MLVA ve MLST arasındaki temel fark, MLVA'nın mikrobiyal türleri karakterize etmek için art arda tekrarlanan DNA dizilerinin polimorfizmini kullanması, MLST'nin ise mikrobiyal türleri karakterize etmek için çoklu temizlik genlerinin dahili fragmanlarının DNA dizilerinin polimorfizmini kullanmasıdır.
Mikrobik tipleme normalde enfeksiyonların kaynağını ve yollarını belirlemek için kullanılır. Salgınları onaylar veya dışlar. Mikrobiyal tipleme ayrıca sağlık hizmetleriyle ilişkili patojenlerin çapraz bulaşmasını izler ve virülent suşları tanır. Ayrıca mikrobiyal tiplendirme, patojenik mikrobiyal türlerin kontrol önlemlerinin etkinliğini değerlendirir. MLVA ve MLST, mikrobiyal tiplemede kullanılan iki moleküler biyolojik tekniktir.
MLVA nedir?
Çoklu lokus VNTR analizi (MLVA), mikrobiyal türleri karakterize etmek için art arda tekrarlanan DNA dizilerinin polimorfizmini kullanan moleküler bir biyolojik yöntemdir. Belirli mikrobiyal türlerin genetik analizi için kullanılan bir yöntemdir.
MLVA'nın ilk adımı sırasında, hedeflenen her VNTR lokusu, yan bölgeye özgü primerler ile PCR ile amplifiye edilir. Daha sonra elde edilen fragmanlar, bir kapiler sıralayıcı üzerinde elektroforez ile boyut olarak ayrılır. Her bir lokusun genotiplenmesi ve her numuneden derlenen sonuçlar, türü bilinen bir mikroorganizmanın karakterize edilmesini sağlar. Ayrıca, alel tiplemesi ve MLVA veritabanlarıyla karşılaştırma yoluyla alt türlerin belirlenmesine olanak tanır.
Şekil 01: MLVA
Bu MLVA yöntemi, MLST yönteminden daha seçicidir. Ayrıca, MLVA yöntemi bir DNA dizileme adımı gerektirmez. Böylece yakın alt türleri veya klonal türleri ayırt etmeyi mümkün kılar.
MLST nedir?
Multilocus dizi tipleme (MLST), mikrobiyal türleri karakterize etmek için çoklu temizlik genlerinin dahili fragmanlarının DNA dizilerinin polimorfizmini kullanan bir tekniktir. MLST, çoklu lokusların tiplendirilmesi için genetik analizde kullanılan bir tekniktir.
Şekil 02: MLST
Farklı mikrobiyal tür suşlarını ayırt etmek için referans teknik olarak kullanılan bir dizileme tiplemesidir. Bu yöntem, temizlik gen dizilimine dayanmaktadır. Temizlik genleri normalde bakteri gibi mikrobiyal ajanların temel proteinlerini kodlar. Bu temizlik gen dizileri, zaman içinde kararlı bir polimorfizm sunma özelliğine sahiptir. Bu nedenle, temizlik genlerinin dizilerindeki farklılıklar, suşları birbirinden ayırt etmek için yeterlidir. Ayrıca, geliştirilecek ilk MLST şeması, meningokokal menenjit ve septiseminin etken maddesi olan Neisseria meningitidis idi. MLST, piyasaya sürülmesinden bu yana yalnızca insan patojenleri için değil, aynı zamanda bitki patojenleri için de kullanılmaktadır.
MLVA ve MLST Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- MLVA ve MLST, mikrobiyal tiplemede kullanılan iki moleküler biyolojik tekniktir.
- Her iki teknik de mikrobiyal filogenetik analiz için kullanılabilir.
- Her iki teknik de genetik polimorfizme dayanmaktadır.
- Mikrobik patojenlere neden olan insan hastalıklarının tespiti için kullanılabilirler.
- Her iki teknik de yetenekli moleküler biyologlar tarafından gerçekleştirilmelidir.
MLVA ve MLST Arasındaki Fark Nedir?
MLVA, mikrobiyal türleri karakterize etmek için art arda tekrarlanan DNA dizilerinin polimorfizmini kullanan bir tekniktir. Bu arada, MLST, mikrobiyal türleri karakterize etmek için çoklu temizlik genlerinin iç fragmanlarının DNA dizilerinin polimorfizmini kullanan bir tekniktir. Bu nedenle, MLVA ve MLST arasındaki temel fark budur. Ayrıca, MLVA yöntemi, MLST yönteminden daha seçicidir.
Aşağıdaki infografik, MLVA ve MLST arasındaki farkları yan yana karşılaştırma için tablo biçiminde sunar.
Özet – MLVA ve MLST
MLVA ve MLST, mikrobiyal tiplendirmede kullanılan iki moleküler biyolojik tekniktir. MLVA, mikrobiyal türleri karakterize etmek için art arda tekrarlanan DNA dizilerinin polimorfizmini kullanırken MLST, mikrobiyal türleri karakterize etmek için çoklu temizlik genlerinin dahili fragmanlarının DNA dizilerinin polimorfizmini kullanır. Bu, MLVA ve MLST arasındaki temel farktır.
