Coomassie ve gümüş boyama arasındaki temel fark, coomassie boyamanın coomassie parlak mavi boyama kullanan bir protein boyama tekniği olması, şerit boyamanın ise gümüş boyama kullanan bir protein boyama tekniği olmasıdır.
Protein ayırma ve tanımlama, proteom analizinde kritik adımlardır. Jel elektroforezinden sonra yüksek çözünürlüklü protein karakterizasyonuna ihtiyaç duyarlar. Anyonik boyalar (coomassie parlak mavi), metal katyonlar (imidazol-çinko), gümüş boyama ve floresan boyalar vb. gibi farklı boyamaları içeren çok sayıda boyama tekniği vardır. Bazen radyoaktif problar da kullanılabilir. Boyama tekniğinin seçimi basitliğe, laboratuvarda görüntüleme ekipmanının mevcudiyetine vb. bağlıdır.
Coomassie Boyama Nedir?
Coomassie boyama, coomassie parlak mavi boyama kullanan bir protein boyama tekniğidir. Genellikle coomassie blue tekniği olarak adlandırılır. Coomassie parlak mavi en popüler anyonik protein boyasıdır. Bu leke normalde hemen hemen tüm proteinleri orta hassasiyette iyi nicel doğrusallıkla boyar. Coomassie parlak mavi boyası, hemen hemen tüm proteinlere spesifik olmayan bir şekilde bağlanır. İki farklı coomassie parlak mavi leke çeşidi vardır: R-250 ve G-250. R-250 daha kısa boyama süreleri sunarken, G-250 daha hassas ve çevre dostu formülasyonlarda mevcuttur.
Şekil 01: Coomassie Boyama
Coomassie boyaları, kütle spektrometrisi çalışmalarında ve protein tanımlama çalışmalarında çok popülerdir. Ayrıca biyo-güvenli coomassie boyası, şu anda piyasada bulunan coomassie blue G-250'nin tehlikesiz bir formülasyonudur. Bu formülasyonun avantajı, durulama ve leke giderme için sadece su gerektirmesidir. Biyo-güvenli coomassie boyası, geleneksel coomassie mavisi G-250'ye eşdeğer ancak coomassie boyası R-250'den daha iyi bir hassasiyet sunar. Ayrıca, geleneksel Coomassie blue G-250'den daha basit ve daha hızlı boyama protokolüne sahiptir. Coomassie mavisi boyamanın dezavantajı, gümüş boyamaya kıyasla daha az duyarlı olmasıdır. Coomassie mavisi boyama, gümüş boyamadan yaklaşık 50 kat daha az duyarlıdır. Ancak ciltlemedeki basitliği nedeniyle birçok çalışmada tercih edilmektedir.
Gümüş Boyama Nedir?
Gümüş boyama, gümüş leke kullanan bir protein boyama tekniğidir. Gümüş boyama, hem agaroz hem de poliakrilamid jelleri boyamak için kullanılır. Agaroz jellerde proteinin gümüşle boyanması ilk olarak 1973 yılında Kerenyi ve Gallyas tarafından geliştirilmiştir. Daha sonra SDS-PAGE'de kullanılan poliakrilamid jellerdeki proteinler için uyarlanmıştır. Şu anda, gümüş boyama, DNA veya RNA'yı boyamak için de kullanılmaktadır. Jelleri lekelemek için bu yöntemde jeller gümüş nitrat çözeltisi ile inkübe edilir. Gümüş boyama, proteinlerin bulunduğu bölgeleri kahverengiden siyaha boyar.
Şekil 02: Gümüş Boyama
Gümüş boyamanın yoğunluğu proteinin birincil yapısına bağlıdır. Ayrıca kullanılan kapların temizliği ve reaktiflerin saflığı da gümüş boyamanın kalitesini etkileyebilir. Bununla birlikte, gümüş boyamanın dezavantajı, tüm proteinleri, özellikle glikoproteinleri ve yan zincirlerine bağlı büyük modifiye grupları olan proteinleri tespit edememesidir.
Coomassie ve Gümüş Boyama Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Coomassie ve gümüş boyama, protein boyamada kullanılan iki tekniktir.
- Hem proteinleri hem de DNA'yı lekeleyebilirler.
- Her iki boyama tekniğinin de dezavantajları vardır.
- Bu tekniklerin sabitleme, boyama ve leke çıkarma gibi benzer adımları vardır.
Coomassie ve Gümüş Boyama Arasındaki Fark Nedir?
Coomassie boyama, coomassie parlak mavi boyama kullanan bir protein boyama tekniğidir, şerit boyama ise gümüş boyama kullanan bir protein boyama tekniğidir. Bu nedenle, Coomassie ve gümüş boyama arasındaki temel fark budur. Ayrıca, Coomassie boyaması gümüş boyamadan daha az hassastır.
Aşağıdaki infografik, Coomassie ve gümüş boyama arasındaki farkları yan yana karşılaştırma için tablo şeklinde listeler.
Özet – Coomassie vs Gümüş Boyama
Proteinleri görselleştirmek için proteine özgü bir boya bağlama veya renk üreten kimyasal reaksiyon gerçekleştirilebilir. Buna protein boyaması denir. Coomassie ve gümüş boyama, protein boyamada kullanılan iki tekniktir. Coomassie boyama tekniğinde coomassie parlak mavi boya kullanılırken, şerit boyamada gümüş boya kullanılır. Coomassie ile gümüş boyama arasındaki temel fark budur.
