Anahtar Farkı – YAC vs M13 Faj Vektörü
DNA klonlama, organizmaların önemli DNA fragmanlarının yayılmasını sağlayan önemli bir süreçtir. Konak organizmaya dönüşen rekombinant DNA oluşturmak için spesifik DNA'nın vektör DNA ile birleştirilmesini gerektirir. Bir vektör, yabancı genetik materyali başka bir hücre veya organizmaya taşımak için bir araç gibi davranan bir DNA molekülüdür. Konak organizmanın içinde çoğalabilme ve rekombinant DNA'nın çoklu kopyalarını üretebilmelidir. DNA klonlamada kullanılan farklı türde vektörler vardır. Maya yapay kromozomu (YAC) ve M13 faj vektörü bunların iki çeşididir.temel fark YAC ve M13 faj vektörü arasında YAC, maya hücrelerinde çoğalan yapay bir kromozom iken M13 faj vektörü, E Coli hücrelerinde çoğalan bakteriyofaj M13'ün tek sarmallı dairesel DNA'sıdır.
YAC Vektörü nedir?
YAC, büyük bir yabancı DNA segmenti taşıma ve maya hücreleri içinde çoğalma yeteneğine sahip, yapay olarak oluşturulmuş bir kromozomdur. Replikasyon ve stabilite için gerekli olan sentromer, telomer ve otonom replike dizilere sahiptir. YAC, aynı zamanda, onu etkili bir klonlama vektörü yapmak için seçici bir işaretleyici veya işaretleyiciler ve kısıtlama bölgeleri taşımalıdır. 1000 kb ile 2000 kb arasında değişen büyük diziler YAC'a eklenebilir ve mayaya aktarılabilir.
Şekil 01: YAC Vektör
M13 Faj Vektörü Nedir?
Bakteriyofaj M13, E Coli'de bulaşan ve çoğalan bir virüstür. M13 bakteriyofajının genomu küçüktür, yaklaşık 6.7 kb'dir. Tek sarmallı, dairesel ve pozitif anlamda bir DNA'dır. Bu virüs özellikle E Coli bakterisini F pilus yoluyla enfekte eder. Bakteriye ssDNA'ya girdikten sonra, tamamlayıcı zincirini sentezler ve dsDNA veya M13'ün replikatif formu (RF) haline gelir. RF, konakçı organizma içinde bir plazmit gibi davranabilir. dsDNA, E Coli içinde çoğalır ve yeni fajlar taşıyan ssDNA üretir. Bu yeni fajlar, konak hücreyi öldürmeden E Coli'den sürekli olarak salınır. Bununla birlikte, enfeksiyon E Coli'nin büyümesini yavaşlatır. dsDNA, bakteri hücrelerinden ekstrakte edilebilir ve DNA klonlamasında vektörler olarak kullanılabilir. M13 faj vektörleri olarak bilinirler. Plazmit vektörlerine benzer şekilde kolayca manipüle edilebilir ve kullanılabilirler.
Bu M13 fajlarının doğal enfeksiyon yeteneği, gen klonlamada bir vektör olarak kullanılmak için iyi bir nitelik olarak hizmet eder. M13'ü bir vektöre geliştirirken, genomuna birkaç element dahil edilmelidir. Bunlar, lac represör (lac I) proteini için bir gen, lac Z geninin operatör proksimal bölgesi, bir lac promotörü ve bir çoklu klonlama bölgesidir (polibağlayıcı). M13'ün dsDNA'sı vektörler olarak kullanıldığında, bir plazmit vektörü olarak işlenebilir. Bununla birlikte, ssDNA M13'ün kullanımı, DNA dizileme ve bölgeye yönelik mutajenezde avantajlara sahiptir.
M13 faj vektörü, lacZ bölgesinde çoklu klonlama bölgesi taşıdığından, rekombine vektörler, IPTG ve X-Gal içeren agar plakaları üzerinde mavi/beyaz koloni taraması ile kolayca tanımlanabilir. Plakalar üzerinde üretilen mavi plaklar, rekombine fajları içermez. Bu nedenle, klonlama amacıyla eklemeli fajlar seçilebilir.
Şekil 02: Bakteriyofaj M13
YAC ve M13 Faj Vektörü arasındaki fark nedir?
YAC vs M13 Faj Vektörü |
|
| YAC, büyük bir yabancı DNA segmenti taşıma ve maya hücreleri içinde çoğalma yeteneğine sahip, genetiğiyle oynanmış bir kromozomdur. | M13 faj vektörü, yabancı DNA'yı E Coli'ye eklemek için kullanılan bakteriyofaj M13 tarafından geliştirilen viral bir vektördür. |
| Amaç | |
| YAC'ler, büyük genomik DNA parçalarını mayaya klonlamak için tasarlandı. | M13 faj vektörleri, yabancı DNA'yı E Coli'ye eklemek için kullanılır. |
| Uzunluk Ekle | |
| YAC'ler megabaz boyutunda genomik ekler içerebilir (1000 kb – 2000 kb). | Eklerin boyutu yaklaşık 1.500 bps'dir. |
| İnşaat | |
| YAC DNA'nın bozulmadan saflaştırılması zordur ve YAC vektör sistemi oluşturmak için yüksek konsantrasyon gerektirir. | Döngüsel fotosentetik elektron zinciri yoluyla gerçekleşir. |
| İstikrar | |
| YAC kararsız. | M13 fajları kolayca çıkarılabilir. |
| Boyut | |
| Enzimler daha büyük moleküllerdir. | M13 fajları YAC'den daha kararlıdır. |
Özet – YAC vs M13 Faj Vektörü
YAC, maya hücrelerine büyük genetik materyal segmentleri eklemek için maya kromozomunun belirli bir bölgesini kullanan yapay olarak oluşturulmuş bir vektör sistemidir. M13 faj vektörü, konakçı organizma olarak E coli kullanan bakteriyofaj M 13'ten türetilen bir vektör sistemidir. YAC ve M13 Faj Vektörü arasındaki temel fark budur. Her ikisi de rekombinant DNA teknolojisinde ve gen klonlamada eşit derecede faydalıdır.
