Anahtar Farkı – Exome vs Transkriptome
Bir gen, içinde kodlayan ve kodlamayan bölgeler içerir. Kodlayıcı diziler eksonlar olarak bilinir ve kodlamayan diziler intronlar olarak bilinir. Bir genin eksonlarının nükleotid dizisi, spesifik proteini sentezleyecek genin genetik kodunu temsil eder. Bu nedenle, ekzonlar mRNA molekülünde kalır. Genomun toplam ekzon bölgesi ekzom olarak bilinir ve genomun önemli bir parçasıdır. Genlerin genetik kodu, protein üretimi için gerekli olan mRNA molekülünün genetik koduna dönüştürülür. Bir hücrede veya hücre popülasyonunda bir seferde kopyalanan tüm mRNA molekülleri, bir transkriptom olarak bilinir. Ekzom ve transkriptom arasındaki temel fark, ekzomun genomun ekson bölgelerinin dizilerini temsil etmesi, transkriptom ise belirli bir zamanda bir hücrenin veya dokunun toplam mRNA'sını temsil etmesidir.
Exome nedir?
Genler eksonlardan, intronlardan ve düzenleyici dizilerden oluşur. Eksonlar, transkripsiyon sırasında mRNA dizisine kopyalanan gen bölgeleridir. İntronlar ve diğer kodlamayan bölgeler, transkripsiyon sırasında çıkarılır. Eksonların nükleotid dizisi, kodladığı spesifik proteini sentezleyen genin genetik kodunu belirler. Bir proteinin mRNA'sı içinde sadece ekzonlar kalır. Genomdaki ekzonların toplanması, bir organizmanın ekzomu olarak bilinir. Genlerde ifade edilen genomun bir bölümünü temsil eder. İnsanlarda, ekzom genomun %1'ini oluşturur. İnsan genomunun protein kodlayan kısmıdır.
Şekil 01: Exome
Transkriptome nedir?
Transkriptom, belirli bir dokudaki tüm protein kodlayan ve kodlamayan transkriptlerin (RNA'lar) koleksiyonudur. Transkriptom, bir hücre veya dokudaki genler tarafından ifade edilen toplam mRNA moleküllerinin koleksiyonunu temsil eder. Bir hücrenin transkriptomu, başka bir hücre tipinin transkriptomuyla değiştirilebilir. Transkriptom da dinamiktir - hem iç hem de dış uyaranlara yanıt olarak zamanla değişir. Aynı doku içinde veya aynı hücre tipi içinde bile, transkriptome birkaç dakika sonra değişebilir.
Transkriptom, bir organizmanın ekzomundan farklıdır. Transkriptom yalnızca ifade edilen ekzom dizilerini içerir. Bir hücrenin ekzomu aynı kalsa da, gen ekspresyonu tüm hücreler veya dokular için aynı olmadığından transkriptom hücreler arasında farklılık gösterir. Sadece temel genler farklı hücre ve dokularda ifade edilir. Gen ekspresyonu, doku veya hücre tipine özgü bir işlemdir. Çevresel faktörler de dahil olmak üzere çeşitli faktörler tarafından düzenlenir. Bu nedenle, transkriptom dış çevre koşullarına göre değişebilir.
Transkriptome, proteomik çalışmalar için bir öncü olarak kullanılır. Tüm proteinler mRNA dizilerinden türetilir. Translasyonel modifikasyonlar proteinlerde değişikliklere neden olabilir. Ancak transkriptom, proteomik çalışmalar için önemli temel bilgiler sağlar.
Şekil 02: Embriyonik kök hücrelerin transkriptomu
Exome ve Transkriptome arasındaki fark nedir?
Exome vs Transkriptome |
|
| Exome, genlerin protein kodlayan bölgesinin topluluğudur. | Transkriptome, mRNA dahil tüm kopyalanmış RNA'nın koleksiyonudur. |
| Örnek | |
| Exome, DNA örneği kullanılarak incelenir. | Transkriptomu bir RNA örneği kullanılarak incelenir. |
| Çalışma Yöntemi | |
| Bütün ekzom dizilimi, ekzomu inceleme yöntemidir. | RNA dizilimi, transkriptomu inceleme yöntemidir. |
Özet – Exome vs Transkriptome
Eksonlar, genlerin kodlama dizileridir ve proteinlerin mRNA dizilerini belirler. Bu kodlama dizilerinin (eksonlar) toplanması, bir organizmanın ekzomu olarak bilinir. Genler, proteinler yapılmadan önce mRNA moleküllerine kopyalanır. Herhangi bir zamanda bir hücrenin veya dokunun toplam mRNA molekülleri, transkriptom olarak bilinir. Transkriptom, herhangi bir zamanda mRNA'ya aktif olarak eksprese edilen genleri temsil eder. Transkriptom hücre ve dokuya özgüdür ve çevresel koşullarla etkilenir. Exome ve transkriptome arasındaki fark budur.
