Metagenomics ve metatransscriptomics arasındaki temel fark, her alanda çalışılan biyomoleküllerin türüne dayanır. Metagenomik, DNA'yı, dizilimlerini ve organizmalardaki davranışını incelerken, metatranskriptomik, kopyalanan DNA'yı, özellikle mRNA dizilerini ve organizmalardaki davranışını inceler.
Metagenomics ve metatransscriptomics, mikrobiyal toplulukla ilgili olarak yıllar içinde çok popülerlik kazanan iki alandır. Sağlık, endüstri ve tarımsal biyoteknolojide önemlidirler. Hem metagenomik hem de metatranskriptomik, bir topluluktaki bireysel organizmaların ve yararlı veya zararlı olan işlevsel rollerinin incelenmesine izin verir.
Metagenomik nedir?
Metagenomics, Deoksiribonükleik asidi (DNA) araştıran çalışma alanıdır. En çok mikrobiyal toplulukla ilgilidir. Ayrıca genomik ile karşılaştırıldığında daha gelişmiş bir alandır. Genomikte, belirli bir organizmanın DNA'sının analizi gerçekleşir. Bununla birlikte, metagenomik, bir organizma topluluğu boyunca genetik materyalin analizini içerir. Böylece bu, bir organizma topluluğunun bir koşula veya bir çevreye ilişkin davranışını incelemeye izin verir.
Şekil 01: Metagenomik
Metagenomik çalışmalarda yer alan ana teknik, mikro dizi teknolojisini kullanan Yeni Nesil Dizilemedir (NGS). NGS yöntemleri, belirli DNA dizilerinin varlığı veya yokluğu için tek bir reaksiyonda birden fazla organizmayı analiz edebilir. Bu DNA dizileri, tek bir hastalık durumundan veya çevresel bir durumdan sorumlu olabilir. Dolayısıyla metagenomik bilgi kullanılarak organizmaların taranması kolay ve doğru bir şekilde yapılabilir. NGS sırasında dizileme kısa okumalarla gerçekleşir ve organizmaların DNA'sının profili çıkarılır. 16s DNA dizisi, mikroorganizmalarla ilgili metagenomikte çalışılan popüler bir dizidir.
Organizma topluluğunun dizilenmesinin ardından dizilerin hizalanması yapılmalıdır. Temel Yerel Hizalama Sırası aracı (BLAST) gibi araçlar, hizalama görevini yerine getirmek için kullanılmaktadır. Hizalamayı takiben, bir filogenetik ağaç, topluluktaki her organizmanın ilişkisini ve davranışlarıyla ilgili ayrıntıları sağlar.
Metatranskriptomik nedir?
Metatranscriptomics, bir organizmanın transkriptomu ile ilgilenen çalışma alanıdır. Transkriptom, DNA transkripsiyonu sırasında kopyalanan tüm RNA dizilerini oluşturur. Transkriptomda bulunan mRNA dizileri, genetik ifade hakkında bilgi sağlar. Metatranskriptomik, popülasyonlar veya topluluklar arasında çoklu transkriptomların analizidir.
Şekil 02: Transkriptom Analizi
Metatranskriptomik çalışmalar ayrıca kısa okuma dizilerinin dizilerini bulmak için mikrodizi teknolojilerini kullanır. Ayrıca, metatranskriptomik, hizalama araçları ve ağaç tasarım yöntemleri kullanılarak kapsamlı bir biyoinformatik analizini de içerir. Bununla birlikte, metatranskriptomik alanı, metagenomik ile karşılaştırıldığında çok daha zordur. Bir bütün olarak mRNA veya RNA'nın çıkarılması göründüğü kadar kolay değildir. RNA, yıkıma oldukça yatkın olduğu ve yaşam süresi çok kısa olduğu için bunların bakımı ve depolanması olası bir sorgu olabilir.
Metagenomik ve Metatranskriptomik Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Metagenomics ve metatransscriptomics, başta mikrobiyal topluluklar olmak üzere organizma topluluklarını analiz etmek için kullanılan yüksek verimli tekniklerdir.
- Her iki teknik de bulguları çıkarmak için mikrodizi teknolojisini kullanır.
- Elde edilen sonuçlar genellikle BLAST hizalaması ve Filogenetik ağaçlar kullanılarak analiz edilir.
- Ayrıca, her iki teknik de tek bir organizmaya değil, bir grup veya topluluk organizmalarına odaklanır.
- Ayrıca, her iki kavram da çoğunlukla mikroplarla ilgili olarak incelenir - bunun ana nedeni, oynadıkları çeşitli rollerdir.
Metagenomik ve Metatranskriptomik Arasındaki Fark Nedir?
Metagenomics ve Metatransscriptomics, bir organizma topluluğundaki genetik maddenin analizini içerir. Bu nedenle, metagenomik, DNA'nın kalıpları ve dizileri ile ilgilenirken, metatranskriptomikler, mRNA'nın veya kopyalanmış DNA'nın analizine atıfta bulunur. Bu, metagenomik ve metatranskriptomik arasındaki temel farktır.
Ayrıca, çıkarma prosedürü her iki teknikte de farklılık gösterir; metagenomik, DNA ekstraksiyon prosedürlerini içerir ve metatranskriptomik, RNA ekstraksiyon prosedürlerini içerir. Dolayısıyla, bu aynı zamanda metagenomik ve metatranskriptomik arasında önemli bir farktır.
Aşağıdaki infografik, metagenomik ve metatranskriptomik arasındaki farkı özetler:
Özet – Metagenomik ve Metatranskriptomik
Metagenomics ve metatransscriptomics, belirli bir durum için bir organizma topluluğunu analiz eden yeni çalışma alanlarıdır. Bu nedenle metagenomik, DNA dizilerinin analizini ifade eder. Buna karşılık, metatranskriptomik, RNA dizilerinin veya kopyalanmış DNA ürünlerinin analizini ifade eder. Bu bağlamda, metatranskriptomik, belirli bir durum için gen ekspresyonunun tanımlanmasını sağlar. Her ikisi de mutasyonları ve etkilerini analiz etmede önemlidir. Bunlar erken tanıda kullanılan hızlı ve daha güvenilir tekniklerdir. Bu nedenle, metagenomik ve metatranskriptomik arasındaki farkın özeti budur.
