Protein alt birimi ve etki alanı arasındaki temel fark, bir protein alt biriminin, bir protein kompleksi oluşturmak için diğer polipeptit zincirleriyle birleşen bir proteinin ayrı bir polipeptit zinciri olmasına karşın, bir protein alanı, polipeptit zincirinin bitişik bir bölgesidir. Sıklıkla bağımsız olarak kompakt, yerel ve yarı bağımsız bir birime katlanan bir protein.
Protein alt birimi ve etki alanı, bir multimerik proteinin çok önemli parçalarıdır. Proteinler, polipep titlerden yapılmış polimerlerdir. Her polipeptit zinciri, amino asit olarak bilinen bir monomerden oluşur. Karmaşık bir protein, alt birimler, alanlar, motif ve katlama gibi farklı yapısal birimler içerir. Karmaşık bir proteinin bu yapısal birimleri, yapısı ve nihayetinde işlevi için son derece önemlidir.
Protein Alt Birimi nedir?
Bir protein alt birimi, bir protein kompleksi oluşturmak üzere diğer polipeptit zincirleriyle bir araya gelen bir proteinin ayrı bir polipeptit zinciridir. Yapısal biyolojide, bir protein alt birimi, bir protein kompleksi oluşturmak için diğer protein molekülleriyle birlikte bir araya gelen tek bir protein molekülüdür. Doğal olarak oluşan proteinler, hemoglobin ve DNA polimeraz gibi nispeten az sayıda alt birime sahiptir. Bu nedenle oligomerik olarak adlandırılırlar. Diğer proteinler çok sayıda alt birimden oluşur, bu nedenle multimerik olarak tanımlanırlar. Örneğin, mikrotübüller ve diğer hücre iskeleti proteinleri multimeriktir. Multimerik proteinin alt birimleri aynı (homolog) veya tamamen farklı (heterolog) olabilir.
Şekil 01: Protein Alt Birimi
Bazı multimerik proteinlerde, bir alt birim bir katalitik alt birim olabilir. Öte yandan, diğeri düzenleyici bir alt birimdir. Katalitik alt birimin işlevi, enzimatik reaksiyonu katalize ederken, düzenleyici alt birimin işlevi, aktivitesini kolaylaştırmak veya inhibe etmektir. Bir araya getirildiğinde hem katalitik hem de düzenleyici alt birimlerden oluşan bir enzime genellikle holoenzim denir. Örneğin, enzim sınıfı I fosfoinositid 3-kinaz, bir p110 katalitik alt birimine ve bir p85 düzenleyici alt birimine sahiptir. Ayrıca, bir proteinin her alt birim için bir geni olmalıdır. Bunun nedeni, bir alt birimin, bir kodlayıcı gene sahip ayrı bir polipeptit zincirinden oluşmasıdır.
Protein Alanı Nedir?
Bir protein alanı, bir proteinin polipeptit zincirinin, sıklıkla bağımsız olarak kompakt, yerel ve yarı bağımsız birimler halinde katlanan bitişik bir bölgesidir. Bir proteinin alanı, proteinin polipeptit zincirinin kendi kendini dengeleyen ve diğerlerinden bağımsız olarak katlanan bir bölgesi olarak da bilinir. Bir proteinde ayrı bir yapısal ve işlevsel birimdirler. Normalde, alanlar, proteinin genel rolüne katkıda bulunan belirli bir işlevden veya bir etkileşimden sorumludur. Örneğin, SH3 alanı, yaklaşık 50 amino asit kalıntısıdır. Adaptör proteinler, fosfatidilinositol3-kinazlar, fosfolipazlar ve miyozinler dahil olmak üzere çok çeşitli proteinlerde bulunurlar. Bu SH3 alanları, protein-protein etkileşimlerinde yer alır.
Şekil 02: Protein Etki Alanları
Alanların uzunluğu 50 amino asitten 250 amino aside kadar değişmektedir. Çinko parmak gibi en kısa alanlar metal iyonları ve disülfür köprüleri ile stabilize edilir. Bir alan genellikle kalmodulin'in kalsiyum bağlayıcı EF-el alanı gibi fonksiyonel birimler üretir. Ayrıca, kimerik proteinler yapmak için alanlar genetik mühendisliği yoluyla bir proteinden diğerine değiştirilebilir.
Protein Alt Birimi ve Etki Alanı Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Protein alt birimi ve etki alanı, bir multimerik proteinin yapısal birimleridir.
- Her ikisi de amino asitlerden oluşur.
- “Polipeptid zinciri” terimiyle bağlantılıdırlar.
- Ayrıca, ikisi de proteinin genel işlevi için son derece önemlidir.
Protein Alt Birimi ile Etki Alanı Arasındaki Fark Nedir?
Bir protein alt birimi, bir protein kompleksi oluşturmak üzere diğer polipeptit zincirleriyle bir araya gelen bir proteinin ayrı bir polipeptit zinciridir. Öte yandan, bir protein alanı, bir proteinin polipeptit zincirinin, sıklıkla bağımsız olarak kompakt, yerel ve yarı bağımsız birimler halinde katlanan bitişik bir bölgesidir. Bu, protein alt birimi ve etki alanı arasındaki temel farktır. Ayrıca, bir protein alt biriminin boyutu, bir protein alanından daha büyüktür.
Aşağıdaki tablo, protein alt birimi ve etki alanı arasındaki farkı tablo biçiminde özetlemektedir.
Özet – Protein Alt Birimi vs Etki Alanı
Proteinlerin yapı taşları amino asitlerdir. Proteinler, amino asitlerin yoğunlaşmasıyla oluşur. Protein yapıları, onlarca ila birkaç bin amino asit arasında değişir. Bir protein yapısı hidrojen bağları, iyonik bağlar, Van der Waals kuvvetleri, hidrofobik bağlar ve disülfit bağları gibi kovalent etkileşimler gibi kovalent olmayan etkileşimlerle stabilize edilir. Karmaşık bir protein, alt birimler, alanlar, motif ve katlama gibi farklı yapısal birimler içerir. Bir protein alt birimi, bir protein kompleksi oluşturmak üzere diğer polipeptit zincirleriyle birleşen bir proteinin ayrı bir polipeptit zinciridir. Öte yandan, protein alanı, kendi kendini dengeleyen ve diğerlerinden bağımsız olarak katlanan polipeptit protein zincirinin bir bölgesidir. Dolayısıyla bu, protein alt birimi ve etki alanı arasındaki farkın özetidir.
