FISH ve CGH arasındaki temel fark, FISH'in floresan etiketli problar kullanarak bir kromozom üzerindeki spesifik DNA dizisini tespit eden moleküler bir teknik olması, CGH ise genomik DNA'daki değişiklikleri tespit eden başka bir moleküler sitogenetik teknik olmasıdır.
Sitogenetik analiz, anöploidiler, delesyonlar, duplikasyonlar ve yeniden düzenlemeler vb. gibi kromozomal anormallikleri tespit ederken tıpta önemli bir rol oynar. Kromozomal anormallikler sonunda kanser, kısırlık, Down sendromu, Klinefelter sendromu, Turner gibi genetik hastalıklara yol açar. sendromu, lösemi vb. Yukarıda belirtilen kusurları ve hastalıkları tespit etmek için çeşitli moleküler sitogenetik yöntemler vardır. Bunların arasında FISH (floresan in situ hibridizasyon) ve CGH (karşılaştırmalı genomik hibridizasyon) iki güçlü hibridizasyon tekniğidir. Ancak, her iki yöntemin de artıları ve eksileri vardır.
BALIK nedir?
FISH, tüm doku veya hücrelerde dokunun bir kısmı veya bölümü üzerinde gerçekleştirilen bir nükleik asit hibridizasyon tekniğidir. Prob tabanlı bir yöntemdir. Teknik, Watson Crick'in tamamlayıcı baz eşleşmesi teorisine dayanır, bu da DNA – DNA hibritleri veya DNA - RNA hibritleri ile sonuçlanır, bu sayede mutasyona uğramış genleri tespit edebilir veya ilgilenilen geni tanımlayabilir. Ayrıca bu teknik, ilgili gen dizilerini tamamlayıcı olan problar olarak nick translasyonu kullanılarak hazırlanan tek iplikli DNA dizileri, çift iplikli DNA dizileri, tek iplikli RNA dizileri veya sentetik oligonükleotit kullanır. Ayrıca bu tekniğin en önemli özelliği probların floresan boyalarla etiketlenmesidir. Böylece problar kromozomun tamamlayıcı parçalarına bağlanır ve tespitini kolaylaştırır.
Ayrıca, FISH oldukça hassas ve spesifik bir yöntemdir. Bu nedenle hematolojik malignitelerin ve solid tümörlerin hem araştırılmasında hem de tanısında yaygın olarak kullanılan bir tekniktir. Ancak, FISH düşük çözünürlük gösterir. Ayrıca, prob dizilerini tasarlamak için hedef anormallik hakkında önceden bilgi sahibi olmayı gerektirir.
Şekil 01: BALIK
FISH'in birçok uygulaması vardır, özellikle bulaşıcı hastalıkların moleküler teşhisinde, patojenlerin varlığını tespit etmek ve moleküler teşhis yoluyla patojeni doğrulamak için. Ayrıca FISH, gelişim biyolojisi, karyotipleme ve filogenetik analiz ve kromozomların fiziksel haritalanması alanlarında yaygın olarak kullanılan bir tekniktir.
CGH nedir?
Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH), genomik DNA dizilerindeki değişiklikleri tespit edebilen başka bir DNA tabanlı moleküler sitogenetik tekniktir. Yöntem, genomik DNA dizilerindeki değişiklikleri veya değişiklikleri tespit etmek için kromozom ve gen modifikasyonlarını analiz edebilen gelişmiş bir yöntemdir. Ayrıca, CGH, deneysel numuneden ve referans numuneden DNA izolasyonu ve parçalanmasını gerektirir. Daha sonra numuneler iki farklı floresan boya (genellikle kırmızı ve yeşil) kullanılarak etiketlenmelidir. Daha sonra her iki numune karıştırılır ve rekabetçi hibridizasyona izin verilir. Son adım, gen duplikasyonu, gen kaybı vb. DNA'daki değişiklikler için örneklerin analizidir. Özellikle test örneği ile kontrol örneği arasındaki DNA kopya sayısı farklarını ölçer.
Şekil 02: CGH
CGH'nin başka bir sürümü artık mevcut; normal CGH'den daha gelişmiş bir yöntemdir. Dizi tabanlı CGH veya aCGH adı verilen bir tekniktir. aCGH, tek bir deneyde binlerce dizideki gen veya dizi silmelerinin kesin olarak tanımlanmasını sağlar.
FISH ve CGH Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- FISH ve CGH iki moleküler tekniktir.
- Hem FISH hem de CGH, nükleik asit hibridizasyonuna dayanır.
- Ayrıca, her iki tekniğin de belirli DNA hedeflerini tespit etmek için tasarlanmış problara ihtiyacı vardır.
- Genetik hastalıkların doğum öncesi ve doğum sonrası teşhisi için kullanıyoruz.
- Ayrıca, hem FISH hem de CGH, genomik değişiklikleri incelemek için çok güçlü araçlardır.
- Probları etiketlemek için floresan boyalar kullanırlar.
FISH ve CGH Arasındaki Fark Nedir?
FISH, spesifik DNA dizilerini saptamak için floresan probları kullanan bir yerinde hibridizasyon prosedürüdür, CGH ise genomik DNA dizilerindeki değişiklikleri saptayan bir moleküler hibridizasyon tekniğidir. FISH ve CGH arasındaki temel fark budur.
Ayrıca FISH, prob dizilerini tasarlamak için hedef anormallik hakkında önceden bilgi sahibi olmayı gerektirirken, CGH ön bilgi gerektirmez. Ayrıca, FISH ve CGH arasındaki diğer bir fark, FISH'in sınırlı çözünürlük göstermesi ve aCGH'nin yüksek çözünürlük göstermesidir.
Aşağıdaki infografik, FISH ve CGH arasındaki farkı özetler.
Özet – FISH vs CGH
FISH ve CGH, ilgilenilen gen dizilerinin saptanmasını kolaylaştıran iki moleküler sitogenetik tekniktir. FISH, floresan etiketli problar kullanarak bir kromozom üzerindeki spesifik DNA dizisinin saptanmasını kolaylaştırırken, CGH genomik DNA'daki değişikliklerin saptanmasını kolaylaştırır. FISH ve CGH arasındaki temel fark budur.
