Bitki ve hayvan DNA'sı ekstraksiyonu arasındaki temel fark, bitki DNA'sı ekstraksiyonunda, hayvan DNA'sı ekstraksiyonu sırasında hücresel içerikleri serbest bırakmak için dokuyu kuru buz veya sıvı nitrojen içinde öğüterek hücre duvarını kırmanın gerekli olmasıdır., hayvan hücrelerinde hücre duvarı olmadığı için bu adımı gerçekleştirmeye gerek yoktur.
Genomik DNA, bitki ve hayvan hücrelerinin genetik materyalidir. Genomik DNA, her bir bitki veya hayvana özgüdür. İyi kalitede DNA'nın DNA ekstraksiyonu, moleküler araştırma için ön koşuldur. Organizmaların DNA'sı, tanımlama, hastalıkların teşhisi, spesifik genlerin ve dizilerin tespiti, adli amaçlar, babalık testi, genom dizilimi ve ilaçların geliştirilmesi vb. için çıkarılır. DNA ekstraksiyon yöntemi hücre tipine göre değişiklik gösterir – ister hayvan hücresi ister bitki hücresi olsun.
Bitki DNA Ekstraksiyonu Nedir?
Bitki hücrelerindeki DNA, çeşitli moleküler çalışmalar için çıkarılır. Bozulmamış, saf genomik DNA'nın çıkarılması gerekir. Bu nedenle, hayvan hücrelerinden DNA ekstraksiyon protokollerinden farklı olan farklı DNA ekstraksiyon protokolleri vardır. Bunun nedeni, bitki hücrelerinin hücresel içerikleri çıkarmak için kırılması gereken bir hücre duvarına sahip olmasıdır.
Çıkarma genellikle bitki dokularının bir havan ve havan tokmağı kullanılarak kuru buz veya sıvı nitrojen içinde öğütülmesiyle yapılır. Daha sonra hücre zarları parçalanır ve hücresel içerik bir ekstraksiyon tamponuna alınır. Bu genellikle bir deterjan kullanılarak yapılır; SDS (sodyum dodesil sülfat) veya CTAB (setiltrimetilamonyum bromür) tamponu. Salınan DNA, EDTA gibi bir şelatlama maddesi kullanılarak endojen nükleazlardan korunur. Ayrıca proteinler, kloroform veya fenol kullanılarak DNA'dan ayrılır.
Şekil 01: Bitki DNA Ekstraksiyonu
Bitkiler, flavonoidler ve diğer ikincil metabolitler dahil polisakkaritleri ve polifenolleri sentezler. Bu bileşikler, saf genomik DNA'nın ekstraksiyonuna müdahale eder. Bu nedenle, çoğu bitki DNA ekstraksiyon protokolü, bu bileşikleri ortadan kaldırmak için sezyum klorür yoğunluk gradyan tekniği gibi başka bir adımı içerir.
DNA ekstraksiyon protokollerinin çoğu, DNA ekstraksiyonu için taze yaprak örneklerinin kullanılmasını önerir. Bazı yöntemler sıvı nitrojen ve fenol gibi tehlikeli kimyasalları içermez. CTAB (Cetyl trimethylamonium bromide) protokolü, yüksek kaliteli bitki genomik DNA'sının ekstraksiyonunu kolaylaştıran popüler bir bitki DNA ekstraksiyon protokolüdür. Bitki DNA ekstraksiyonu için basit, güvenli, güvenilir ve uygun maliyetli bir yöntemdir. Diğer yöntemlerin çoğu, CTAB yönteminin değiştirilmiş versiyonlarıdır.
Hayvan DNA Ekstraksiyonu Nedir?
Hayvan DNA'sı ekstraksiyonu, moleküler analiz için hayvan hücrelerinden genomik DNA'nın çıkarılmasıdır. Bitki DNA ekstraksiyonundan farklı olarak, hayvan hücreleri için hücre duvarı olmadığı için hücre duvarının parçalanması gerekli değildir. Kan hücreleri, çeşitli amaçlarla kullanılan en yaygın hayvan hücresi türüdür.
Şekil 02: DNA Ekstraksiyonu
Fenol-kloroform yöntemi, kan hücreleri için en iyi seçeneklerden biridir. Bu yöntemden DNA ekstrakte edildiğinde DNA verimi ve kalitesi yüksektir. Bu bir sıvı-sıvı DNA ekstraksiyon protokolüdür ve bu yöntem, DNA moleküllerini karışmayan çözeltilerdeki çözünürlüklerine göre ayırır. Fenol, kloroform ve izoamil alkol bu yöntemin ilk üç bileşenidir.
Bitki ve Hayvan DNA Ekstraksiyonu Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Hem bitki hem de hayvan DNA'sı ekstraksiyonu sırasında hücre zarları bozulmalıdır.
- DNA, endojen nükleazlardan korunmalıdır.
- Ayrıca DNA'nın kesilmesi önlenmelidir.
- Bitki DNA'sı ve hayvan DNA'sının ekstraksiyonu için ticari kitler mevcuttur.
- Çoğu bitki ve hayvan DNA ekstraksiyon yönteminin sürekli modifikasyon ve standardizasyona ihtiyacı vardır.
Bitki ve Hayvan DNA Ekstraksiyonu Arasındaki Fark Nedir?
Bitki ve hayvan DNA'sı ekstraksiyonu arasındaki temel fark, bitki DNA'sı ekstraksiyonu, hücre duvarını kırmak için bitki dokusunun kuru buz veya sıvı nitrojen içinde öğütülmesini gerektirirken, hayvan DNA'sı ekstraksiyonu, hayvan oldukları için bu adımı gerektirmez. hücrelerde hücre duvarı yoktur. CTAB yöntemi bitki DNA'sı ekstraksiyonu için en iyi yöntemlerden biridir, fenol-kloroform yöntemi ise hayvan DNA'sı ekstraksiyonu için en iyi yöntemlerden biridir.
Aşağıdaki infografik, bitki ve hayvan DNA'sı ekstraksiyonu arasındaki farkları listeler.
Özet – Bitki ve Hayvan DNA Ekstraksiyonu
Farklı hücre tiplerinden DNA ekstraksiyonu için farklı yöntemler mevcuttur. Bu nedenle, bitki DNA'sı ekstraksiyon protokolleri, hayvan hücresi DNA'sı ekstraksiyon protokollerinden farklıdır. Bitki DNA'sı ekstraksiyonu, hücre duvarı, hücre zarı ve nükleer membranın parçalanmasını gerektirirken, hayvan DNA'sı ekstraksiyonu, hücre zarı ve nükleer membranın parçalanmasını gerektirir. Daha da önemlisi, hayvan hücresi DNA ekstraksiyonu, kuru buz veya sıvı nitrojen içinde öğütülerek hücre duvarlarının bozulmasını gerektirmez. Bu nedenle, bitki ve hayvan DNA ekstraksiyonu arasındaki temel fark budur.
