Bağlayıcı ve bağdaştırıcı arasındaki temel fark, bir bağdaştırıcının birleşik uçları olmamasına karşın bağdaştırıcının tek bir yapışkan ucu olmasıdır.
DNA ligasyonu, iki DNA molekülünü bir araya getirerek fosfodiester bağları oluşturma işlemidir. DNA ligaz adı verilen enzim bu reaksiyonu katalize eder. Rekombinant DNA teknolojisi ve DNA klonlama gibi modern moleküler biyolojik alanlardaki kritik adımlardan biridir. Ligasyon etkinliği, bağlanacak DNA moleküllerinin uçlarına bağlıdır. Yapışkan uçlar ve kör uçlar olmak üzere iki tip DNA ucu vardır. Yapışkan uçlarda ligasyon verimliliği, kör uçlara göre daha yüksektir. Hedef DNA moleküllerinin uçları küt ise adaptörler veya bağlayıcılar olarak adlandırılan moleküller faydalı olacaktır. Adaptörler ve bağlayıcılar, DNA ligasyonuna yardımcı olan kimyasal olarak sentezlenmiş oligonükleotit molekülleridir. İç kısıtlama siteleri de var. Bağdaştırıcının bir yapışkan ucu ve bir kör ucu varken, bağlayıcının iki kör ucu vardır.
Bağlayıcı nedir?
Bağlayıcı, çift sarmallı, kimyasal olarak sentezlenmiş bir oligonükleotit dizisidir. Bağlayıcının iki künt ucu vardır. Bağlayıcı, künt uçlu DNA moleküllerini vektörlere bağlamak için kullanılır. Bir veya daha fazla dahili kısıtlama sitesi içerir. Bu kısıtlama siteleri, kısıtlama enzimleri için tanıma siteleri olarak çalışır.
Şekil 01: Bağlayıcı
Ligasyondan sonra DNA, yapışkan uçlar üretmek için kısıtlama enzimleri ile tekrar kısıtlanır. EcoRI-bağlayıcılar ve sal-I bağlayıcıları yaygın olarak kullanılan bağlayıcılardır.
Adaptör Nedir?
Bir Adaptör, iki DNA molekülünü birbirine bağlamak için kullanılan çift sarmallı bir oligonükleotit dizisidir. Bir ucu kör, bir ucu yapışkan veya yapışkan olan kısa bir dizidir. Bu nedenle, bir ucunda DNA ligasyonunun etkinliğini artıran tek iplikli bir kuyruktan oluşur.
Şekil 02: Bir Adaptörle DNA Ligasyonu
Ayrıca, bağdaştırıcının dahili kısıtlama siteleri vardır. Bu nedenle, ligasyondan sonra, yeni bir çıkıntılı terminal oluşturmak için DNA uygun restriksiyon enzimleri ile sınırlandırılabilir. Adaptörlerin bir dezavantajı, iki adaptörün kendileriyle baz eşleştirmesi yaparak dimmerler oluşturabilmesidir. Bu, onları alkalin fosfataz adı verilen enzimle tedavi ederek önlenebilir.
Bağlayıcı ve Adaptör Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Hem bağlayıcı hem de adaptör çift sarmallı kısa oligonükleotit dizileridir.
- İç kısıtlama siteleri taşırlar.
- Üstelik, kimyasal olarak sentezlenmiş DNA molekülleridir ve sentetik moleküllerdir.
- İki DNA molekülünü birbirine bağlayabilirler.
- Bağlayıcıların ve adaptörlerin ligasyonundan sonra, yapışkan uçlar üretmek için DNA tekrar kısıtlama enzimleri ile sınırlandırılır.
Bağlayıcı ve Adaptör Arasındaki Fark Nedir?
Bir bağlayıcı, iki küt uçlu, kimyasal olarak sentezlenmiş kısa bir oligonükleotid duplekstir. Bir adaptör, bir yapışkan ucu ve bir kör ucu olan, kimyasal olarak sentezlenmiş kısa bir oligonükleotit dubleksidir. Bu nedenle, bağlayıcı ve adaptör arasındaki temel fark budur. Ayrıca, bağdaştırıcılar dimerler oluşturabilirken bağlayıcılar dimer oluşturmaz. Bu, bağlayıcı ve bağdaştırıcı arasındaki bir diğer önemli farktır.
Aşağıda, bağlayıcı ve bağdaştırıcı arasındaki farkların tablo biçiminde bir özeti bulunmaktadır.
Özet – Bağlayıcı ve Bağdaştırıcı
Bağlayıcı ve adaptör, kör uçlu DNA'nın bağlanmasında yararlı olan kimyasal olarak sentezlenmiş iki tür oligonükleotittir. Bağlayıcının iki kör ucu vardır, adaptörün bir kör ucu ve bir yapışkan ucu vardır. Bu, bağlayıcı ve adaptör arasındaki temel farktır. İç kısıtlama bölgelerine sahip çift sarmallı moleküllerdir. Rekombinant DNA teknolojisi ve DNA klonlamada yaygın olarak kullanılırlar.
