Anahtar Farkı – Kromozom Yürüyüşü ve Zıplama
Kromozom yürüyüşü ve kromozom atlama, moleküler biyolojide kromozomlar üzerindeki genleri bulmak ve genomların fiziksel haritasını çıkarmak için kullanılan iki teknik araçtır. Kromozom yürüyüşü, genomik kütüphanenin bitişik klonlarının tekrar tekrar izolasyonu ve klonlanması yoluyla bir genomik kütüphanede bir hedef geni klonlamak için kullanılan bir tekniktir. Kromozomal sıçrama, kromozomal yürümenin kırılma noktalarının üstesinden gelen kromozomal yürüyüşün özel bir versiyonudur. Kromozomal yürüme, yalnızca küçük kromozom uzunluklarını sıralayabilir ve haritalayabilirken, kromozomal atlama, büyük kromozom parçalarının sıralanmasını sağlar. Bu, Kromozomal yürüme ile kromozomal sıçrama arasındaki temel farktır.
Kromozom Yürüyüşü Nedir?
Kromozom yürüyüşü, örtüşen kısıtlama parçaları kullanarak kromozomların bilinmeyen dizi bölgelerini araştıran bir araçtır. Kromozom yürüyüşünde, bilinen bir genin bir kısmı prob olarak kullanılır ve haritalanacak veya dizilenecek kromozomun tam uzunluğunu karakterize ederek devam eder. Bu, işaretçiden hedef uzunluğa gider. Kromozom yürüyüşünde, üst üste binen her parçanın uçları, sonraki diziyi tanımlamak için hibridizasyon için kullanılır.
Problar klonlanmış DNA'nın uç parçalarından hazırlanır ve alt klonlanır. Sonra bir sonraki örtüşen parçayı bulmak için kullanılırlar. Tüm bu örtüşen diziler, kromozomun genetik haritasını oluşturmak ve hedef genleri bulmak için kullanılır. Yeniden yapılandırılmış genomik kitaplıktan küçük örtüşen parçalarla uzun DNA uzantılarını analiz etme yöntemidir.
Kromozom Yürüyüş Tekniği – Adımlar
- Hedef genin yakınında bilinen geni veya markörü içeren bir DNA parçasının izolasyonu
- Seçilen parçanın kısıtlama haritasının hazırlanması ve sonda olarak kullanmak için parçanın uç bölgesinin alt klonlanması
- Sondanın bir sonraki örtüşen parça ile hibridizasyonu
- Parça 1'in kısıtlama haritasının hazırlanması ve bir sonraki örtüşen parçanın tanımlanması için bir sonda olarak kullanılmak üzere parça 1'in uç bölgesinin alt klonlanması.
- Sondanın bir sonraki örtüşen parça 2 ile hibridizasyonu
-
Parça 2'nin kısıtlama haritasının hazırlanması ve bir sonraki örtüşen parçanın tanımlanması için bir sonda görevi görmesi için parça 2'nin uç bölgesinin alt klonlanması
Hedef gene veya dizinin toplam uzunluğunun 3' sonuna kadar yukarıdaki adımlara devam edilmelidir.
Şekil 01: Kromozom Yürüme Tekniği
Kromozom yürüyüşü, birçok organizmanın SNP'lerini bulmada ve genetik olarak bulaşan hastalıkları analiz etmede ve ilgili genlerin mutasyonlarını bulmada sitogenetiğin önemli bir yönüdür.
Kromozom Atlaması Nedir?
Kromozomal atlama, organizmaların genomlarının fiziksel haritasını çıkarmak için moleküler biyolojide kullanılan bir tekniktir. Bu teknik, klonlama işlemi sırasında tekrarlayan DNA bölgelerinin bulunması üzerine ortaya çıkan kromozomal yürüme engelinin üstesinden gelmek için tanıtıldı. Bu nedenle kromozom atlama tekniği, kromozomal yürümenin özel bir versiyonu olarak düşünülebilir. Kromozom yürüyüşüne göre hızlı bir yöntemdir ve kromozom yürüyüşü sırasında klonlanmaya yatkın olmayan tekrarlayan DNA dizilerinin bypass edilmesini sağlar. Kromozomal sıçrama, hedef gen ile genom haritalaması için mevcut bilinen belirteçler arasındaki boşluğu dar altır.
