Anahtar Farkı – Alpha Helix ve Beta Pileli Levha
Alfa sarmalları ve beta kıvrımlı tabakalar, bir polipeptit zincirinde en yaygın olarak bulunan iki ikincil yapıdır. Bu iki yapısal bileşen, bir polipeptit zincirinin katlanması sürecindeki ilk ana adımlardır. Alpha Helix ve Beta Pileli Levha arasındaki temel fark yapılarındadır; belirli bir işi yapmak için iki farklı şekli vardır.
Alfa Sarmalı nedir?
Bir alfa sarmalı, bir polipeptit zincirindeki amino asit kalıntılarının sağ elini kullanan bir bobinidir. Amino asit kalıntılarının aralığı 4 ila 40 kalıntı arasında değişebilir. Üst bobindeki C=O grubunun oksijeni ile alt bobinin N-H grubunun hidrojeni arasında oluşan hidrojen bağları, bobini bir arada tutmaya yardımcı olur. Zincirdeki her dört amino asit kalıntısı için yukarıdaki şekilde bir hidrojen bağı oluşur. Bu tek tip model, bobinin kalınlığı gibi kesin özellikler verir ve sarmal ekseni boyunca her tam dönüşün uzunluğunu belirler. Alfa sarmal yapısının kararlılığı birkaç faktöre bağlıdır.
O atomları kırmızı, N atomları mavi ve hidrojen bağları yeşil noktalı çizgilerle
Beta Pileli Levha Nedir?
Beta tabakası olarak da bilinen beta pileli tabaka, proteinlerde ikincil yapının ikinci şekli olarak kabul edilir. Resimde gösterildiği gibi bükülmüş, kıvrımlı bir tabaka oluşturmak için en az iki veya üç omurga hidrojen bağı ile yanal olarak bağlanan beta şeritleri içerir. Bir beta zinciri, bir polipeptit zinciri uzantısıdır; uzunluğu, uzatılmış bir doğrulamada omurga dahil olmak üzere genellikle 3 ila 10 amino aside eşittir.
4-iplikli antiparalel β levha parçası, enzim katalazının kristal yapısından.
a) bitişik ipliklerdeki peptit NH ve CO grupları arasındaki antiparalel hidrojen bağlarını (noktalı) gösterir. Oklar zincir yönünü gösterir ve elektron yoğunluğu konturları H olmayan atomları gösterir. O atomları kırmızı toplardır, N atomları mavidir ve basitlik için H atomları çıkarılmıştır; yan zincirler yalnızca ilk yan zincir C atomuna kadar gösterilir (yeşil)
b) Merkezi iki β dizisinin uçtan görünümü
Beta kıvrımlı tabakalarda, polipeptit zincirleri yan yana uzanır. Yapının dalgalı görünümünden dolayı “pileli levha” adını alır. Hidrojen bağlarıyla birbirine bağlanırlar. Bu yapı, polipeptit zincirini uzatarak daha fazla hidrojen bağı oluşmasını sağlar.
Alpha Helix ve Beta Pileli Levha arasındaki fark nedir?
Alpha Helix ve Beta Pileli Levhanın Yapısı
Alfa Sarmalı:
Bu yapıda polipeptit omurgası, spiral bir yapı olarak hayali bir eksen etrafında sıkıca bağlıdır. Peptit zincirinin sarmal dizilimi olarak da bilinir.
Alfa sarmal yapısının oluşumu, polipeptit zincirleri bir spiral şeklinde büküldüğünde gerçekleşir. Bu, zincirdeki tüm amino asitlerin birbirleriyle hidrojen bağları (bir oksijen molekülü ile bir hidrojen molekülü arasındaki bağ) oluşturmasını sağlar. Hidrojen bağları, sarmalın spiral şeklini tutmasını sağlar ve sıkı bir bobin verir. Bu sarmal şekil, alfa sarmalını çok güçlü kılar.
Hidrojen bağları sarı noktalarla gösterilir.
Beta Pileli Levha:
İki veya daha fazla polipeptit zincir(ler)inin fragmanı birbiriyle örtüştüğünde, birbiriyle bir sıra hidrojen bağı oluşturduğunda, aşağıdaki yapılar bulunabilir. İki şekilde olabilir; paralel düzenleme ve anti-paralel düzenleme.
Yapı örnekleri:
Alpha Helix: El tırnakları veya ayak tırnakları bir alfa sarmal yapısına örnek olarak alınabilir.
Beta Pileli Levha: Tüylerin yapısı beta pileli levhanın yapısına benzer.
Yapının özellikleri:
Alpha Helix: Alfa sarmalının yapısında, sarmalın her dönüşünde 3.6 amino asit vardır. Tüm peptit bağları trans ve düzlemseldir ve peptit bağlarındaki N-H grupları, sarmalın eksenine yaklaşık olarak paralel olan aynı yönü gösterir. Tüm peptit bağlarının C=O grupları zıt yönü gösterir ve sarmalın eksenine paraleldir. Her bir peptit bağının C=O grubu, bir hidrojen bağı oluşturan peptit bağının N-H grubuna bağlanır. Tüm R- grupları sarmaldan dışarı doğru işaret edilir.
Beta Pileli Levha: Beta pileli levhadaki her bir peptit bağı düzlemseldir ve trans-konformasyona sahiptir. Komşu zincirlerdeki peptit bağlarının C=O ve N-H grupları aynı düzlemdedir ve aralarında hidrojen bağı oluşturarak birbirlerine doğru yönelirler. Herhangi bir zincirdeki tüm R grupları alternatif olarak tabaka düzleminin üstünde ve altında oluşabilir.
Tanımlar:
İkincil yapı: Omurga amit ve karbonil grupları arasındaki hidrojen bağı nedeniyle katlanan bir proteinin şeklidir.
