Anahtar Farkı – AFLP vs RFLP
DNA çalışmaları, filogenetik ilişkilerin anlaşılmasında ve belirlenmesinde, genetik hastalıkların teşhis edilmesinde ve organizmanın genomlarının haritalanmasında büyük öneme sahiptir. DNA analizi ile ilgili çeşitli teknikler, bilinmeyen bir DNA havuzundaki belirli bir genin veya bir DNA dizisinin tanımlanması için de kullanılır. Moleküler belirteçler olarak bilinirler. Amplifiye Parça Uzunluğu Polimorfizmi (AFLP) ve Kısıtlama Parçası Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP), organizmalar arasındaki genetik varyasyonu tespit etmek için moleküler biyolojide geliştirilen bu tür iki moleküler belirteçtir (yöntemler). Her iki yöntem de eşit derecede önemlidir ve avantaj ve dezavantajları vardır. AFLP ve RFLP arasındaki temel fark, AFLP, sindirilmiş DNA'nın seçici PCR amplifikasyonunu içerirken RFLP, DNA parçalarının seçici PCR amplifikasyonunu içermez.
AFLP nedir?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) moleküler biyolojide önemli bir araçtır ve genetik varyasyon analizinde yaygın olarak kullanılır. AFLP, parçalanmış genomik DNA'nın spesifik PCR amplifikasyonuna ve polimorfizmin jel elektroforezi yoluyla otoradyograflarla saptanmasına dayanır. AFLP, bitkiler, hayvanlar, bakteriler ve mantarlar dahil olmak üzere çeşitli krallıkların suşları veya yakından ilişkili türlerindeki genetik farklılıkların belirlenmesine geniş ölçüde katkıda bulunur. ÇKUP, küçük miktarlarda bilinmeyen DNA örnekleri ile gerçekleştirilebilir. Önceden dizi bilgisi ve prob tasarımı gerektirmez.
AFLP'nin Adımları
- DNA izolasyonu
- Restriksiyon endonükleazlarıyla DNA'nın sindirimi
- Kısıtlı DNA parçalarının adaptörlerle ligasyonu
- Spesifik kısıtlama siteleri ile fragmanların seçici amplifikasyonu
- PCR ürünlerinin jel elektroforezi ile ayrılması
- Jel matrisinin otoradyograf ile görselleştirilmesi
AFLP, DNA dizileri hakkında önceden bilgi sahibi olmadan mantarlar, bakteriler, bitkiler ve hayvanlar dahil olmak üzere birçok taksonun DNA profilinin çıkarılmasında kullanılabilen daha hassas ve tekrarlanabilir bir yöntemdir. Son derece hassas yapısı nedeniyle popülasyonlardaki bireyler arasındaki küçük farklılıkları belirlemeye yardımcı olur. ÇKUP ayrıca genom haritalama, adli tıp çalışmaları, ebeveyn testleri, genotipleme vb. alanlarda da önemlidir.
Şekil 01: AFLP
RFLP nedir?
Kısıtlama Parçası Uzunluğu Polimorfizmleri (RFLP'ler), homolog DNA dizilerindeki genetik varyasyonları tespit etmek için kullanılan bir tekniktir. DNA profillemesi için geliştirilmiş ilk yöntemdir. Organizmaların benzersiz DNA parmak izleri veya DNA profilleri vardır. RFLP, homolog dizilerin belirli bir organizmaya özgü farklı kısıtlama bölgelerine (konumlarına) sahip olması nedeniyle, tür içi veya yakından ilişkili organizmaların DNA profilleri arasındaki varyasyonu analiz etmek için önemli bir araç olarak hizmet eder. Homolog DNA, spesifik restriksiyon endonükleazları ile sindirildiğinde, her bireye özgü farklı DNA profilleri ile sonuçlanacaktır. Bu nedenle, bu yöntemin prensibi, homolog DNA'yı spesifik restriksiyon enzimleri ile kısıtlayarak organizmalar arasındaki genetik varyasyonun tespiti ve jel elektroforezi ve blotlama yoluyla fragman uzunluk polimorfizminin analizidir. Blot kalıpları her organizmaya özgüdür ve belirli genotipleri karakterize eder.
RFLP Adımları
- Numunelerden yeterli miktarda DNA izolasyonu
- Spesifik restriksiyon endonükleazlarıyla DNA örneklerinin kısa sekans halinde parçalanması
- Agaroz jel elektroforezi ile farklı uzunluklarda elde edilen fragmanların ayrılması.
- Southern blotting ile jel profilinin bir zara transferi
- Etiketli problarla zarın hibridizasyonu ve her profilde fragman uzunluğu polimorfizminin analizi
RFLP, hastalık kalıtımını tespit etmede ve aile üyeleri arasında hastalığın ortaya çıkma riskini bulmada çok önemli bir tekniktir. RFLP ayrıca genom haritalamasında, adli tıpta suçluların belirlenmesinde, babalık testlerinde vb. sıklıkla kullanılır. RFLP'nin de çeşitli sınırlamaları vardır. RFLP, hibridizasyon için prob tasarlamak için dizi verilerinin ön bilgisini gerektirir. Ayrıca adli çalışmalarda zor olan analiz için örnekten yeterli miktarda DNA izolasyonu gerektirir.
Şekil 01: RRFLP eşlemesi
AFLP ve RFLP arasındaki fark nedir?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP, sindirilmiş DNA'nın seçici PCR amplifikasyonunu içerir. | RFLP, PCR-RFLP olmadığı sürece PCR içermez. |
| Sıra Bilgisi | |
| Önceden dizi bilgisi gerekli değildir. | Tasarlanmış RFLP probları için önceden dizi bilgisi gereklidir. |
| Güvenilirlik | |
| Bu daha güvenilir. | Bu, AFLP'ye kıyasla daha az güvenilirdir. |
| Polimorfizmi Tespit Etmede Verimlilik | |
| Bu, polimorfizmi tespit etmede RFLP'den daha yüksek verimliliğe sahiptir. | Bu, AFLP'ye kıyasla daha az verimlidir. |
| Maliyet | |
| RFLP'ye kıyasla bu biraz pahalı. | Bu, AFLP'ye kıyasla daha ucuzdur. |
| Uygulamalar | |
| AFLP'ler genom haritalama, DNA parmak izi alma, genetik çeşitlilik çalışmaları, babalık testi ve adli tıpta uygulanmıştır | RFLP analizi, genom haritalama, genetik bozukluklar için genlerin lokalizasyonu, hastalık riskinin belirlenmesi ve babalık testinde önemli bir araçtır. |
Özet – AFLP vs RFLP
AFLP ve RFLP, moleküler biyolojide çeşitliliğin değerlendirilmesi ve genetik ilişkilerin değerlendirilmesi için genetik belirteçler olarak kullanılan iki tekniktir. AFLP, organizmalar arasındaki genetik polimorfizmin tespiti için RFLP'den daha etkili ve hassas bir yöntem olarak hizmet eder. Bununla birlikte, her iki yöntemin de genetik varyasyonları tespit etmede farklı etkinlikleri olmasına rağmen, hala DNA parmak izi ve hastalık teşhisi için kullanılmaktadır.