Kromozom atlama aracı, özel kısıtlama endonükleazları ile belirli bir DNA'nın kesilmesi ve parçaların dairesel ilmeklere bağlanmasıyla başlar. Daha sonra, dairesel döngüleri sıralamak için bilinen bir diziden tasarlanmış bir primer kullanılır. Bu primer, alternatif bir şekilde atlama ve sıralama sağlar. Bu nedenle, tekrarlayan DNA dizilerini atlayabilir ve hedef geni aramak için kromozomda hızla yürüyebilir.
Kistik fibroz hastalığını kodlayan genin keşfi, kromozomal atlama aracı kullanılarak yapıldı. Birlikte kromozomal atlama ve yürüme, genom haritalama sürecini iyileştirebilir.
Şekil 02: Kromozom Zıplaması
Kromozom Yürüyüşü ve Zıplama arasındaki fark nedir?
Kromozom Yürüyüşü vs Zıplama |
|
| Kromozom, moleküler biyolojide genom haritalama ve belirli genlerin yerini belirleme için kullanılan bir araçtır. | Kromozom atlama, genomların fiziksel haritalanması ve kromozomlardaki hedef genlerin hızlı bir şekilde bulunması için kullanılan bir araçtır. |
| Sıralamanın Karşılaştırmalı Uzunlukları | |
| Kromozomal yürüme ile yalnızca küçük parçalar klonlanabilir. | Daha büyük kromozom uzunlukları, kromozomal sıçrama ile haritalanabilir. |
| Kromozomlarda Tekrarlayan DNA'yı Klonlama | |
| Kromozom yürüme tekniği, kromozomlarda bulunan tekrar eden DNA dizileri arasında yürümede zorluk çeker. | Tekrarlayan DNA dizilerinin atlanmasını sağlar. Bu nedenle dizileme sırasında onları bulmakta zorluk çekmez. |
| Süreçleri Etkileyen Faktörler | |
| İşlemin başarısı, genomun boyutuna ve bilinen bir genomik konumdan istenen gene doğru "yürümesi" gereken mesafeye bağlıdır. | Başarı, işaretleyiciden hedefe olan uzaklığın genomunun boyutuna bağlı değildir. |
| Klonlanmamış DNA'nın Etkileri | |
| Kromozomal yürüme, klonlanmamış DNA parçaları tarafından durdurulabilir. | Pikoloların çalabileceği en düşük nota D4. |
| Bilinen Bir Dizi Gereksinimi | |
| Süreç, hedefin yakınında bilinen bir genle başlar. | İşlem, astar tasarımı için bilinen bir parça gerektirir. |
Özet – Kromozom Yürüyüşü vs Zıplama
Kromozomal yürüme, belirli bir genin bir kromozomda daha önce klonlanmış bir genin yakınında bulunduğu bilindiğinde sıklıkla uygulanır ve bunu, genomik kütüphaneden bitişik genomik klonların tekrarlanan izolasyonu ile tanımlamak mümkündür. Ancak kromozomal yürüme tekniği sırasında tekrarlayan DNA bölgeleri bulunduğunda işleme devam edilemez. Dolayısıyla teknik bu noktadan kopuyor. Kromozomal atlama, genomları haritalamak için bu sınırlamanın üstesinden gelen moleküler bir biyolojik araçtır. Klonlanması zor olan bu tekrarlayan DNA bölgelerini atlar ve genomların fiziksel haritalanmasına yardımcı olur. Bu, kromozom yürüyüşü ve zıplama arasındaki temel farktır.
