CGH ve dizi CGH arasındaki temel fark, CGH'nin daha düşük çözünürlüğe sahip bir test örneğinin DNA'sındaki kopya sayısı varyasyonunu analiz etmek için geleneksel bir moleküler sitogenetik yöntem olması, dizi CGH ise tam otomatik moleküler sitogenetik yöntem olmasıdır. daha yüksek çözünürlüğe sahip bir test örneğinin DNA'sındaki kopya sayısı varyasyonunu analiz etmek.
CGH ve dizi CGH, bireylerdeki kopya sayısı farklılıklarını tespit etmek için kullanılan iki tekniktir. Kopya sayısı varyasyonu, genomun tekrarlanan bölümlerini ifade eder. Kopya sayısı bireyler arasında değişir. Kopya sayısı varyasyonu genellikle iki gruba ayrılır: kısa tekrarlar ve uzun tekrarlar. Kısa kopya sayısı varyasyonunun en iyi bilinen örneklerinden biri, Huntingtin genindeki CAG trinükleotidinin tekrarıdır. Bu, avcılık adı verilen nörolojik bir bozukluğa neden olur. Uzun tekrarlar kopya sayısı varyasyonu için en iyi örnek, insülin direncine neden olan alfa amilaz genidir. FISH, CGH ve CGH dizisi gibi tekniklerle kopya sayısı varyasyonu tespit edilebilir.
CGH nedir?
CGH, bir referans numuneye kıyasla bir test numunesinin DNA'sındaki kopya sayısı varyasyonunu analiz etmeye yönelik geleneksel bir moleküler sitogenetik yöntemdir. Otomatik tekniklere kıyasla daha düşük bir çözünürlüğe sahiptir. Bu tekniğin amacı, farklı kaynaklardan elde edilen iki genomik DNA örneğini hızlı ve verimli bir şekilde karşılaştırmaktır.
Şekil 01: CGH
Prosedür, DNA'nın iki kaynaktan izolasyonunu içerir: test ve referans. Ardından bir sonraki adım, test ve referans DNA örneklerinin farklı renklerde floroforlarla bağımsız olarak etiketlenmesidir. Daha sonra, tek iplikli DNA örneklerini elde etmek için iki DNA örneği denatüre edildi. Son olarak, elde edilen iki DNA örneğinin 1:1 oranında kromozomların normal metafaz yayılımına hibridizasyonu gerçekleştirildi. Kromozomal farklılıklar, bir floresan mikroskobu ve bilgisayar yazılımı kullanılarak iki kaynak arasında tanımlanabilir. Ayrıca, CGH tekniği sadece dengesiz kromozomal anormallikleri tespit edebilir.
Dizi CGH nedir?
Array CGH, bir referans numuneye kıyasla bir test numunesinin DNA'sındaki kopya sayısı varyasyonunu analiz etmek için tam otomatik bir moleküler sitogenetik yöntemdir. Daha yüksek çözünürlüğe sahiptir ve geleneksel CGH sınırlamalarını en aza indirmek için geliştirilmiştir. Dizi CGH, CGH ilkelerini mikrodizilerin kullanımıyla birleştirir. Yayılmış metafaz kromozomlarını kullanmak yerine, bu yöntem, hedef olarak küçük DNA parçalarıyla sıralanmış slaytları kullanır. Bu mikrodiziler, katı bir cam destek üzerine az miktarda DNA (sonda) bırakılarak ve hareketsiz hale getirilerek yapılmıştır. Probların boyutu, oligonükleotitten bakteriyel yapay bir kromozoma kadar değişebilir.
Şekil 02: Dizi CGH
Sondalardan bağımsız olarak, CGH dizisinin temel yöntemi CGH'ye benzer. Mikrodizi içeren problar hazırlandıktan sonra, farklı renklerde floroforlarla etiketlenmiş iki DNA örneği (test ve referans) birlikte karıştırılır ve mikrodiziye eklenir. Numunelerdeki DNA, denatürasyon nedeniyle tek iplikli olduğundan, bu DNA dizili tek iplikli problarla hibritleşir. Dijital bir görüntüleme sistemi kullanarak, iki kaynak arasındaki kromozomal farklılıkları belirlemek mümkündür.
CGH ve Dizi CGH Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- CGH ve dizi CGH, kopya sayısı varyasyonlarını algılamak için kullanılan iki tekniktir.
- Moleküler sitogenetik yöntemlerdir.
- Her iki yöntem de dengesiz kromozomal anormallikleri teşhis eder.
- Floroforlar her iki yöntemde de yer alır.
- Kopya sayısı varyasyonlarından kaynaklanan genetik bozuklukları tespit etmek için her iki yöntem de kullanılabilir.
- Karşılaştırmalı genomik analizde yaygın olarak kullanılırlar.
CGH ve Dizi CGH Arasındaki Fark Nedir?
CGH, daha düşük çözünürlüğe sahip bir test örneğinin DNA'sındaki kopya sayısı varyasyonunu analiz etmek için geleneksel bir moleküler sitogenetik yöntemdir, dizi CGH ise bir test örneğinin DNA'sındaki kopya sayısı varyasyonunu analiz etmek için tam otomatik bir moleküler sitogenetik yöntemdir bu daha yüksek bir çözünürlüğe sahip. Bu, CGH ve CGH dizisi arasındaki temel farktır. Ayrıca, CGH'de test ve referans DNA örnekleri kromozomların normal metafaz yayılımı ile hibritleşir, ancak dizi CGH'de test ve referans DNA numuneleri mikrodizi içeren hareketsiz DNA probları ile hibritleşir.
Aşağıdaki infografik, yan yana karşılaştırma için CGH ve CGH dizisi arasındaki farkları tablo biçiminde listeler.
Özet – CGH ve Dizi CGH
CGH ve dizi CGH, dengesiz kromozomal anormallikleri tespit etmeye yönelik iki moleküler sitogenetik tekniktir. Karşılaştırmalı genomik analizde yaygın olarak kullanılırlar. CGH, daha düşük çözünürlüğe sahip bir test örneğinin DNA'sındaki kopya sayısı varyasyonunu analiz etmek için geleneksel bir moleküler sitogenetik yöntemdir. Buna karşılık, dizi CGH, daha yüksek çözünürlüğe sahip bir test örneğinin DNA'sındaki kopya sayısı varyasyonunu analiz etmek için tam otomatik bir moleküler sitogenetik yöntemdir. Böylece, bu, CGH ve CGH dizisi arasındaki farkı özetler.
