dNTP ve ddNTP arasındaki temel fark, dNTP veya deoksiribonükleo titlerin DNA'nın yapı taşları olmaları ve pentoz şeker yapısında 3ʹ-OH grubuna sahip olmaları, ddNTP veya dideoksinükleosit trifosfatların ise 3ʹ-OH grubu içermeyen nükleotit olmaları ve bunlar Sanger dideoksi DNA dizileme tekniğinde farklı uzunlukta DNA dizileri üretmek için kullanılır.
dNTP ve ddNTP nükleo titlerdir. dNTP, deoksiriboz nükleotidlerini ifade eder. Onlar DNA'nın yapı taşlarıdır. dNTP'ler DNA'yı sentezlemek için kullanılır. dNTP ise dideoksinükleosit trifosfatları ifade eder. Sanger dizilemesinde farklı uzunluklarda DNA sentezini sonlandırmak için kullanılırlar.3ʹ konumunda OH grubundan yoksundurlar. OH grubu yerine 3ʹ konumunda bir hidrojen bulunur. Bu nedenle, ddNTP'ler bir sonraki nükleotit ile bir fosfodiester bağı oluşturamazlar. dNTP, DNA sentezini gerçekleştirebilirken ddNTP, DNA'nın polimerizasyonunu sonlandırabilir.
dNTP nedir?
dNTP, deoksiriboz nükleotit veya deoksiribonükleotit anlamına gelir. DNA'nın yapı taşıdır. Dört tip dNTP vardır. Bunlar dATP, dTTP, dCTP ve dGTP'dir. Pürin veya pirimidin azotlu bazlarına göre isimlendirilirler: Adenin (A), Guanin (G), Timin (T) ve Sitozin (C).
Şekil 01: dNTP
Adenin ve guanin pürin bazları iken timin ve sitozin pirimidin bazlarıdır. dNTP'nin pentoz şekeri deoksiribozdur. Bir de fosfat grubu vardır. Bu nedenle, dNTP üç bileşenden oluşur: azotlu bir baz, deoksiriboz şeker ve bir fosfat grubu. Bu dNTP'ler, fosfodiester bağları yoluyla birbirleriyle birleşir. dNTP'lerde, bir sonraki nükleotidin şekerinin 5ʹ karbonuna bağlı fosfat grubuyla bir bağlantı oluşturmak için gerekli olan pentoz şekerinin 3ʹ pozisyonuna bağlı bir OH grubu vardır. Tüm dNTP'ler bu 3ʹ -OH grubuna sahip olduğundan, DNA zincirlerini sentezleyebilir ve uzatabilir. Bu nedenle, dNTP, DNA'nın temel tekrarlayan birimi ve genlerin kimyasal maddesi olarak işlev görür. DNA sentezi her zaman 5ʹ'den 3ʹ'ye ilerler.
DdNTP nedir?
Sanger dizileme, 1977'de Frederick Sanger ve kolejleri tarafından geliştirilen birinci nesil bir DNA dizileme yöntemidir. Bu yöntemin temel prensibi dideoksinükleosit trifosfatlar kullanılarak zincir sonlandırma olduğundan, Zincir Sonlandırma Dizileme veya Dideoksi dizileme olarak da bilinir. (ddNTP'ler). ddNTP'ler, Sanger dizilemesinde kullanılan nükleotidlerdir. Sanger dizilimi, ddNTP'lerin seçici olarak dahil edilmesine ve in vitro DNA replikasyonu sırasında DNA sentezinin sonlandırılmasına dayanır. ddNTP'lerin özelliği, bitişik nükleotitteki 5ʹ fosfat grubu arasında fosfodiester bağı oluşumunu sürdürmek için pentoz şekerinde 3ʹ-OH grubundan yoksun olmalarıdır. Dolayısıyla, uzayan ipliğe bir ddNTP eklendiğinde, zincir uzaması durur ve o noktadan sona erer. ddNTP'ler, Sanger dizileme yöntemi sırasında zincir uzatan DNA polimeraz inhibitörleri olarak işlev görür.
Şekil 02: ddNTP
Dört ddNTP vardır: Sanger dizilemesinde kullanılan ddATP, ddCTP, ddGTP ve ddTTP. Bu nükleo titler, büyüyen DNA zincirine dahil edildiklerinde DNA replikasyon sürecini durdurur. Sonuç olarak, Sanger dizilemesi, değişen uzunluklarda kısa DNA üretir. Kılcal jel elektroforezi, bu kısa DNA ipliklerini bir jel üzerinde boyutlarına göre düzenlemek için kullanılır. ddNTP'ler, DNA dizisini analiz etme kolaylığı için radyoaktif veya floresan olarak farklı renklerle etiketlenmiştir. Jel analiz edilerek, bilinmeyen DNA zincirinin nükleotid dizisi belirlenebilir.
dNTP ve DdNTP Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Sanger dizilemesinde hem dNTP hem de ddNTP kullanılır.
- Dört tür dNTP ve ddNTP vardır.
- Üç bileşenden oluşurlar: azotlu bir baz, deoksiriboz şeker ve fosfat grupları.
dNTP ve DdNTP Arasındaki Fark Nedir?
dNTP, DNA'nın yapı taşları olan dört tip deoksiribonükleotitten biridir. ddNTP, Sanger dizileme tekniğinde kullanılan dört tip dideoksiribonükleosit trifosfattan biridir. dNTP pentoz şekerinde 3ʹ-OH grubuna sahipken, ddNTP pentoz şekerinde 3ʹ-OH grubundan yoksundur. Bu nedenle, dNTP ve ddNTP arasındaki temel fark budur. Ayrıca, dNTP'ler DNA polimerizasyonunu gerçekleştirirken ddNTP'ler DNA polimerizasyonunu sonlandırır. Dolayısıyla, bu dNTP ve ddNTP arasındaki bir diğer önemli farktır.
Aşağıdaki infografik, dNTP ve ddNTP arasındaki farkları tablo şeklinde listeler.
Özet – dNTP vs DdNTP
Normal dNTP'ler DNA'nın yapı taşlarıdır, ddNTP'ler ise Sanger dizileme tekniğinde kullanılan nükleotidlerdir. dNTP'de 3ʹ-OH bulunurken ddNTP'de 3ʹ-OH yoktur. Bu nedenle, dNTP ve ddNTP arasındaki temel fark budur. Ayrıca, dNTP bir DNA zincirini sentezleyebilirken ddNTP, DNA polimerizasyonunu sonlandırabilir. Bu nedenle, ddNTP'ler, farklı uzunluklarda farklı DNA iplikleri üretmek için Sanger dizilemesinde kullanılır. Sanger dizilemesi sırasında hem dNTP hem de ddNTP dahil edilir.
