Motif ve alan arasındaki temel fark, alan bağımsız olarak kararlı iken motifin bağımsız olarak kararlı olmamasıdır.
Proteinler vücudumuzda bulunan önemli biyolojik makromoleküllerdir. Öte yandan, bir genin genetik kodu, bir proteinin amino asit dizisine karar verecektir. Ayrıca proteinlerin birincil, ikincil ve üçüncül yapıları vardır. Birincil yapı, polipeptit zincirinin amino asit dizisidir. Polipeptit zincirleri birbiriyle katlandığında proteinin ikincil yapısını oluşturur. Alfa sarmalları, beta tabakaları ve süper ikincil yapılar ikincil yapılara aittir. Süper ikincil elementlerin belirli grupları, protein motifleri olarak bilinir. Bir proteinin üçüncül yapısı, proteinin işlevine karar veren üç boyutlu yapısını ifade eder. Etki alanı, küresel ve ayrı bir işlevi olan bir protein molekülünün katlanmış bir bölümüdür. Proteinin temel fonksiyonel ve üç boyutlu yapısıdır.
Motif Nedir?
Motif, alfa sarmalları ve beta yapıları gibi proteinlerin süper ikincil öğelerinin belirli bir gruplamasıdır. Bunlar, farklı proteinlerde bulunan bir tür kalıplardır. Motifler, ikincil yapı elemanlarının katlanma modellerini ve bunların etkileşimlerini tanımlar. Bu katlanma modelleri, üçüncül yapılarda bulunan benzer bağlantılar ile stabilize olur. Ancak, üçüncül yapılar kadar karmaşık değiller.
Şekil 01: Motif
Proteinlerin ikincil yapılarının basit kombinasyonlarıdır. Motif tek başına sabit değildir. Ayrıca, motifler bir proteinin yapısını açıklar, ancak bir proteinin işlevini tahmin etmez. Protein motiflerine örnek olarak bir beta-alfa-beta motifi, Yunan anahtar motifi, Beta fıçısı, Beta-meander motifi vb. verilebilir.
Etki Alanı Nedir?
Etki alanı, bir proteinin temel, işlevsel ve üç boyutlu birimidir. Belirli bir işlevi yerine getirir. Tek bir proteinin birkaç farklı alanı olabilir. Her etki alanı bağımsız bir birimdir. Küresel bir yapıdır. Belirli bir işlev veya etkileşimden sorumludur. Etki alanları, karakterize edilmemiş bir proteinin işlevini varsaymak için kullanılabilir. Bir proteini analiz ederken, domainler proteinin fonksiyonel birimleri olduğu için dikkate alınması önemlidir.
Şekil 02: Piruvat Kinazın Üç Farklı Alanı
Etki alanları çok kararlı ve kompakt yapılardır. Diğer bölgelerden kolaylıkla ayırt edilebilirler. Piruvat kinaz, şekil 02'de gösterildiği gibi üç ayırt edici alana sahiptir. Alanın uzunluğu değişebilir ve ortalama uzunluk 100 amino asittir. Her alan, ikincil yapısal birimlerden oluşturulmuş bir hidrofobik çekirdek içerir. Birkaç alan topluca bir proteinin üçüncül yapısını oluşturur.
Motif ve Etki Alanı Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Motif ve alan, protein moleküllerinin kendilerinde bulunan birimlerdir.
- Protein ailelerini sınıflandırırken faydalıdırlar.
Motif ve Etki Alanı Arasındaki Fark Nedir?
Motif, proteinlerin alfa sarmalları ve beta yapıları gibi süper ikincil öğelerinin belirli bir gruplandırmasıdır, alan ise bir proteinin işlevsel birimidir. Ayrıca, motif ikincil bir yapıdır, alan ise proteinin üçüncül yapısından sorumludur. Ayrıca alan, bir motiften farklı olarak bağımsız bir birimdir. Ayrıca, alan bir proteinin işlevini gösterirken motif değildir. Bunlar motif ve alan arasındaki temel farklardır. Aşağıdaki infografik, motif ve alan arasındaki farkı tablo şeklinde sunar.
Özet – Motif vs Etki Alanı
Motif, protein molekülünün ikincil yapılarının bir düzenlemesidir. Bir etki alanının aksine, genellikle kendi başına kararlı değildir. Etki alanı, bir proteinin bağımsız olarak kararlı bir yapısıdır. Bu nedenle, bir parça veya tam protein molekülü olabilir. Proteinin üç boyutlu temel fonksiyonel birimidir. Ayrıca bir işlevi vardır ve bağımsız bir birimdir. Motif, alanın bir parçası olabilir. Ancak alan bir motifin parçası olamaz. Motif ve alan arasındaki fark budur.
