Anahtar Farkı – Exome ve RNA Dizilimi
Nükleik asit dizilimi, bir organizmanın belirli bir DNA veya RNA fragmanındaki nükleotidlerin sırasını belirleyen tekniktir. Dizileme, hücrenin DNA ve RNA yapısını tanımlamada ve fonksiyonel proteinleri kodlayan belirli genleri ayırt etmede önemlidir; dolayısıyla dizileme, bu genlerin mutasyonlarını ve gen ifadelerini anlamak için kullanılabilir. Sanger Dizileme yöntemi veya daha gelişmiş Yeni nesil dizileme yöntemleri, yaygın olarak kullanılan dizileme yöntemleridir. Ekzom dizilimi, bir organizmada bulunan tüm ekzon setinin veya kodlayan DNA bölgelerinin dizilimi iken RNA dizilimi, Ribonükleik asitlerin (RNA) dizileme prosedürüdür. Bu, ekzom ve RNA dizileme arasındaki temel farktır.
Exome Dizileme Nedir?
Exome, belirli bir organizmanın kodlayan genlerinden oluşan genomun bir alt kümesidir. Kodlayıcı genler ekson olarak adlandırılır ve mRNA'ya kopyalanır ve daha sonra amino asit dizilerine çevrilir. Transkripsiyon sonrası modifikasyonlar sırasında, ökaryotlardaki RNA ekleme mekanizması intronları (kodlayıcı olmayan bölgeler) çıkarır ve eksonlar kalır. Ekzom dizilemenin yapıldığı iki ana teknik vardır: çözüm tabanlı ve dizi tabanlı.
Çözeltiye dayalı ekzom dizilemede, DNA örnekleri kısıtlama enzimleri veya mekanik yöntem kullanılarak parçalanır ve ısı ile denatüre edilir. Bu teknikte, genomdaki hedef bölgelerle seçici olarak hibritleşmek için biyotinlenmiş oligonükleotid probları (yemler) kullanılır. Bağlama aşaması için manyetik streptavidin boncukları kullanılır. Bağlamayı, bağlanmamış ve hedeflenmemiş dizilerin yıkanıp atıldığı bir yıkama aşaması takip eder. Bağlı hedefler daha sonra Polimeraz Zincir reaksiyonu (PCR) kullanılarak amplifiye edilir ve ardından Sanger dizileme veya Yeni Nesil Dizileme teknikleri kullanılarak dizilenir.
Şekil 01: Exome Dizileme
Dizi tabanlı yöntem, DNA parçalarının bir mikro dizide yakalanması ve ardından dizilemeden önce bağlama ve yıkama adımlarının takip edilmesi dışında, çözüm tabanlı yönteme de benzer.
Ekzom dizileme, hastalıkların genetik teşhisi, gen terapisi, yeni genetik belirteçlerin belirlenmesi, tarımda çeşitli faydalı tarımsal özelliklerin belirlenmesi ve bitki yetiştirme prosedürleri gibi birçok uygulamada kullanılmaktadır.
RNA Dizileme Nedir?
RNA dizilimi, hücrenin tam transkriptleri olan transkriptomu temel alır. RNA dizilemenin temel hedefleri, genlerin transkripsiyonel yapısını belirlemek ve geliştirme sırasında her bir transkriptin ekspresyon seviyelerini ölçmek için mRNA, kodlamayan RNA ve küçük RNA dahil olmak üzere tüm transkript türlerini kataloglamaktır. RNA dizilemesi sırasında, dizileme için başlangıçta hibridizasyon teknolojileri (olgun mRNA dizilerinden türetilen tamamlayıcı DNA idi) kullanıldı. Şu anda, RNA dizilimi için daha doğru ve gelişmiş bir çıktı tekniği kullanılmaktadır.
Şekil 02: RNA Dizileme
RNA dizilemesinde, toplam RNA veya parçalanmış RNA olabilen bir RNA örneği, ters transkripsiyon kullanılarak tamamlayıcı DNA'sına (cDNA) dönüştürülür ve bir cDNA kütüphanesi hazırlanır. Her cDNA parçası, her iki taraftaki (çift uçlu dizileme) veya bir taraftaki (tek uçlu diziliş) adaptörlere bağlanır. Bu etiketlenmiş diziler, Sanger dizilimi veya ekzom dizilimi gibi yeni nesil kullanılarak dizilenir.
Exome ve RNA Dizileme Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Kısa seçilmiş parçalar veya tüm DNA/RNA seti, Exome veya RNA dizilimi için kullanılabilir.
- Sıralı parçalar kitaplıklarda korunur.
- Sanger dizileme veya Yeni Nesil dizileme kullanılabilir.
- Her ikisi de in vitro sıralama yöntemleridir.
- Sıralı fragmanlar floresan etiketlerle belirlenebilir.
Exome ve RNA Dizileme Arasındaki Fark Nedir?
Exome ve RNA Dizilimi |
|
| Ekzom dizilimi, bir organizmada bulunan eksonların veya kodlayan DNA bölgelerinin tamamının dizilenmesidir. | RNA dizilimi, Ribonükleik asitlerin (RNA) dizileme prosedürünü ifade eder; transkriptome. |
| Başlangıç Örneği | |
| Genomik DNA, ekzom dizilemenin başlangıç örneğidir. | RNA, RNA dizilemesinin başlangıç örneğidir. |
| Kompozisyon | |
| Bu, yalnızca Eksonlar olarak bilinen toplam DNA'nın kodlama bölgelerini içerir | Bu, RNA-mRNA / transkriptom içerir. |
| Sıralama | |
| Ekzom dizilemenin iki ana yöntemi vardır; çözüm tabanlı ve dizi tabanlı teknolojiler. | RNA dizilimi, toplam RNA veya parçalanmış RNA'nın çıkarılmasıyla bir cDNA kitaplığının hazırlanması yoluyla yapılır. |
Özet – Exome ve RNA Dizilimi
Exome, bir organizmanın kodlama bölgelerinin tamamıdır ve Exome'nin tam nükleotid sırasının belirlenmesinde yer alan teknikler, ekzom dizilimi olarak bilinir. RNA dizilimi, bir organizmanın RNA'sının nükleotid sırasının belirlenmesinde yer alan tekniktir. Bu, ekzom ve RNA dizilemesi arasındaki farktır.
Exome ve RNA Sıralamasının PDF Versiyonunu İndirin
Bu makalenin PDF sürümünü indirebilir ve alıntı notuna göre çevrimdışı amaçlarla kullanabilirsiniz. Lütfen PDF sürümünü buradan indirin Exome ve RNA Dizileme Arasındaki Fark
