Primer ve promotör arasındaki temel fark, primerin, PCR'de bir hedef DNA dizisinin amplifikasyonu için kullanılan ticari olarak sentezlenmiş bir kısa DNA dizisi olması, promotör ise RNA için güvenli bir başlangıç bağlama yeri sağlayan spesifik bir DNA dizisi olmasıdır. transkripsiyonu başlatmak için polimeraz ve transkripsiyon faktörleri.
Primer ve promotör, iki tip DNA dizisidir. Primer, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) için gerekli olan küçük bir DNA parçasıdır. DNA zincirinin yan ucunu tamamlayan kısa nükleotid dizilerine sahiptir. İki tip primer vardır ve bunlar yeni DNA ipliklerinin sentezi için başlangıç noktaları olarak çalışırlar. Buna karşılık, bir promotör, bir genin transkripsiyon başlatma bölgesinin yukarısında yer alan spesifik bir DNA dizisidir. DNA transkripsiyonunu kontrol etmek için RNA polimeraz ve transkripsiyon faktörleri gibi transkripsiyon mekanizması bileşenleri ile doğrudan etkileşime girer. Bu nedenle, RNA polimeraz ve diğer transkripsiyon faktörleri, promotör dizisine bağlanır ve transkripsiyonu başlatır.
Astar nedir?
Primerler, hedef DNA dizilerinin amplifikasyonu için tasarlanmış kısa DNA dizileridir. Yapısal olarak, DNA çift sarmallarının yan uçlarını tamamlayan kısa nükleotid dizilerine sahiptirler. Genellikle yaklaşık 20 nükleotit uzunluğundadırlar. PCR sırasında Taq polimeraz, önceden var olan nükleotid dizisine nükleotidlerin eklenmesini katalize eder. Bu nedenle, primerler, yeni ipliklerin sentezi için başlangıç noktaları olarak hizmet eder. Taq polimeraz sadece 5' ila 3' yönünde çalışır. Dolayısıyla, DNA sentezi de aynı 5' ila 3' yönünde gerçekleşir. DNA çift sarmallı olduğundan, PCR'de iki tip primer gereklidir. DNA sentezi sırasında primerin uzama yönüne bağlı olarak ileri primer ve ters primer olarak bilinirler.
Şekil 01: Primerler
Forward primer, antisens DNA zinciri ile tavlanır ve genin + zincirinin sentezini 5' ila 3' yönünde başlatır. Antisens ipliğin 3' yan ucunu tamamlayan kısa bir nükleotid dizisine sahiptir. Ters primer, sens zinciri ile tavlanır ve kodlama zincirinin tamamlayıcı bir zincirinin sentezini başlatır, yani genin 5' ila 3' yönündeki bir ipliği. Böylece, ters primer, kodlama dizisinin 3' ucuna tamamlayıcı olarak tasarlanmıştır. Hem ters hem de ileri primerler, hedeflenen veya ilgilenen DNA'nın belirli bölgelerinin milyonlarca ila milyarlarca kopyasının üretilmesi için önemlidir.
Promoter nedir?
Promotör, bir genin transkripsiyon başlatma bölgesinin yukarı akışında veya 5' ucunda bulunan bir DNA dizisidir. Genin transkripsiyonunu başlatmak için RNA polimeraz ve belirli düzenleyici elementler için bir bağlanma yeri sağlar. Bir geni açmak veya kapatmak için gereken düzenleyici bir dizidir. Promotörde spesifik bir nükleotid dizisi vardır. 100-1000 baz çiftine sahip olabilir. Promoter, transkripsiyonun yönünü gösterir. Ayrıca, kopyalanması gereken duyu dizisini gösterir.
Şekil 02: Bir Genin Destekleyicisi
Çekirdek promotör, proksimal promotör ve distal promotör olmak üzere üç tür promotör öğesi vardır. Çekirdek promotör, transkripsiyonu başlatmak için gerekli promotörün minimal kısmıdır. Başlangıç kodonuna en yakın konumda bulunur. TATA kutusu, birçok ökaryotik çekirdek promotörde bulunan korunmuş bir bölgedir. Transkripsiyon başlangıç bölgesinin yukarısında 25 ila 35 baz çifti bulunur. Proksimal promotör, çekirdek promotöre göre daha yukarı akışta bulunur. Genellikle, başlangıç kodonunun 250 baz çifti yukarısında bulunur ve birincil düzenleyici elementleri içerir. Distal promotör, proksimal promotörün yukarısında bulunur ve ek düzenleyici unsurlar içerir. Bakteriyel promotörler, promotörlerinde iki kısa dizi elemanına sahiptir. TATAAT, bakteriyel promotörde -10'da bulunan konsensüs dizisidir, TTGACA ise -35'te konsensüs dizisidir. -10 element ve -35 element olarak bilinirler.
Astar ve Promoter Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Primer ve promotör iki tip DNA dizisidir.
- Nükleotid dizilerinden oluşurlar.
- Gen ekspresyonu için hem primer hem de promotör önemlidir.
Astar ve Promoter Arasındaki Fark Nedir?
Primer, hedef DNA'nın amplifikasyonu için tasarlanmış kısa bir nükleotid dizisidir. Buna karşılık, promotör, bir genin transkripsiyon başlatma bölgesinin yukarısında bulunan spesifik bir düzenleyici DNA dizisidir. Bu, primer ve promotör arasındaki temel farktır. Primerler yaklaşık 20 baz çifti uzunluğundayken, promotör 100 -1000 baz çiftine sahip olabilir. Fonksiyonel olarak, primerler yeni iplik sentezi için başlangıç dizileri olarak hizmet ederken, promotörler RNA polimeraz ve diğer transkripsiyon faktörleri için bağlanma bölgeleri sağlayarak gen transkripsiyonunu kontrol eder.
Ayrıca, bir promotör, transkripsiyonun yönü olarak tanımlanır ve bir genin duyu zincirini gösterir. Yapısal olarak, primer kısa, tek sarmallı bir DNA dizisidir, promotör ise uzun çift sarmallı bir DNA dizisidir.
Aşağıdaki bilgi grafiği, primer ve promotör arasındaki farkla ilgili daha fazla karşılaştırmayı tablo halinde sunmaktadır.
Özet – Primer vs Promoter
Primerler, hedef DNA çift sarmalının yan uçlarını tamamlayan kısa nükleotid dizileridir. PCR'de iki tip primer kullanılır. Yeni ipliklerin sentezi için başlangıç dizileri olarak hizmet ederler. Primerler ticari olarak tasarlanmıştır ve sıcaklığa dayanıklı dizilerdir. Öte yandan, promotör, transkripsiyon başlatma bölgesinin yukarısında yer alan bir genin düzenleyici dizisidir. Promotörler, genlerin transkripsiyonunu kontrol eder. RNA polimeraz için bağlanma bölgeleri ve transkripsiyonu başlatmak için transkripsiyon faktörleri sağlarlar. Bu nedenle, primer ve promotör arasındaki farkın özeti budur.
