İzoşizomerler ve neoşizomerler arasındaki temel fark, izoşizomerlerin aynı tanıma dizisine sahip olan ve DNA'yı aynı konumlarda parçalayan kısıtlama enzimleri olmaları, neoşizomerlerin ise aynı tanıma dizisine sahip olan ancak DNA'yı farklı konumlarda parçalayan kısıtlama enzimleri olmalarıdır..
Kısıtlama enzimleri veya kısıtlama endonükleazları, DNA'yı belirli tanıma bölgelerinde veya yakınında parçalara ayıran enzimlerdir. DNA'yı kısıtlama bölgelerinde kestiler. Kısıtlama enzimleri genellikle yapılarına göre, DNA substratlarını tanıma bölgelerinde kesip kesmemelerine ve tanıma ve bölünme bölgelerinin birbirinden ayrı olup olmamasına göre beş gruba ayrılır.3600'den fazla kısıtlama endonükleazı zaten tanımlanmıştır. Ticari olarak yaklaşık 800 kısıtlama enzimi mevcuttur. İzoşizomerler ve neoşizomerler, tanıma bölgesi ve bölünme özgüllüğüne dayalı iki tür kısıtlama enzimidir.
İzoşizomerler nelerdir?
İzoşizomerler, aynı tanıma dizisine sahip olan ve DNA'yı aynı konumlarda parçalayan kısıtlama enzimleridir. Bu kısıtlama enzimleri aynı özgüllüğe sahiptir. Belirli bir diziyi tanıyan ilk keşfedilen kısıtlama enzimi bir prototip olarak bilinirken, aynı diziyi tanıyan daha sonra tanımlanan tüm kısıtlama enzimlerine izoşizomerler denir. Ancak izoşizomerler, bölge tercihleri, reaksiyon koşulları, metilasyon duyarlılığı ve yıldız aktivitesi bakımından farklılık gösterebilir. İzoşizomerler, farklı bakteri suşlarından izole edilir. Bu nedenle, farklı reaksiyon koşulları gerektirebilirler. Bazı durumlarda, bir çift izoşizomerden sadece biri, hem metillenmiş hem de metillenmemiş kısıtlama bölgeleri biçimlerini tanıyabilir. Öte yandan, diğer kısıtlama enzimi, kısıtlama bölgesinin yalnızca metillenmemiş formunu tanıyabilir. İzoşizomerlerin bu özel özelliği, kısıtlama bölgesinin metilasyon durumunun tanımlanmasına yardımcı olurken, onu bakteriyel bir durumdan izole eder.
Örneğin, AgeI ve BshT1 aynı düzende 5'-A↓CCGGT'yi tanır ve ayırır. HpaII ve MSPI, diğer izoşizomer çiftleridir. Her ikisi de metillenmediğinde 5'-C↓CGG-3' dizisini tanır. Ancak dizinin ikinci C'si metillendiğinde, yalnızca MSPI bu diziyi tanıyabilirken HpaII onu tanıyamaz.
Neoşizomerler nelerdir?
Neoşizomerler, aynı tanıma dizisine sahip olan ancak DNA'yı farklı konumlarda parçalayan kısıtlama enzimleridir. Bazı özel moleküler biyolojik uygulamalarda bu çok faydalı bir özelliktir. Neoşizomerler, izoşizomerlerin bir alt kümesidir. Neoşizomerler için iyi bilinen örnekler Smal (5'-CCC↓GGG-3') ve Xmal (5'-C↓CCGGG-3'); her ikisi de 5'-CCCGGG-3' dizisini tanır ancak bunları farklı bir konumda böler. Böylece, bu iki kısıtlama enzimi farklı tiplerde uçlar üretir. Bu durumda, SmaI kör uçlar üretir ve XmaI 5' çıkıntılı uçlar üretir.
Şekil 01: Neoşizomerler
Başka bir örnek, MaeII ve Kuyruk kısıtlama enzimleri çiftidir. Prototip MaeII (A↓CGT), 2 bazlı 5' uzantılı DNA fragmanları üretir ve neoschizomer Tail (ACGT↓), 4 bazlı3' uzantılı DNA fragmanları üretir.
İzoşizomerler ve Neoşizomerler Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- İzoşizomerler ve neoşizomerler, iki tür kısıtlama enzimidir.
- Ağırlıklı olarak prokaryotlarda bulunurlar.
- Bakterilerde ve arkelerde bulunan kısıtlama-modifikasyon (RM) sisteminin bir parçasıdırlar.
- İkisi de protein molekülleridir.
- Her ikisi de DNA'yı parçalara ayırır.
İzoşizomerler ve Neoşizomerler Arasındaki Fark Nedir?
İzoşizomerler, aynı tanıma dizisine sahip olan ve DNA'yı aynı konumlarda parçalayan restriksiyon enzimleridir, neoşizomerler ise aynı tanıma dizisine sahip olan ancak DNA'yı farklı konumlarda parçalayan restriksiyon enzimleridir. Bu, izoşizomerler ve neoşizomerler arasındaki temel farktır. Ayrıca, izoşizomerler aynı özelliklere sahipken neoşizomerler farklı özelliklere sahiptir.
Aşağıdaki infografik, izoşizomerler ve neoşizomerler arasındaki farkları yan yana karşılaştırma için tablo halinde listeler.
Özet – İzoşizomerler ve Neoşizomerler
Kısıtlama enzimleri, DNA kesme enzimleridir. Bunlara moleküler makas da denir. Farklı kısıtlama enzimleri vardır. Tanıma yeri ve bölünme özgüllüğüne bağlı olarak, kısıtlama enzimleri izoşizomerler ve neoşizomerler olarak iki tiptir. İzoşizomerler aynı tanıma dizisine sahiptir ve DNA'yı aynı konumlarda parçalarken, neoşizomerler aynı tanıma dizisine sahiptir ancak DNA'yı farklı konumlarda böler. Dolayısıyla izoşizomerler ve neoşizomerler arasındaki temel fark budur.
