ITS1 ve ITS2 arasındaki temel fark, ITS1'in ökaryotlarda 18S ve 5.8S rRNA genleri arasında yer alan bir aralayıcı DNA olması, ITS2'nin ise ökaryotlarda 5.8S ve 28S rRNA genleri arasında yer alan bir aralayıcı DNA olmasıdır.
Dahili kopyalanmış aralayıcı (ITS), kromozomda genellikle küçük alt birim ribozomal RNA ile büyük alt birim ribozomal RNA genleri arasında veya polisistronik rRNA öncüsü transkript molekülünde karşılık gelen kopyalanmış bölgede bulunan aralayıcı DNA'dır. Bakterilerde ve arkelerde, 16S ve 23S rRNA genleri arasında yalnızca tek bir ITS vardır. Ancak ökaryotlarda iki ITS aralayıcı DNA vardır: ITS1 (18S ile 5 arasında).8S rRNA genleri) ve ITS2 (5.8S ve 28S rRNA arasında). Bu nedenle, ITS1 ve ITS2, ökaryotlarda rRNA genleri arasında bulunan iki aralayıcı DNA'dır.
ITS1 nedir?
ITS1, ökaryotlarda 18S ve 5.8S rRNA genleri arasında yer alan bir aralayıcı DNA'dır. ITS, rRNA genleri arasında bulunan işlevsel olmayan bir aralayıcı DNA parçasını ifade eder. ITS1, ITS2'den daha büyük bir uzunluk varyasyonuna sahiptir. ITS1'in uzunluk değişimi yaklaşık (200-300bp)'dir. ITS1 gibi ITS belirteçleri, farklı taksonlar arasındaki filogenetik ilişkileri aydınlatmadaki etkinliklerini kanıtlamıştır. Ayrıca, ITS1 aralayıcı DNA, ITS2 aralayıcı DNA'dan daha az korunur. ITS1 yapıları yalnızca çok daha küçük taksonomik birimlerde korunur. Her ökaryotik ribozomal küme ayrıca harici kopyalanmış aralayıcılar (5' ve 3' ETS) adı verilen bölgeleri de içerir.
Şekil 01: ITS1 bölgesi
ITS1 aralayıcı DNA'sı, 5' harici kopyalanmış aralayıcıya (5' ETS) çok yakındır. Ayrıca, herhangi biri filogenetik ilişki çalışmaları için ITS1 bölgesini büyütmek isterse, bu amaç için belirli bir primer çifti (ters ve ileri primerler) kullanmak zorundadır. ITS1 bölgesini büyütmek için laboratuvarların PCR protokollerinde normalde iki primer seti kullanılır. Bunlar ITS1 ileri ve ITS2 geri veya ITS1 ileri ve ITS4 geridir.
ITS2 nedir?
ITS2, ökaryotlarda 5.8S ve 28S rRNA genleri arasında yer alan bir aralayıcı DNA'dır. ITS2 bölgesi, ITS1 bölgesinden daha kısa bir uzunluk varyasyonuna sahiptir. ITS2'nin uzunluk değişimi yaklaşık olarak (180-240bp)'dir. Ancak birçok taksonomik birimde ITS2 bölgesi ITS1 bölgesinden daha fazla korunmuştur. Tüm ITS2 dizilerinin ikincil yapının ortak bir çekirdeğini paylaştığını tanımlar. Ayrıca, tüm anjiyospermler arasında %40 ITS2 bölgesi korunurken, ITS2 bölgesinin %50'sini aile ve daha yüksek seviyede hizalamak mümkündür.
Şekil 02: ITS2 bölgesi
Koruma kapsamı ne olursa olsun, filogenetik ilişki çalışmalarında, özellikle mantar DNA barkodlamasında ITS1 bölgesi gibi ITS2 bölgesinin kullanımı da oldukça popülerdir. ITS2 bölgesini büyütmek için genellikle laboratuvarların PCR protokollerinde belirli bir primer seti kullanılır. Bu, ITS1 ileri ve ITS4 geridir. Ancak PCR protokolü bu primer setini kullandığında, ITS2 bölgesi ile birlikte ITS1 bölgesini de yükseltir. Ayrıca, ITS2 aralayıcı DNA'sı, 3' dış kopyalanmış aralayıcıya (3' ETS) çok yakındır.
ITS1 ve ITS2 Arasındaki Benzerlikler
- ITS1 ve ITS2, rRNA genleri arasında yer alan iki aralayıcı DNA'dır.
- Yalnızca ökaryotlarda bulunurlar.
- Her ikisi de belirli primer çiftleri kullanılarak amplifiye edilebilir.
- Her ikisi de rRNA olgunlaşmasında işlevsel olmayan yan ürünler olarak eksize edilir.
- Her ikisi de filogenetik ilişki çalışmaları için çok önemlidir, özellikle mantar DNA barkodlamasında.
ITS1 ve ITS2 Arasındaki Fark
ITS1, ökaryotlarda 18S ve 5.8S rRNA genleri arasında bulunan bir aralayıcı DNA'dır, ITS2 ise ökaryotlarda 5.8S ve 28S rRNA genleri arasında yer alan bir aralayıcı DNA'dır. Bu, ITS1 ve ITS2 arasındaki temel farktır. Ayrıca, ITS1, ITS2'ye kıyasla daha fazla uzunluk varyasyonuna sahiptir. Öte yandan, ITS2, ITS1'e kıyasla daha kısa bir uzunluk varyasyonuna sahiptir. Bu, ITS1 ve ITS2 arasındaki başka bir farktır.
Aşağıdaki infografik, yan yana karşılaştırma için ITS1 ve ITS2 arasındaki farkları tablo biçiminde listeler.
Özet – ITS1 ve ITS2
Dahili kopyalanmış bölge (ITS), rRNA genleri arasında yer alan, işlevsel olmayan bir aralayıcı DNA parçasıdır. Bakterilerde ve arkelerde yalnızca tek bir ITS bölgesi vardır. Ancak ökaryotlarda iki ITS bölgesi vardır: ITS1 ve ITS2. ITS1, ökaryotlarda 18S ve 5.8S rRNA genleri arasında yer alan bir aralayıcı DNA iken, ITS2, ökaryotlarda 5.8S ve 28S rRNA genleri arasında yer alan bir aralayıcı DNA'dır. Bu nedenle, ITS1 ve ITS2 arasındaki farkın özeti budur.
