LINE'lar ve SINE'ler arasındaki temel fark, LINE'ların (uzun serpiştirilmiş nükleer elementler) bir tür daha uzun LTR olmayan retrotranspozonlar olması, SINE'lerin (kısa serpiştirilmiş nükleer elementler) ise çok daha kısa LTR olmayan retrotranspozonlar olmasıdır.
LTR olmayan retrotranspozonlar, uzun terminal tekrarları (LTR) içermez. Bununla birlikte, ters transkriptaz, RNA bağlayıcı protein, nükleaz ve ribonükleaz H alanı için genler içerirler. LTR olmayan retrotranspozonların kısa tekrarları vardır. Bu tekrarlar, yan yana ters bir baz sırasına sahiptir. Bunun dışında, LTR olmayan retrotranspozonların da LRT transpozonlarında bulunan doğrudan tekrarları vardır. LTR olmayan retrotranspozonlar, HATLAR ve SINE'ler olarak iki kategoriye ayrılır.
ÇİZGİLER nedir?
LINE'lar (uzun serpiştirilmiş nükleer elementler) daha uzun LTR olmayan retrotranspozonlardır. Ökaryotların genomlarında yaygındırlar. Genellikle insan genomunun %21.1'ini oluştururlar. Her bir HAT yaklaşık 7000 baz çifti uzunluğundadır. LINE'lar mRNA'ya kopyalanabilir ve ters transkriptaz enzimi olarak işlev görebilen bir proteine çevrilebilir. Bu ters transkriptaz, LINEs RNA'sının DNA kopyalarını üretir. Bu DNA kopyaları yeni bir sitede genoma entegre edilebilir.
Şekil 01: HATLAR ve SINE'ler
İnsan genomunda HAT-1 adı verilen tek bir bol HAT vardır. LINE-1 elemanı yaklaşık 6000 baz çifti uzunluğundadır. İnsan genomunda yaklaşık 100.000 kesilmiş LINE-1 elementi vardır. LINE'larda rastgele mutasyon meydana gelebilir. Rastgele mutasyonlar nedeniyle HATLAR dejenere olabilir. Artık kopyalanmıyorlar veya tercüme edilmiyorlar. Ayrıca HAT'lar L1, RTE, R2, I ve jokey olmak üzere beş ana gruba ayrılmaktadır. Bu beş grup ayrıca 28 alt gruba ayrılır.
LINE'lar normalde hedefe yönelik olarak hazırlanmış ters transkripsiyon mekanizması (TPRT) adı verilen bir mekanizma aracılığıyla yayılır. LINE'ların eklenmesi hemofili A, kanser, mendel bozuklukları vb. gibi insan hastalıklarına neden olur. LINE'ların hipometilasyonu ayrıca belirli kanser türlerini tetikler.
SINE'ler nelerdir?
SINE'ler (kısa serpiştirilmiş nükleer elementler), çok daha kısa LTR olmayan retrotranspozonların bir türüdür. Yaklaşık 100 ila 700 baz çifti uzunluğundadırlar. SINE'ler ayrıca kendilerini ökaryotik genomlar boyunca RNA ara ürünleri aracılığıyla çoğ altan DNA elemanlarıdır. SINE'ler memeli genomunun yaklaşık %13'ünü oluşturur. SINE'lerin iç bölgeleri tRNA'dan kaynaklanır. Yüksek oranda korunmuş durumda. Genellikle birçok omurgalı ve omurgasız türünde bulunurlar. SINE'lerdeki kopya sayısı varyasyonu ve mutasyonlar, türlerin filogeniye dayalı sınıflandırmasını oluşturmak için dahil edilebilir.
SINE'ler üç ana tipte gruplanabilir: CORE-SINE'ler, V-SINE'ler ve AmnSINE'ler. Alu elementi primatlarda en yaygın SINE'dir. Ayrıca, SINE'lerin eklenmesiyle ilişkili 50'den fazla insan hastalığı vardır. Eksonların içine veya yakınına girdiklerinde, yanlış eklemeye neden olabilir veya okuma çerçevesini değiştirebilirler. Bu, meme kanseri, kolon kanseri, lösemi, hemofili, kistik fibroz, kolon kanseri, Dent hastalığı, nörofibromatoz vb. gibi hastalık fenotiplerine yol açar.
LINE'lar ve SINE'ler Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- LINE'lar ve SINE, iki tür LTR olmayan retrotranspozondur.
- İkisinin de uzun terminal bölgesi (LTR) yoktur.
- Her ikisi de ağırlıklı olarak yalnızca ökaryotlarda bulunur.
- İkisi de özerk değil.
LINE'lar ve SINE'ler Arasındaki Fark Nedir?
LINE'lar daha uzun LTR olmayan retrotranspozonlardır, SINE'ler ise LTR olmayan retrotranspozonlardan çok daha kısadır. Bu, LINE'lar ve SINE'ler arasındaki temel farktır. Ayrıca, LINES, ters transkriptaz enzimini kodlarken, SINE, ters transkriptaz enzimini kodlamaz. Dolayısıyla bu, HATLAR ve SINE'ler arasındaki başka bir farktır.
LINE'lar ve SINE'ler arasındaki diğer farklar, yan yana karşılaştırma için aşağıda tablo şeklinde listelenmiştir.
Özet – LINEs vs SINEs
Retrotranspozonlar esas olarak tüm ökaryotlarda bulunur, ancak prokaryotlarda yoktur. İnsan genomunun yaklaşık %37'si retrotranspozon içerir. Retrotranspozonlar temel olarak iki tiptir: LTR ve LTR olmayan retrotranspozonlar. LTR olmayan retrotranspozonlar, LTR retrotranspozonlarında bulunan uzun terminal tekrarlarını (LTR) içermez. LTR olmayan retrotranspozonlar ayrıca iki kategoriye ayrılır: HATLAR ve SINE'ler. HATLAR daha uzun LTR olmayan retrotranspozonlardır, SINE'ler ise LTR olmayan retrotranspozonlardan çok daha kısadır. Dolayısıyla, bu, LINE'lar ve SINE'ler arasındaki farkın özetidir.
