelerdir?
Rastgele primer, tüm olası heksamer dizilerini temsil eden bir oligonükleotit karışımıdır. Rastgele primerin primer dizisi 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T veya C'dir. Bu nedenle, tek iplikli DNA veya RNA'nın DNA polimeraz veya ters transkriptaz ile amplifikasyonu için rastgele primerler kullanılabilir, sırasıyla. Ayrıca rastgele primer karışımı, cDNA üretmek için RNA'nın tüm bölgelerini çoğ altabilir. Böylece çeşitli uzunluklarda cDNA üretir.
Şekil 01: Rastgele Primerler
En önemlisi, rastgele primer karışımı şablon özgüllüğü göstermez. mRNA ve diğer RNA türlerini ayırt edemez. Ve numunedeki herhangi bir RNA türü ile tavlanır. Bununla birlikte, rastgele primer karışımı, rRNA, tRNA, kodlamayan RNA'lar, küçük RNA'lar, prokaryotik mRNA vb. gibi poli(A) kuyrukları olmayan RNA'ların ters transkripsiyonu için uygundur, bozulmuş RNA ve bilinen ikincil yapılara sahip RNA.
Oligo dT nedir?
Oligo dT astar, 12 – 18 deoksitiminden (dT) oluşan bir uzantıdır. Primer dizisi 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3 olarak temsil edilebilir. Poli(A) kuyruğu içeren mRNA'dan cDNA üretimi için kullanılır. Temel olarak, ters transkriptaz tarafından katalize edilen reaksiyon için bir primer görevi görür. Ters transkripsiyon sırasında, çoğu ökaryotik mRNA'nın 3' ucunda bulunan poli-adenile edilmiş kuyruk ile oligo dT primeri tavlanır ve süreci başlatır.
Şekil 02: Oligo dT Primer Kullanarak Ters Transkripsiyon
Rastgele primerin aksine, oligo dT primeri, prokaryotik RNA ve mikroRNA dahil olmak üzere poli(A) kuyrukları olmayan bozulmuş RNA veya RNA için uygun değildir.
Rastgele Primerler ve Oligo dT Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Rastgele primer ve oligo dT primer, ters transkripsiyonda ve cDNA yapımında kullanılan iki tip primerdir.
- Rastgele primer ve oligo dT primerinin birlikte kullanılması cDNA sentezinin hassasiyetini arttırır.
- Tek sarmallı kısa nükleotid dizileridir.
Rastgele Primerler ve Oligo dT Arasındaki Fark Nedir?
Rastgele primer, rastgele bir diziden oluşan kısa bir oligonükleotit dizisidir. Bu arada, oligo dT primeri, 12 ila 18 deoksitimidinden oluşan kısa bir ipliktir. Bu, rastgele primerler ve oligo dT arasındaki temel farktır. Rastgele primer dizisi 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T veya C'dir. Oysa, oligo dT primeri dizisi 5´-d'dir (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Bu nedenle, bunu rastgele primerler ve oligo dT arasındaki başka bir fark olarak düşünebiliriz.
Ayrıca, rastgele primerler şablon spesifikliği göstermez ve herhangi bir RNA türü ile tavlanırken, oligo dT primerleri ökaryotik mRNA'nın poli(A) kuyrukları için spesifiklik gösterir.
Aşağıdaki infografik, rastgele primerler ve oligo dT arasındaki farkı özetler.
Özet – Rastgele Primerler ve Oligo dT
Random primer ve oligo dT primer, cDNA sentezinde kullanılan iki tip primerdir. Rastgele primer, tüm olası heksamer dizilerini temsil eden bir oligonükleotit karışımından oluşurken, oligo dT primeri, 12 ila 18 deoksitimidin tek sarmallı bir dizidir. Bu, rastgele primerler ve oligo dT arasındaki temel farktır. Ayrıca, oligo dT primerleri poli(A) kuyruklu RNA'nın tam uzunlukta ters transkripsiyonu için kullanışlıyken, rastgele primerler, bozulmuş RNA, poli(A) kuyrukları olmayan RNA ve içeren RNA dahil olmak üzere çoğu RNA türünün ters transkripsiyonunda faydalıdır. ikincil yapılar. Bu nedenle, rastgele primer şablon spesifikliği göstermezken, oligo dT primer, poli(A) kuyruğu içeren ökaryotik mRNA'ya karşı spesifiklik gösterir.
